受试者分组与菌群分析
识别具有老年型肠道菌群(E-GM)和成人型肠道菌群(A-GM)的老年受试者
基于453名健康日本人的16S rRNA测序数据进行PCoA聚类,选择年龄匹配的E-GM组(16人)和年龄不匹配的A-GM组(16人),比较菌群组成差异。
Enriched metabolites that potentially promote age-associated diseases in subjects with an elderly-type gut microbiota
研究包含粪便代谢组学与菌群关联分析,以及正常结肠上皮细胞和结肠癌细胞系的体外功能实验,但缺乏体内动物模型验证。
E-GM组(老年型肠道菌群) A-GM组(成人型肠道菌群) HCoEpiC正常结肠上皮细胞 HCT116结肠癌细胞系
E-GM组与A-GM组受试者年龄匹配(分别为75.1±7.6岁和71.6±6.5岁) 粪便代谢物浓度:胆碱、TMA、N8-乙酰精胺、胆酸、丙酸(见表1) 体外实验中代谢物处理浓度(低于粪便检测浓度) HCT116细胞增殖实验中使用N8-乙酰精胺浓度及处理时间(24h、72h) HCT116细胞活力实验中使用20 μM奥沙利铂及48小时处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别具有老年型肠道菌群(E-GM)和成人型肠道菌群(A-GM)的老年受试者
基于453名健康日本人的16S rRNA测序数据进行PCoA聚类,选择年龄匹配的E-GM组(16人)和年龄不匹配的A-GM组(16人),比较菌群组成差异。
比较两组间粪便代谢物差异,并关联菌群丰度
使用CE-TOF-MS检测粪便代谢物,鉴定显著差异的8种代谢物,并计算其与细菌丰度的相关性。
评估代谢物对肠道屏障功能的影响
将代谢物以低于粪便浓度的剂量处理HCoEpiC细胞,检测紧密连接基因表达。
评估代谢物对结肠癌进展的影响
将代谢物处理HCT116细胞,检测炎症因子和生长因子表达,并研究N8-乙酰精胺对细胞增殖和化疗敏感性的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 代谢物检测 | 毛细管电泳-飞行时间质谱 | Human Metabolome Technologies (HMT) | -- |
| 细胞培养 | 结肠上皮细胞培养基 | ScienceCell Research Laboratories | -- |
| RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11875093 | |
| 胎牛血清 | MP Biomedicals | 2916554 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| 细胞处理 | 氯化胆碱 | Tokyo Chemical Industry | C0329 |
| 胆酸 | FUJIFILM Wako | 032-03042 | |
| 奥沙利铂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒8 | Dojindo | -- |
| 免疫染色 | Ki-67抗体 | eBioscience | 14-5698-82 |
| 荧光标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11006 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 受试者分组 | E-GM组和A-GM组的年龄匹配情况,以及菌群聚类分析的条件 阅读提示:Results: Subject selection based on gut microbiota composition; Materials and methods: Gut microbiota analysis |
| 粪便代谢物检测 | CE-TOF-MS分析的样品制备、数据库匹配容差(MT±0.5 min,m/z±10 ppm) 阅读提示:Materials and methods: Metabolomic analysis and fecal metabolite concentration determination |
| 体外细胞实验 | 代谢物处理浓度(低于粪便浓度)和细胞培养条件(HCoEpiC培养于CoEpiCM,HCT116培养于RPMI 1640) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Results: Effects on normal colonic epithelial cells and colon cancer cells |
| 细胞增殖与活力实验 | N8-乙酰精胺的浓度和处理时间(24h、72h),奥沙利铂浓度(20 μM)和处理时间(48h) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Cell viability assay; Figure 5 |
| 统计分析 | Welch's t-test (p<0.05), LEfSe默认参数, Spearman相关性Q值<0.1 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |