抗体阵列筛选与靶点鉴定
利用蛋白质组规模抗体阵列平台,识别黑色素瘤细胞表面结合抗体,并鉴定其靶点。
使用荧光标记的黑色素瘤细胞系(GAK、HMVII、A375)筛选PETAL抗体阵列,获得细胞结合抗体,并通过流式、免疫荧光和免疫沉淀-质谱鉴定靶点。
A Cell Surface-Binding Antibody Atlas Nominates a MUC18-Directed Antibody-Drug Conjugate for Targeting Melanoma
研究涵盖抗体阵列筛选、细胞模型、体外功能实验、动物模型(CDX/PDX)、患者样本分析及猴子毒理实验,具备多层次功能与机制验证。
黑色素瘤细胞系(A375、GAK等) 细胞系异种移植模型(GAK、A375) 患者来源异种移植模型(黑色素瘤亚型PDX)
MUC18在黑色素瘤细胞系和肿瘤组织中的表达水平 AMT-253的体外细胞毒性及MUC18特异性 AMT-253在CDX和PDX模型中的体内疗效 AMT-253的猴子毒性和药代动力学 AMT-253的旁观者杀伤效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用蛋白质组规模抗体阵列平台,识别黑色素瘤细胞表面结合抗体,并鉴定其靶点。
使用荧光标记的黑色素瘤细胞系(GAK、HMVII、A375)筛选PETAL抗体阵列,获得细胞结合抗体,并通过流式、免疫荧光和免疫沉淀-质谱鉴定靶点。
验证MUC18在黑色素瘤组织中的表达及其作为ADC靶点的可行性。
使用抗MUC18抗体N1238对黑色素瘤组织芯片进行免疫组化,评估MUC18在肿瘤细胞和血管中的表达及与预后的关系。
比较MUC18靶向ADC(AMT-253和AMT-253-M)的体外细胞毒性和内化效率,选择合适ADC格式。
将人源化pAb253分别偶联T1000-exatecan和vc-MMAE,制备AMT-253和AMT-253-M,检测其结合、内化和细胞毒性。
评估AMT-253在不同黑色素瘤CDX和PDX模型中的抗肿瘤活性。
在多个黑色素瘤亚型模型中,静脉注射AMT-253,测量肿瘤体积变化。
阐明AMT-253杀伤肿瘤细胞的分子机制。
通过Western blot和IHC检测DNA损伤标志物(γH2A.X、pKAP1)和凋亡标志物(cleaved caspase-3)的表达。
评估AMT-253与抗血管生成药物联合治疗的潜力。
在GAK异种移植模型中,联合给予AMT-253和贝伐珠单抗,测量抗肿瘤疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| F-12K培养基 | -- | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | -- | -- | |
| DMEM/Ham's F12 1:1混合培养基 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 支原体PCR检测试剂盒 | GeneCopoeia | MP004 | |
| 抗体阵列筛选 | SYTO-62 | Thermo Fisher Scientific | S11344 |
| 免疫荧光和流式细胞术 | Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-545-003 |
| Alexa Fluor 594山羊抗小鼠IgG二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-585-003 | |
| Alexa Fluor 488山羊抗人IgG二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 109-545-008 | |
| Hoechst 33258 | Sigma | -- | |
| LIVE/DEAD可固定近红外死细胞染色试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | L34960 | |
| 免疫组织化学 | DAKO抗原修复液 | DAKO | -- |
| HRP标记的二抗 | DAKO | -- | |
| DAB染色液 | -- | -- | |
| 抗MUC18抗体 | GeneTex | GTX01919 | |
| 抗GPNMB抗体 | Abcam | ab222109 | |
| 抗ETRB抗体 | Abcam | ab230618 | |
| 抗磷酸化组蛋白H2A.X (Ser139)抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| 抗裂解caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗裂解caspase-8抗体 | Cell Signaling Technology | 9496 | |
| 细胞毒性实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04-20 |
| ADC制备 | MabSelect Sure树脂 | GE Healthcare Lifesciences | -- |
| Zeba脱盐离心柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| vc-MMAE连接子-载荷 | DC Chemicals | DC7556 | |
| 三(2-羧乙基)膦 | -- | -- | |
| 活性炭 | -- | -- | |
| 旁观者杀伤实验 | Countess3细胞计数器 | Invitrogen | -- |
| 药代动力学 | 人MUC18蛋白,His标签 | Acrobiosystems | CD6-H5229 |
| HRP标记的抗人IgG Fc二抗 | Abcam | ab99759 | |
| 生物素标记的抗依沙替康抗体 | Abmart | ADC-Ab0001 | |
| TMB溶液 | KPL Inc. | 50-85-05 | |
| 链霉亲和素蛋白,HRP | Thermo Fisher Scientific | 21124 | |
| ELISA | 人His标签MUC18蛋白 | Acrobiosystems | -- |
| 食蟹猴His标签MUC18蛋白 | Acrobiosystems | -- | |
| 小鼠His标签MUC18蛋白 | Acrobiosystems | -- | |
| BLI分析 | Octet RED96e系统 | ForteBio | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 兔抗磷酸化KAP1 (Ser8245)抗体 | Abmart | T59666 | |
| 兔抗KAP1抗体 | Abmart | T55173 | |
| 兔抗磷酸化组蛋白H2A.X (Ser139)抗体 | Abmart | T56572 | |
| 兔抗组蛋白H2A.X抗体 | Abmart | T55269 | |
| 兔抗裂解caspase-3 (Asp175)抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗β-肌动蛋白小鼠单抗 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| Tanon 4600 | Tanon, Inc. | -- | |
| 肿瘤分布实验 | FITC-右旋糖酐 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系培养基类型、FBS浓度、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:详见Methods中的Cell lines部分 |
| MUC18表达验证 | IHC抗体(N1238)、组织样本来源、H-score分级标准 阅读提示:详见Methods中的IHC部分和Results中的MUC18表达分析 |
| ADC体外细胞毒性 | 细胞铺板密度(2-5,000 cells/well)、ADC浓度梯度、孵育时间(5天) 阅读提示:详见Methods中的Cytotoxicity assay for ADC部分 |
| 体内药效 | 小鼠品系、肿瘤接种方式、给药剂量和方式、肿瘤测量方法 阅读提示:详见Methods中的Cell line and PDX studies部分 |
| 机制研究 | 处理浓度(10 nM)、时间点(24、48、72小时)、抗体列表 阅读提示:详见Methods中的Western blotting部分和Results中的机制部分 |