体外细胞系验证ATRi的放射增敏作用及对细胞周期的影响
验证ATRi是否能增强CRC细胞对放疗的敏感性,并影响细胞周期检查点。
在HCT116、SW480、CT26和MC38细胞中,用CCK-8测定细胞活力;用免疫印迹检测γH2AX和pCHK1表达;用流式细胞术分析细胞周期和pH3阳性细胞比例。
Combining radiation and the ATR inhibitor berzosertib activates STING signaling and enhances immunotherapy via inhibiting SHP1 function in colorectal cancer
包含体外细胞实验(细胞活力、细胞周期、免疫印迹)、体内小鼠模型(CT26/MC38)疗效评估、转录组分析(RNA-seq)及机制验证(SHP1 SUMO化及STING通路),多个独立证据层级。
人CRC细胞系HCT116和SW480 鼠CRC细胞系CT26和MC38 CT26或MC38皮下移植瘤C57/B6J和Balb/C小鼠模型
ATR抑制剂berzosertib(VE-822)给药剂量60 mg/kg,灌胃,IR前2小时开始,连续3天 放射剂量5 Gy,单次照射,RS2000 X-ray生物辐照仪 抗PD-L1抗体(10F.9G2)给药剂量10 mg/kg,腹腔注射,每3天一次,从IR当天开始 CT26和MC38细胞接种数量1×10^6细胞/100 µL 肿瘤体积终点2000 mm3,小鼠安乐死标准
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ATRi是否能增强CRC细胞对放疗的敏感性,并影响细胞周期检查点。
在HCT116、SW480、CT26和MC38细胞中,用CCK-8测定细胞活力;用免疫印迹检测γH2AX和pCHK1表达;用流式细胞术分析细胞周期和pH3阳性细胞比例。
评估IR+ATRi对CRC小鼠模型中肿瘤生长和T细胞浸润的影响。
在CT26和MC38皮下移植瘤模型中,给予IR、ATRi单用或联合治疗,测量肿瘤体积;IHC和流式细胞术分析肿瘤浸润T细胞(CD3、CD8)比例。
探究IR+ATRi在体内对免疫相关基因表达和信号通路的影响。
对CT26肿瘤(IR后3天)进行RNA测序,分析DEGs,进行GO和GSEA富集分析。
阐明IR+ATRi激活STING信号的分子机制。
通过免疫荧光检测微核和cGAS定位;dsDNA定量;免疫印迹检测pTBK1、pIRF3、pSTING、pP65等;RT-qPCR检测ISGs表达;免疫共沉淀检测SHP1与STING/TRAF6相互作用;质谱鉴定SHP1相互作用蛋白;并验证SHP1 SUMO化位点及功能。
评估IR+ATRi+抗PD-L1三联治疗在CRC小鼠模型中的抗肿瘤效果和生存期。
对CT26和MC38皮下瘤模型给予不同治疗方案(IR、ATRi、抗PD-L1、双药或三药联合),测量肿瘤体积,进行生存分析,并通过生物发光成像(MC38)评估肿瘤负担;通过Ki67和TUNEL染色分析增殖和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A改良培养基 | HyClone, ThermoFisher | -- |
| DMEM高糖培养基 | HyClone, ThermoFisher | -- | |
| RPMI-1640培养基 | HyClone, ThermoFisher | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco, ThermoFisher | -- | |
| 药物处理 | 贝唑替尼(VE-822) | MedChemExpress | HY-13902 |
| SC43 | MedChemExpress | HY-136657 | |
| 动物实验 | 抗PD-L1抗体 | BioXCell | BE0101 |
| RS2000 X射线生物辐照仪 | Source Technologies Inc. | -- | |
| 流式细胞术 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| gentleMACS解离器 | Miltenyi Biotec | -- | |
| FVS780 | BD Biosciences | 565388 | |
| CytoFLEX LX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | -- |
| Synergy2酶标仪 | BioTek | -- | |
| 细胞周期分析 | 核糖核酸酶 | Beyotime | -- |
| 碘化丙啶 | Beyotime | -- | |
| 免疫组化 | 抗CD3e抗体 | Abcam | ab251607 |
| 抗CD8a抗体 | Abcam | ab237723 | |
| DAB显色液 | Aspen | -- | |
| NanoZoomer S360数字切片扫描仪 | Hamamatsu | -- | |
| 免疫荧光 | 抗dsDNA抗体 | Abcam | ab27156 |
| 抗cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 79978 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | ABclonal | A2547 | |
| DAPI | Abbkine | -- | |
| Cy3标记山羊抗兔IgG | Abbkine | A22220 | |
| DyeLight 488标记山羊抗鼠IgG | Abbkine | A23240 | |
| DyeLight 488标记山羊抗兔IgG | Abbkine | A23220 | |
| TUNEL检测 | TUNEL染色试剂盒 | Roche | 11684817910 |
| 蛋白定量 | Quant-iT PicoGreen dsDNA试剂 | ThermoFisher | P11496 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0021 | |
| 免疫印迹 | BioRad凝胶电泳系统 | BioRad | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | ThermoFisher | -- | |
| BOX Chemi X成像系统 | Syngene | -- | |
