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剪接体突变白血病中R-loop累积通过引发转录-复制冲突增强对PARP1抑制的敏感性
R-Loop Accumulation in Spliceosome Mutant Leukemias Confers Sensitivity to PARP1 Inhibition by Triggering Transcription-Replication Conflicts
摘要
RNA剪接因子（SF）基因突变在髓系恶性肿瘤患者中常见。本研究发现，尽管同源重组修复功能正常，但SRSF2和U2AF1突变的白血病细胞对PARP抑制剂（PARPi）表现出更高的敏感性。SF突变白血病中R-loop的累积引发了与R-loop相关的PARP1反应，使细胞生存依赖于PARP1活性。因此，PARPi以R-loop依赖的方式诱导SF突变白血病细胞的DNA损伤和死亡。PARPi进一步增加了异常的R-loop水平，导致更高的转录-复制碰撞并触发ATR激活。最终，ATR抑制可以增强PARPi在SF突变白血病中诱导的DNA损伤和细胞死亡。此外，R-loop处的PARP1活性水平与PARPi敏感性相关，表明R-loop相关的PARP1活性可能预测携带SF基因突变患者的PARPi敏感性。本研究强调了靶向由剪接体基因突变引起的不同R-loop反应通路作为癌症治疗策略的潜力。意义：剪接体突变白血病累积R-loop并需要PARP1来解决转录-复制冲突和基因组不稳定性，这为将FDA批准的PARP抑制剂重新用于携带剪接体基因突变的患者提供了理论依据。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| Neon电穿孔系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| MethoCult™培养基 | StemCell Technologies | M3231 |
| 小鼠CD117微珠 | Miltenyi Biotec | 130-019-224 |
| BD FACSymphony S6细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| Element HT5自动血液分析仪 | Heska Corporation | -- |
| 白色平底96孔板 | Costar, Corning | -- |
| CellTiterGlo试剂 | Promega | -- |
| 人CD3微珠 | Miltenyi Biotec | 130–050-101 |
| Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- |
| Leica DMi8显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| Duolink®原位红色起始试剂盒（鼠/兔） | Sigma | DUO92101 |
| -- | Invitrogen | C10337 |
| BD FACSymphony分析仪 | BD Biosciences | -- |
| Nucleofector® 2b设备 | Lonza | AAB-1001 |
| Nucleofector试剂盒 | Lonza | VCA-1003 |
| Vi-CELL Blu活力分析仪 | Beckman Coulter | -- |
| FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| Qubit® 2.0荧光计 | ThermoFisher | -- |
| VariantPlex-HGC核心髓系试剂盒（用于Illumina） | ArcherDx | -- |
| KAPA文库定量试剂盒（用于Illumina） | Roche Sequencing | -- |
| Illumina NextSeq 2000测序仪 | Illumina | -- |
| Illumina MiSeq测序仪 | Illumina | -- |
| Agilent 4200 TapeStation平台 | Agilent | -- |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo | -- |
| Ultra II定向RNA文库制备试剂盒（用于Illumina） | New England Biolabs | E7760L |
| Illumina NovaSeq SP平台 | Illumina | -- |
| 培养箱 | -- | -- |
| 离心机 | -- | -- |