临床样本相关性分析
评估LGALS3BP与TGFB1在HCC患者中的表达相关性。
分析TCGA和CNUHH HCC患者肿瘤和癌旁组织中LGALS3BP与TGFB1的表达及相关性。
Galectin 3-binding protein (LGALS3BP) depletion attenuates hepatic fibrosis by reducing transforming growth factor-β1 (TGF-β1) availability and inhibits hepatocarcinogenesis
包含细胞实验、多种小鼠模型(CCl4纤维化、HFMCD MASH、DEN-HFD肝癌)、患者样本及相关组学分析,并通过功能获得和功能丧失实验验证机制。
小鼠原代肝细胞(LGALS3BP-KI/KO) 小鼠肝癌细胞系Hepa-1c1c7 人肝癌细胞系HepG2、Hep3B、SNU449 肝细胞特异性LGALS3BP敲入/敲除小鼠模型
LGALS3BP与TGFB1表达的正相关性在TCGA和CNUHH HCC患者样本中验证。 rLGALS3BP处理诱导Hepa-1c1c7细胞中TGFB1表达和Smad2磷酸化。 LGALS3BP-KI小鼠在CCl4诱导纤维化模型中纤维化加重,LGALS3BP-KO小鼠纤维化减轻。 LGALS3BP与ITGαV的物理相互作用通过免疫共沉淀和PLA验证。 JUNB敲低或ITGαV抑制剂GLPG0187处理阻断rLGALS3BP诱导的TGFB1表达。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LGALS3BP与TGFB1在HCC患者中的表达相关性。
分析TCGA和CNUHH HCC患者肿瘤和癌旁组织中LGALS3BP与TGFB1的表达及相关性。
验证LGALS3BP是否能直接诱导TGFB1表达。
用rIFN-α或rLGALS3BP处理HCC细胞系,检测TGFB1表达;使用siRNA敲低LGALS3BP观察对TGFB1的影响;RNA-seq分析rLGALS3BP处理后的差异表达基因。
验证肝细胞特异性过表达LGALS3BP是否加重CCl4诱导的肝纤维化。
利用LGALS3BP-KI小鼠(Alb-Cre)腹腔注射CCl4诱导纤维化,通过组织学染色、Western blot和qPCR检测纤维化标志物和TGF-β1信号通路。
阐明LGALS3BP如何释放活性TGF-β1并激活JunB。
通过LC-MS/MS鉴定LGALS3BP相互作用蛋白,Co-IP验证LGALS3BP与ITGαV的结合;使用GLPG0187和Defactinib抑制ITGαV和FAK,检测TGF-β1释放;ATAC-seq和ChIP-qPCR分析JunB结合TGFB1启动子;免疫荧光检测F-肌动蛋白重排。
验证LGALS3BP缺失是否减轻肝纤维化和肝癌发生。
使用LGALS3BP-KO小鼠建立CCl4诱导肝纤维化模型和DEN-HFD诱导肝癌模型,通过组织学、ELISA和qPCR评估纤维化和肿瘤负荷。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 最低必需培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| α-最低必需培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| Percoll分离液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞处理 | 重组干扰素α | -- | -- |
| 重组LGALS3BP | R&D Systems | 5608-GA | |
| 重组TGF-β1 | -- | -- | |
| GLPG0187 | MedChemExpress | HY-100506 | |
| Defactinib | MedChemExpress | HY-12289 | |
| ELISA | 小鼠Mac-2结合蛋白检测试剂盒 | Immuno-Biological Lab | 27796 |
| TGF-β1 Duoset ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY1679 | |
| Western blotting | RIPA裂解缓冲液 | Invitrogen | -- |
| PVDF膜 | Invitrogen | -- | |
| Western BLoT超敏HRP底物 | Takara | -- | |
| Image Quant LAS 4000 mini成像系统 | GE Healthcare | -- | |
| 抗p-Smad2抗体 | Cell Signaling Technology | 3108 | |
| 抗Smad2抗体 | Cell Signaling Technology | 5339 | |
| 抗JunB抗体 | Cell Signaling Technology | 3753 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 8457 | |
| 抗Myc标签抗体 | Medical & Biological Laboratories | M192-3 | |
| 抗LGALS3BP抗体 | Immuno-Biological Lab | 28128 | |
| 抗TGF-β1抗体 | Abcam | ab215715 | |
| 抗ITGαV抗体 | Cell Signaling Technology | 60896 | |
| 抗FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 3285 | |
| 抗p-FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 3283 | |
| 抗VCAM1抗体 | Abcam | ab134047 | |
| 组织学染色 | 天狼星红染色 | Abcam | ab150681 |
| 马松三色染色 | Abcam | ab150686 | |
