CLEC14A表达与中性粒细胞浸润的相关性分析
验证CLEC14A在HCC中的表达及其与中性粒细胞浸润的关系。
通过对HCC组织切片进行免疫组化(CLEC14A)和免疫荧光(CD15)染色,量化CLEC14A表达和中性粒细胞数量;分析公共数据集(HEPTROMIC和TCGA)中CLEC14A表达与中性粒细胞特征的相关性。
CLEC14A correlates with neutrophil infiltration in hepatocellular carcinoma and mediates neutrophil recruitment across liver endothelial cells
包含临床样本分析(HCC组织、活检)、公共数据集分析、空间转录组学、体外细胞实验(siRNA敲低、流式粘附)及体内小鼠模型(Clec14a KO IR损伤),多层次验证了CLEC14A功能。
人肝窦内皮细胞(LSEC) Clec14a基因敲除小鼠缺血再灌注肝损伤模型 肝细胞癌患者组织样本
CLEC14A表达与中性粒细胞浸润的相关性(免疫组化/免疫荧光) siRNA敲低CLEC14A后中性粒细胞粘附减少 CLEC14A阻断抗体对中性粒细胞招募无影响 Clec14a KO小鼠IR模型中中性粒细胞招募减少
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CLEC14A在HCC中的表达及其与中性粒细胞浸润的关系。
通过对HCC组织切片进行免疫组化(CLEC14A)和免疫荧光(CD15)染色,量化CLEC14A表达和中性粒细胞数量;分析公共数据集(HEPTROMIC和TCGA)中CLEC14A表达与中性粒细胞特征的相关性。
比较CLEC14A高表达和低表达肿瘤的基因表达差异,探索与中性粒细胞招募相关的通路。
使用NanoString GeoMx数字空间剖面技术对选定肿瘤区域进行转录组分析,鉴定差异表达基因和通路。
验证CLEC14A在肝窦内皮细胞中的功能,特别是对中性粒细胞粘附的影响。
分离原代人LSEC,进行siRNA敲低CLEC14A后,进行静态和流动粘附实验,检测中性粒细胞粘附情况;同时检测CLEC14A重组蛋白与中性粒细胞的结合。
在体内多细胞环境中验证CLEC14A对中性粒细胞募集的影响。
对Clec14a基因敲除小鼠和野生型小鼠进行肝脏缺血再灌注(IR)损伤,通过活体显微镜观察中性粒细胞在肝窦中的募集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化/免疫荧光 | CLEC14A多克隆抗体 | Bio-Techne | -- |
| 抗绵羊HRP | Bio-Techne | -- | |
| 小鼠抗人CD15(克隆MC480) | CST | -- | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor | Invitrogen | -- | |
| 细胞培养 | 人内皮无血清培养基 | Gibco | -- |
| 人血清 | TCS Biosciences | -- | |
| 血管内皮生长因子 | Peprotech | -- | |
| 肝细胞生长因子 | Peprotech | -- | |
| Western blot | Amersham ECL蛋白质印迹检测试剂 | Cytiva/GE Healthcare | -- |
| LI-COR Odyssey成像仪 | LI-COR Biotechnology | -- | |
| Restore蛋白质印迹剥离缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Multi-merin-2抗体 | Abcam | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | Merck | -- | |
| HRP偶联抗小鼠IgG抗体 | Agilent | -- | |
| HRP偶联抗兔IgG抗体 | Abcam | -- | |
| RT-qPCR | TaqMan基因表达检测试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| Taqman 2×预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA干扰 | 靶向CLEC14A的siRNA | Thermo Fisher Scientific | Assay |
| OptiMEM培养基 | Gibco | -- | |
| RNAiMAX脂质体转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 细胞培养 | Ibidi μ-载玻片(涂有大鼠尾胶原) | Thistle Scientific | -- |
| 缺氧处理 | RS Mini Galaxy培养箱 | Wolf Laboratories | -- |
| 中性粒细胞分离 | Histopaque 1199 | Sigma | -- |
| Histopaque 1077 | Sigma | -- | |
| 淋巴细胞分离 | Lympholyte细胞分离液 | Cedarlane | -- |
| RPMI培养基 | Gibco | -- | |
| Matrigel实验 | Matrigel基质胶 | 文中未明确说明 | -- |
| 细胞功能实验 | Cell IQ活细胞成像系统 | CM Technologies | -- |
| 白细胞结合实验 | CLEC14A胞外域-Fc融合蛋白 | R&D Systems | -- |
| 人Fc片段 | Sigma | -- | |
| Invitrogen Zenon人IgG标记试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| 流式细胞术 | CyAn流式细胞仪 | Beckman Coulter Life Sciences | -- |
| Flow Jo软件 | Water Biosciences | -- | |
| 细胞处理 | 肿瘤坏死因子α | Peprotech | -- |
| 空间转录组学 | NanoString GeoMx数字空间剖面系统 | Bruker Spatial Biology | -- |
| GeoMx RNA载玻片制备试剂盒 | Bruker Spatial Biology | -- | |
| 蛋白酶K溶液 | Agilent | -- | |
| 10%中性缓冲福尔马林 | CellPath | -- | |
| NBF终止缓冲液 | Bruker Spatial Biology | -- | |
| Grace Bio-labs HybriSlip杂交盖片 | Sigma | -- | |
| Alexa532标记CD3抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Alexa594标记CD34抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Alexa647标记PanCK抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SYTO13核酸染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织处理与染色 | 组织类型(正常/炎症/肿瘤)及染色抗体(CLEC14A多克隆抗体,CD15抗体) 阅读提示:见Methods部分:组织学评估 |
| 原代LSEC分离与培养 | 肝脏来源(健康/肝硬化),培养基成分(人内皮无血清培养基,10%人血清,VEGF,HGF) 阅读提示:见Methods部分:原代人LSEC分离 |
| RNA干扰 | siRNA序列(D1和D2),转染试剂(RNAiMAX),用量(20μM),时间(48h) 阅读提示:见Methods部分:RNA干扰 |
| 中性粒细胞分离 | 密度梯度离心方法(Histopaque 1199/1077),离心条件(500×g,45min) 阅读提示:见Methods部分:人中性粒细胞分离 |
| 粘附实验 | LSEC是否预处理(剪切力,siRNA敲低),TNFα浓度(10μg/ml)和时间(24h),中性粒细胞数量(100,000/ml),共孵育时间(5min),流动实验剪切力(0.05 Pa) 阅读提示:见Methods部分:中性粒细胞静态和流动粘附实验 |
| 体内IR模型 | 小鼠品系(Clec14a KO和WT),年龄(8周),IR手术方法,中性粒细胞标记(GR-1抗体),观察时间 阅读提示:见Methods部分:缺血再灌注损伤和肝脏活体显微镜 |