病例收集与病理诊断
鉴定并确认肺IDCS病例
从2003年至2022年收集21例肺树突状和组织细胞肿瘤,其中10例IDCS,通过形态学和多标记免疫组化进行诊断,排除其他DC肿瘤及炎性肌纤维母细胞瘤。
Genetic analysis of primary lung interdigitating dendritic cell sarcomas
包含9例肺IDCS的WES和sWGS分析、IHC鉴定及Ki-67分级,但样本量小,无功能验证或独立验证。
9例肺IDCS肿瘤组织样本 正常肺实质样本
9例IDCS样本来源及病理诊断确认 WES和sWGS测序平台及数据过滤阈值(>10 reads,VAF>10%) Ki-67分级标准(≤20%低级别,>20%高级别) CNA分析中FGA计算方法及Wilcoxon检验 突变致病性判定标准(ACMG指南)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定并确认肺IDCS病例
从2003年至2022年收集21例肺树突状和组织细胞肿瘤,其中10例IDCS,通过形态学和多标记免疫组化进行诊断,排除其他DC肿瘤及炎性肌纤维母细胞瘤。
分析体细胞突变和拷贝数改变
对9例IDCS肿瘤及匹配正常组织进行WES和sWGS,识别体细胞突变和CNA。
评估拷贝数改变及其与肿瘤分级的关系
通过sWGS数据计算FGA,并鉴定染色体水平的反复性扩增和缺失,特别是癌症相关基因的CNA。
鉴定癌症相关基因的体细胞突变
通过WES识别体细胞突变,并使用COSMIC癌症基因普查及ACMG标准筛选致病性突变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 科研人员 | SureSelect人类全外显子V8试剂盒 | Agilent | -- |
| NovaSeq6000 | Illumina | -- | |
| OMNIS | Dako | -- | |
| EnVISION FLEX TRS高pH试剂盒 | Dako | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本来源、病理诊断标准;样本量:9例;正常对照配对 阅读提示:Materials and methods, Ethical approval |
| 免疫组化 | 抗体克隆、稀释度、预处理条件 阅读提示:Materials and methods, Immunohistochemistry and Table 2 |
| 测序文库构建 | 试剂盒、平台、比对参考基因组(HG38) 阅读提示:Materials and methods, Molecular analysis |
| 突变和CNA分析 | 过滤阈值(如>10 reads,VAF>10%),致病性判定标准 阅读提示:Materials and methods, WES and variant calling |