鉴定耐药细胞和患者组织中谷氨酰胺代谢上调
检测曲妥珠单抗耐药相关的代谢通路变化。
对曲妥珠单抗敏感和耐药细胞系及患者组织进行RNA-seq,通过GSVA分析代谢通路评分,qRT-PCR和WB验证谷氨酰胺代谢相关基因表达,检测GLS1酶活性、α-KG和谷氨酰胺含量。
Glutamine metabolic microenvironment drives M2 macrophage polarization to mediate trastuzumab resistance in HER2-positive gastric cancer
包含体外细胞实验、患者组织样本分析、动物模型验证及多尺度ABM模拟等多个独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
HER2阳性胃癌细胞系NCI-N87及曲妥珠单抗耐药株NCI-N87-TR HER2阳性胃癌细胞系SNU216及曲妥珠单抗耐药株SNU216-TR THP-1来源巨噬细胞 外周血单核细胞来源巨噬细胞 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 患者肿瘤组织样本
曲妥珠单抗耐药细胞系NCI-N87-TR和SNU216-TR的建立方法(3D胶原模型,10 μg/mL曲妥珠单抗处理6个月) GLS1抑制剂BPTES和CB839的浓度(20 μmol/L)及处理时间(48小时) 体内实验中BPTES的剂量(12.5 mg/kg,腹腔注射,每周两次)及给药方案 联合治疗实验中celecoxib(80 mg/kg,灌胃,隔天一次)和B20-4.1.1(5 mg/kg,腹腔注射,每周两次)的剂量与给药方式 ABM模型中模拟的肿瘤区域大小(200×200格,代表约5 mm肿瘤截面)及关键参数(如α-KG生成率等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测曲妥珠单抗耐药相关的代谢通路变化。
对曲妥珠单抗敏感和耐药细胞系及患者组织进行RNA-seq,通过GSVA分析代谢通路评分,qRT-PCR和WB验证谷氨酰胺代谢相关基因表达,检测GLS1酶活性、α-KG和谷氨酰胺含量。
检验抑制谷氨酰胺代谢是否恢复耐药细胞对曲妥珠单抗的敏感性。
使用GLS1抑制剂BPTES和CB839处理细胞,通过MTT和流式凋亡检测细胞增殖和凋亡;构建shGLS1沉默细胞系,评估对曲妥珠单抗的敏感性。
探究耐药微环境中巨噬细胞表型及血管生成的变化。
通过IHC和IF检测移植瘤及患者组织中M2巨噬细胞标志物(CD206)和血管标志物(CD31);CIBERSORT分析免疫细胞浸润比例;流式分析M2/M1比例;鸡胚绒毛尿囊膜实验检测血管生成。
验证肿瘤细胞分泌的GLS1微囊泡是否促进巨噬细胞谷氨酰胺代谢和M2极化。
提取肿瘤细胞微囊泡,通过TEM和SEM观察形态,WB检测微囊泡标志物和GLS1,将微囊泡与巨噬细胞共培养,检测GLS1表达、酶活性及巨噬细胞表型。
明确CDC42如何通过NF-κB p65和IQGAP1调控GLS1表达及微囊泡分泌。
通过CDC42突变体、ZCL278抑制剂和PMA激动剂实验,检测GLS1表达和酶活性;ChIP实验验证NF-κB p65结合GLS1启动子;Co-IP实验验证IQGAP1与GLS1结合。
建立数学模型模拟耐药微环境动态,预测最佳联合治疗组合。
基于分子、细胞、微环境和组织尺度构建ABM,模拟肿瘤生长、血管生成和免疫细胞动态,并模拟不同治疗组合的效果。
在动物模型中验证ABM预测的联合治疗策略效能。
在NCI-N87-TR异种移植瘤模型中,给予不同联合治疗(抗谷氨酰胺、抗血管生成、促M1极化),测量肿瘤体积和重量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Solarbio | 31800 |
| 胎牛血清 | Solarbio | S9030 | |
| DMEM培养基 | Solarbio | 12100 | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Selleck | S7791 | |
| 药物处理 | 曲妥珠单抗 | Roche | -- |
| BPTES | Selleck | S6951 | |
| CB839 | Selleck | S7655 | |
| ZCL278 | Selleck | S7293 | |
| GW4869 | Selleck | S7609 | |
| 动物实验 | 塞来昔布 | MedChemExpress | HY-14398 |
| B20-4.1.1 | Genentech | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 10296010 |
| RT-qPCR | HiScript II Q RT SuperMix(qPCR用逆转录试剂盒) | Vazyme | R222-01 |
| QuantStudio 6 Pro实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Western blot | 牛血清白蛋白 | Fude | -- |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Fude | FDM007、FDR007 | |
| 化学发光检测系统 | Tanon | -- | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#8242S | |
| 抗磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#3033S | |
| 抗IQGAP1抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#20648S | |
| 抗GAC抗体 | Proteintech | 19958-1-AP | |
| 抗KGA/GAC抗体 | Proteintech | 66265-1-Ig | |
| 抗IQGAP1抗体 | Proteintech | 22167-1-AP | |
| 抗TGM2抗体 | Proteintech | 15100-1-AP | |
| 抗Alix抗体 | Proteintech | 12422-1-AP | |
| 抗Flotillin 2抗体 | Proteintech | 28208-1-AP | |
