适配体筛选与验证
鉴定能特异性内化进入膀胱癌细胞而非正常尿路上皮细胞的核酸适配体。
利用细胞内化SELEX技术,以T24细胞为正筛靶标,SV-huc-1细胞为负筛靶标,经过14轮筛选获得富集文库,克隆测序后选取候选序列,通过流式细胞术和共聚焦显微镜验证其内化特性,并优化得到35核苷酸的B1适配体。
Development of Novel Aptamer-Based Targeted Chemotherapy for Bladder Cancer
包含体外细胞模型、患者样本、原位异种移植模型及体内疗效和安全性验证,并进行了机制验证(内吞途径及AP2B1靶点鉴定)。
T24人膀胱癌细胞系 KU-7人膀胱癌细胞系 SV-huc-1正常膀胱上皮细胞系 原位异种移植小鼠模型 膀胱癌患者原代细胞
B1适配体对膀胱癌细胞的选择性内化 B1适配体通过网格蛋白介导的内吞和巨胞饮途径内化 AP2B1作为B1适配体的潜在蛋白靶点 B1-纳米火车-表柔比星的细胞选择性毒性 B1-纳米火车-表柔比星在原位移植瘤模型中的疗效
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定能特异性内化进入膀胱癌细胞而非正常尿路上皮细胞的核酸适配体。
利用细胞内化SELEX技术,以T24细胞为正筛靶标,SV-huc-1细胞为负筛靶标,经过14轮筛选获得富集文库,克隆测序后选取候选序列,通过流式细胞术和共聚焦显微镜验证其内化特性,并优化得到35核苷酸的B1适配体。
阐明B1适配体内化进入膀胱癌细胞的途径及潜在分子靶点。
使用共聚焦显微镜观察B1的亚细胞定位,用内吞抑制剂预处理T24细胞检测内化变化,通过蛋白酶处理评估蛋白靶点参与,利用pull-down结合质谱鉴定AP2B1为潜在靶点,并用siRNA敲低验证其功能。
构建B1适配体引导的DNA纳米火车递送系统,并验证其药物装载和释放特性。
利用DNA杂交链式反应组装纳米火车,通过琼脂糖凝胶电泳验证组装,通过荧光淬灭检测表柔比星装载,用透析和核酸酶或低pH处理评估药物释放。
评估B1-纳米火车-表柔比星对膀胱癌细胞的选择性细胞毒性。
使用MTT法检测不同浓度(0.04-0.63μM)的游离表柔比星和B1-纳米火车-表柔比星处理T24、KU-7和SV-huc-1细胞48小时后的细胞活力。
评估B1-纳米火车-表柔比星在原位异种移植小鼠模型中的疗效和安全性。
建立KU-7-luc细胞原位异种移植模型,14天后随机分组,分别给予PBS、游离表柔比星(0.4mg/ml)或B1-纳米火车-表柔比星(等效剂量)膀胱内灌注,每5天一次,共7次,通过生物发光成像评估肿瘤生长,通过H&E染色评估膀胱炎症和毒性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| F12K培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Hyclone | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 适配体筛选 | Trizol试剂 | -- | -- |
| 莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶 | NEB | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Thermo | -- | |
| 核糖核酸酶I | Thermo | -- | |
| 核糖核酸酶T1/A | Thermo | -- | |
| pEasy-T1载体 | TransGen | CT101-01 | |
| SFM4-3 | -- | -- | |
| 流式分析 | Attune NxT流式细胞仪 | Invitrogen | -- |
| Cy5.5标记适配体 | -- | -- | |
| 内吞抑制实验 | 氯丙嗪 | -- | -- |
| Dynasore | -- | -- | |
| 阿米洛利 | -- | -- | |
| 奥美拉唑 | -- | -- | |
| 环糊精 | -- | -- | |
| 靶蛋白鉴定 | 蛋白酶K | -- | -- |
| 生物素标记适配体 | -- | -- | |
| 链霉亲和素包被磁珠 | -- | -- | |
| Brightein蛋白胶染色 | US Everbright | -- | |
| 液相色谱-串联质谱 | -- | -- | |
| siRNA | -- | -- | |
| Enhancer-4000转染试剂 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | 抗AP2B1兔单克隆抗体 | Abcam | 151961 |
| dylight-800标记二抗 | Cell Signaling Technology | 5151 | |
| 纳米火车构建 | 表柔比星 | -- | -- |
| SpectraMax ID3酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 细胞毒性检测 | MTT | Sigma | 298-93-1 |
| SpectraMax M4酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 动物实验 | 硝酸银 | -- | -- |
| IVIS成像系统 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 抗eGFP抗体 | Abcam | ab111258 |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 患者样本处理 | 胶原酶 | -- | -- |
| Rock抑制剂 | Selleck | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 共聚焦成像 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| LysoTracker Green DND-26 | Beyotime | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Zeiss LSM 880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 透析实验 | 透析装置 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件8 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养条件、传代次数 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 适配体筛选 | SELEX轮数、细胞数量、孵育时间、负筛选、严格性递增条件 阅读提示:Methods - Cell internalization SELEX |
| 内吞机制实验 | 内吞抑制剂种类和浓度、预处理时间 阅读提示:Methods - Flow cytometry |
| 靶点鉴定 | 蛋白酶处理条件、pull-down条件、质谱鉴定方法 阅读提示:Methods - Target identification and validation |
| 纳米火车组装和药物装载 | 触发序列和单体比例、孵育时间、表柔比星浓度 阅读提示:Methods - Preparation and characterization of nanotrain |
| 体外细胞毒性 | 细胞密度、处理浓度范围、处理时间、检测方法 阅读提示:Methods - In vitro cytotoxicity assay |
| 动物模型和治疗 | 动物品系、细胞注射量、建模方法、分组、给药剂量和频率、检测时间 阅读提示:Methods - Establishment of mouse orthotopic xenograft bladder tumor model; In vivo therapeutic experiments |