| 免疫组化 | 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab5694 |
| qRT-PCR | Ribospin II试剂盒 | GeneAll Biotechnology | 314-103 |
| GoScript逆转录试剂盒 | Invitrogen | A5001 | |
| SYBR Green PCR预混液 | PCR Biosystems | PB20 | |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA-seq | MGIEasy RNA定向文库制备试剂盒 | MGI Tech | -- |
| QuantiFluor DNA定量系统 | Promega | -- | |
| MGIseq-2000测序系统 | MGI Tech | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAi-MAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ATAC-seq | ATAC-seq试剂盒 | Diagenode | C01080002 |
| AmPure XP磁珠 | Beckman Coulter | -- | |
| Qubit 2.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NovaSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| 报告基因检测 | AP-1报告基因 | Clontech | 631906 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | E1910 | |
| 发光检测仪(SpectraMax i3X) | Molecular Devices | -- | |
| ChIP | EZ-ChIP试剂盒 | Merck-Millipore | 17-371 |
| 抗JunB抗体 | Cell Signaling Technology | 3753 | |
| 正常兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 质谱分析 | Dionex UltiMate 3000纳升液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫沉淀 | Pierce IP裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 87787 |
| 免疫荧光 | 抗p-FAK抗体(PA5-85602) | Invitrogen | PA5-85602 |
| 鬼笔环肽偶联Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A22287 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 多聚赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P4707 | |
| 八孔腔室玻片 | Thermo Fisher Scientific | 154534 | |
| pcDNA6/myc-LGALS3BP质粒 | -- | -- | |
| 抗Myc标签抗体 | MBL | M192-3 | |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Invitrogen | A32723 | |
| 抗ITGαV抗体(ab179475) | Abcam | ab179475 | |
| Alexa Fluor 647偶联二抗 | Invitrogen | A32733 | |
| 邻位连接分析 | 邻位连接分析试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92101 |
| 组织学分析 | 低温恒温器(CM1860) | Leica Biosystems | -- |
| 油红O | Sigma-Aldrich | O0625 | |
| 动物实验 | 二乙基亚硝胺 | Merck-Millipore | 442687 |
| 高脂饮食(D12492) | Research Diets | D12492 | |
| 高脂蛋氨酸胆碱缺乏饮食(A06071302) | Research Diets | A06071302 | |
| 基因编辑 | Cas9重组蛋白 | Macrogen | -- |
| T7内切酶I | NEB | M0302L |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基条件、rIFN-α/rLGALS3BP/rTGF-β1处理浓度和时间、siRNA转染条件 阅读提示:见Methods部分:2.3 Cell culture和2.10 siRNA experiments |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、CCl4剂量和注射频率、DEN剂量和饮食方案 阅读提示:见Methods部分:2.4 Animals |
| 纤维化评估 | CCl4注射方案、组织取材时间、染色面积定量方法 阅读提示:见Methods部分:2.4 Animals和2.7 Immunohistochemistry |
| TGF-β1释放检测 | rLGALS3BP处理浓度、GLPG0187/Defactinib预处理浓度和时间、ELISA检测方法(酸碱处理) 阅读提示:见Methods部分:2.5 ELISA |
| 机制研究 | LC-MS/MS样本制备和数据分析流程、Co-IP条件和抗体、ATAC-seq和ChIP实验条件 阅读提示:见Methods部分:2.14 LC-MS/MS、2.15 Co-IP、2.11 ATAC-seq、2.13 ChIP |