| 抗IκBα抗体 | Proteintech | 10268-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| 抗CDC42抗体 | Wanleibio | WL01165 | |
| 抗CDC42-GTP抗体 | NewEast Biosciences | Cat#26905 | |
| 免疫组化 | 抗GLS1抗体 | Proteintech | 66265-1-Ig |
| 抗F4/80抗体 | Proteintech | 29414-1-AP | |
| 抗CD206抗体 | Proteintech | 60143-1-Ig | |
| 抗Ly6G抗体 | Abcam | ab238132 | |
| 抗CD31抗体 | Proteintech | 11265-1-AP | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab201340 | |
| 抗CD11c抗体 | Proteintech | 17342-1-AP | |
| 抗αSMA抗体 | Proteintech | 55135-1-AP | |
| 代谢物检测 | GLS1活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1455 |
| α-KG ELISA试剂盒 | Camilo Biological | 2M-KMLJM220809m、2H-KMLJh313735 | |
| 谷氨酸含量检测试剂盒 | Solarbio | BC1580 | |
| 凋亡检测 | MTT | Beyotime | ST316 |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Solarbio | CA1020 | |
| Annexin V-APC/7-AAD凋亡试剂盒 | Multi Sciences | AP105 | |
| 流式分析 | 抗人CD86抗体 | Biolegend | Cat#305419 |
| 抗人CD163抗体 | Biolegend | Cat#333603 | |
| 抗人CD14抗体 | Biolegend | Cat#301803 | |
| 抗小鼠CD206抗体 | Invitrogen | Product#12-2061-80 | |
| 抗小鼠CD11c抗体 | Multi Sciences | 70-AM011C05-100 | |
| 抗小鼠F4/80抗体 | Multi Sciences | AM04800201 | |
| 微囊泡分离 | 超速离心机 | Beckman Coulter | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| 电子显微镜 | 透射电子显微镜 | HITACHI | -- |
| 扫描电子显微镜 | JSM-7900F | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂盒 | Invitrogen | 11668019 |
| 嘌呤霉素 | Invitrogen | A1113803 | |
| PBMC分离 | 人外周血单核细胞分离试剂盒 | Solarbio | P8680 |
| PBMC极化 | 巨噬细胞集落刺激因子 | Sinobiological | 11792-HNAH-B |
| 共培养 | JET Biofil共培养小室 | JET Biofil | -- |
| 鸡胚血管实验 | 白介素-4 | Pepro Tech | -- |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | Cat#9003 |
| Co-IP | 蛋白A/G-琼脂糖珠 | 7 Sea Biotech | P001-2 |
| 免疫组化 | DAB显色液 | DAKO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 耐药细胞系建立 | 3D胶原模型建立方法,曲妥珠单抗浓度和暴露时间(文中未明确说明具体时间,仅提及6个月) 阅读提示:Methods 2.2 Cell lines, cell culture, and establishment of trastuzumab-resistant cells |
| 体外药物处理 | BPTES和CB839的处理浓度(20 μmol/L)和时间(48 h);曲妥珠单抗处理浓度(10 μg/mL)和时间(48 h) 阅读提示:Methods 2.10 MTT assay、2.11 Apoptosis detection、Results 3.1 Figure 1H-I |
| 巨噬细胞极化诱导 | THP-1分化所需PMA浓度(100 ng/mL)和处理时间(48 h);PBMC来源巨噬细胞分化所需M-CSF浓度(10 ng/mL)和时间(7天) 阅读提示:Methods 2.2 Cell lines、2.15 Preparation and polarization of PBMCs |
| 共培养系统 | 共培养体系中肿瘤细胞和巨噬细胞的比例(各2×10^5)及共培养时间(48 h);GW4869处理浓度(10 μmol/L) 阅读提示:Methods 2.16 Co-culture system |
| 微囊泡提取与分析 | 差速离心各步骤的离心力(1000×g、10000×g、100000×g)和时间;微囊泡重悬体积(400 μL PBS);蛋白定量方法(BCA) 阅读提示:Methods 2.19 Isolation of microvesicles |
| 体内动物实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、年龄和体重(6-8周,17-20 g);细胞接种量(1×10^6);治疗分组和给药方案(trastuzumab 20 mg/kg每周两次腹腔注射,BPTES 12.5 mg/kg每周两次腹腔注射,celecoxib 80 mg/kg灌胃隔天一次,B20-4.1.1 5 mg/kg每周两次腹腔注射) 阅读提示:Methods 2.7 Animals、2.25 Efficacy assay of combined treatment in mouse model |
| ABM模拟 | 模拟网格大小(200×200)、初始条件分布、方程参数(见补充表格) 阅读提示:Methods 2.24 Agent-based model (ABM) |