类器官建立与表征
生成并验证牛输卵管类器官模型,模拟体内输卵管的结构和功能。
从屠宰场获取牛输卵管组织,分离上皮细胞,在基底膜提取物中培养形成3D类器官。通过光学显微镜、基因表达、免疫荧光、组织学等方法表征其结构和标志物表达。
Organoids simulating the bovine oviduct mediate the embryo-maternal interface via extracellular vesicle-transmitted signaling
包含类器官建立与表征、oEVs分离与表征、胚胎共培养功能验证、基因表达、表观遗传分析及miRNA生信整合等多层级证据。
牛输卵管类器官 体外生产牛胚胎
类器官培养温度(37°C vs 42°C)及持续时间 oEVs来源(类器官N-EVs/S-EVs vs 输卵管液Ovi-EVs) 胚胎处理分组(38.5°C对照、41°C对照、41°C+oEVs) 热应激方案(41°C处理6小时) oEVs添加浓度(约1×10^8总颗粒/ml)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
生成并验证牛输卵管类器官模型,模拟体内输卵管的结构和功能。
从屠宰场获取牛输卵管组织,分离上皮细胞,在基底膜提取物中培养形成3D类器官。通过光学显微镜、基因表达、免疫荧光、组织学等方法表征其结构和标志物表达。
从类器官条件培养基和输卵管液中富集并表征oEVs,确认其作为研究对象的可行性。
采用过滤、超速离心和尺寸排阻色谱法富集oEVs,并通过透射电镜、纳米颗粒跟踪分析和蛋白质印迹法进行表征。
评估oEVs对热应激下牛胚胎发育的影响。
将牛合子分组,在Day 1-3期间添加不同来源的oEVs或对照,并进行热应激处理,随后培养至囊胚阶段,评估发育率。
检测oEVs对胚胎质量指标的影响,包括基因表达、DNA损伤和表观遗传标记。
通过免疫染色、实时定量PCR和荧光定量分析,检测多能性基因、应激基因、DNA损伤标志物以及组蛋白修饰和DNA甲基转移酶的表达。
比较类器官、2D细胞和体内来源oEVs的miRNA图谱,识别与体内相似的特征性miRNA。
整合公开数据集,通过PCA、热图和UpSet图分析,筛选在3D类器官和体内oEVs中共同表达的miRNA,并进行靶基因及通路预测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 类器官培养 | UltiMatrix基底膜提取物 | Cultrex | BME001-05 |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | 21041-025 | |
| oEVs分离 | Exo-spin mini柱 | CELL guidance systems | EX03-50 |
| 蛋白质分析 | RIPA裂解液 | Marker Gene™ Technologies | M2777 |
| 4× Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Bio-Rad | 4568084 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1620112 | |
| 脱脂奶粉 | Bio-Rad | 1706404 | |
| ALIX抗体 | System Biosciences | EXOAB-ALIX-1 | |
| TSG101抗体 | System Biosciences | EXOAB-TSG101-1 | |
| CD63抗体 | System Biosciences | EXOAB-CD63A-1 | |
| FLOT1抗体 | System Biosciences | EXOAB-FLOT1-1 | |
| 细胞色素C抗体 | Sino Biological | 102139-T42 | |
| SuperSignal™ West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34579 | |
| 胚胎培养 | CDM-1培养基 | -- | -- |
| CDM-2培养基 | -- | -- | |
| OVOIL矿物油 | Vitrolife | 10029 | |
| PKH26红色荧光染料 | Sigma-Aldrich | Mini26-1KT | |
| 荧光标记 | Exo-spin缓冲液 | CellGS | EX06-30 |
| RNA提取 | RNeasy® Plus Micro试剂盒 | Qiagen | 74034 |
| Arcturus™ PicoPure™ RNA提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | KIT0204 | |
| 反转录 | SuperScript™ III第一链合成试剂盒 | Invitrogen | 18080400 |
| qPCR | iQ SYBR Green Supermix | Bio-Rad | 1708880 |
| 免疫组化 | RTU Vectastain试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| DAB底物溶液 | Vector Laboratories | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | Invitrogen | D1306 |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | LSM980 |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | JEOL | JEM-1200 EX |
| 透射电子显微镜 | FEI/TFS | Tecnai T12 Spirit |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官培养 | 培养温度(37°C vs 42°C)、持续时间、类器官传代次数、培养基成分 阅读提示:Materials and methods 中 'Derivation of bovine oviductal organoids' 部分 |
| oEVs分离与表征 | 超速离心参数(120,000×g 70 min)、尺寸排阻色谱柱类型、oEVs浓度 阅读提示:Materials and methods 中 'Enrichment of EVs' 和 'Characterization of EVs' 部分 |
| 胚胎生产 | 卵母细胞来源、成熟时间(23±1 h)、精子浓度(0.5×10^6/ml)、受精时间(18 h) 阅读提示:Materials and methods 中 'Experimental design and in vitro embryo production' 部分 |
| 胚胎热应激处理 | 热应激温度(41°C)、持续时间(6 h)、处理时间点(Day 1-3) 阅读提示:Materials and methods 中 'Experimental design and in vitro embryo production' 部分 |
| 胚胎质量评估 | 检测时间点(7/8 dpi)、单个胚胎RNA提取方法、免疫染色抗体信息 阅读提示:Materials and methods 中 'RNA isolation and qRT-PCR analyses' 和 'Histology, immunohistochemistry, and immunofluorescence' 部分 |