巴西H1N1pdm09流感病毒传播的系统动力学重建：十年进化动态

H1N1pdm09流感病毒于2009年出现，源于猪源基因片段的一次独特重配，迅速取代了季节性H1N1毒株并引发了21世纪首次流感大流行。在巴西，该病毒最初通过密集的社区传播扩散，随后形成了季节性循环模式。然而，其在该国的长期进化动态仍未得到充分表征。为填补这一空白，我们开展了一项全国协调的基因组监测工作，重点关注2014年及之后（巴西开始对流行的H1N1pdm09病毒进行系统性全基因组测序的时期）。通过巴西所有五个大区的合作测序，我们获得了2014年至2024年间收集的597个完整基因组。利用系统动力学方法，我们重建了H1N1pdm09的时空传播，识别了主要流行谱系，并整合流行病学数据以评估持续存在和区域传播模式。我们的研究结果揭示了在过去十年中病毒的持续循环和多次独立引入，并提供了局部谱系维持的证据，尤其是在东南部和南部地区。系统发育分析还表明存在来自国际来源的反复输入，突显了全球病毒流动的持续影响。此外，全基因组比较揭示了涉及内部基因片段的重配事件，这可能促进了COVID-19大流行后优势谱系的持续存在和适应。本研究提供了迄今为止对巴西H1N1pdm09进化动态最全面的重建，强调了整合性、全国性的基因组监测在提升热带和亚热带地区公共卫生准备中的关键作用。