| RT-qPCR | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | Vanzyme | RC112 |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara | RR036A | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vanzyme | Q711-02 | |
| ABI-7900HT实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞转染 | Lipo3000转染试剂 | ThermoFisher | -- |
| 聚凝胺 | GeneChem | -- | |
| 嘌呤霉素 | GeneChem | -- | |
| 免疫共沉淀 | NP40裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| 质谱分析 | Q Exactive Plus质谱仪 | ThermoFisher | -- |
| EASY-nLC 1200纳升液相系统 | ThermoFisher | -- | |
| RNA测序 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| VAHTS链特异性mRNA测序文库构建试剂盒V2 | Vanzyme | NR612-01 | |
| Illumina HiSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| 免疫印迹 | 抗γH2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 7631 |
| 抗pCHK1-Ser345抗体 | Cell Signaling Technology | 2348 | |
| 抗TBK1-Ser172抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| 抗IRF3-Ser396抗体 | Cell Signaling Technology | 29047 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗pSTING-Ser365抗体 | Cell Signaling Technology | 72971 | |
| 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology | 50490 | |
| 抗pSTAT1-Tyr701抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| 抗CHK1抗体 | Abcam | ab32531 | |
| 抗SHP1抗体 | Abcam | ab227503 | |
| 抗p65抗体 | ABclonal | A19653 | |
| 抗TRAF6抗体 | ABclonal | A0973 | |
| 抗SUMO1抗体 | ABclonal | A19121 | |
| 抗STAT3抗体 | ABclonal | A19566 | |
| HRP标记山羊抗鼠IgG | ABclonal | AS003 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG | ABclonal | AS014 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 1E6D9 | |
| 细胞转染 | Flag-NC质粒 | GeneChem | -- |
| Flag-STING质粒 | GeneChem | -- | |
| Flag-SHP1质粒 | GeneChem | -- | |
| Flag-SHP1-ΔK127R突变质粒 | GeneChem | -- | |
| shSTING病毒 | GeneChem | -- | |
| shSting病毒 | GeneChem | -- | |
| 乱序对照病毒 | GeneChem | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(人HCT116、SW480;鼠CT26、MC38)及培养基、FBS浓度、培养条件(5% CO2, 37°C) 阅读提示:Materials and Methods 2.1 Cell culture |
| 体外放疗和ATRi处理 | ATRi浓度(0-2 µmol/L)和处理时间(IR前2小时)、放疗剂量(5 Gy)、检测时间点(IR后0-24小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.6 Cell viability assay, 2.7 Cell cycle analysis, 2.8 Immunofluorescence microscopy and micronuclei assay, 2.9 dsDNA quantification, 2.14 LC-MS/MS |
| 体内肿瘤模型建立和治疗 | 小鼠品系(C57/B6J和Balb/C)、性别、周龄(5-6周)、细胞接种数量(1×10^6)、IR剂量(5 Gy)、ATRi剂量(60 mg/kg)和给药方案(IR前2小时灌胃,连续3天)、抗PD-L1剂量(10 mg/kg)和给药方案(每3天腹腔注射)、肿瘤体积测量频率(每3天)及终点(2000 mm3) 阅读提示:Materials and Methods 2.3 Establishment of mouse CRC models and treatments |
| 流式细胞术分析 | 抗体克隆、稀释倍数、染色时间、活死染料FVS780使用、CytoFLEX LX仪器设置、FlowJo gating策略 阅读提示:Materials and Methods 2.5 Flow cytometry analysis, Supplementary Figure S1 |
| RT-qPCR | 引物序列、RNA提取方法、逆转录和qPCR条件、内参基因(常用GAPDH)、相对定量方法(2^-ΔΔCT) 阅读提示:Materials and Methods 2.11 RNA isolation, reverse transcription, and real-time qPCR, Supplementary Table S2 |