TCGA数据库筛选潜在前列腺癌标志物
筛选在前列腺癌中高表达且具有组织特异性的候选标志物基因
下载TCGA中前列腺癌及其他30种肿瘤类型的基因表达数据,应用三个筛选标准(中位表达>4,且至少比其它组织高2倍;非零中位表达至少高1.5倍;80%分位数下界高于其他肿瘤20%分位数下界)确定候选基因。
FOXA1 is a highly sensitive diagnostic marker for prostate cancer including small cell carcinoma of the prostate
该研究包含TCGA数据库分析、免疫组化检测多肿瘤类型组织芯片及临床样本,但主要为表达相关性分析,缺乏功能验证或机制实验。
前列腺癌组织样本(包括原发和转移性腺癌、小细胞癌) 多肿瘤类型组织微阵列(包括乳腺癌、尿路上皮癌等) 神经内分泌肿瘤/癌组织样本(多器官)
FOXA1免疫组化染色使用FOXA1/1514单克隆抗体(NeoBiotechnologies),稀释度1:1000 TMAs来源:TissueArray LLC,包括前列腺癌PR633a、尿路上皮癌BC12011d等 小细胞癌诊断标准:形态学、至少一种神经内分泌标志物阳性、所有传统前列腺标志物阴性 FOXA1阳性判定:仅核染色,评分=百分比×强度,0-1阴性、2低、3-4中等、6和9高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选在前列腺癌中高表达且具有组织特异性的候选标志物基因
下载TCGA中前列腺癌及其他30种肿瘤类型的基因表达数据,应用三个筛选标准(中位表达>4,且至少比其它组织高2倍;非零中位表达至少高1.5倍;80%分位数下界高于其他肿瘤20%分位数下界)确定候选基因。
获取并确认为多种肿瘤类型的组织样本,用于评估FOXA1表达
收集FFPE切片(21例原发性前列腺腺癌,11例转移性前列腺腺癌,31例前列腺小细胞癌,5例膀胱神经内分泌癌)及购买商用TMAs(前列腺癌、尿路上皮癌、结肠癌等),由两名病理学家独立确认诊断。
检测FOXA1和NKX3.1蛋白表达,评估其作为诊断标志物的敏感性和特异性
使用FOXA1/1514单克隆抗体和Leica Bond Max自动染色系统进行IHC,由两位病理学家独立评估核染色,计算免疫反应评分(百分比×强度)。比较FOXA1和NKX3.1在正常前列腺腺体、前列腺腺癌、小细胞癌及其他肿瘤中的表达。
评估FOXA1在其他肿瘤类型中的表达频率,以确定其特异性
利用TMAs对乳腺癌、尿路上皮癌、肺癌、结肠癌、肝癌、肾癌、甲状腺肿瘤、睾丸生殖细胞肿瘤及神经内分泌肿瘤/癌进行FOXA1免疫组化染色,记录阳性率和强度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化染色 | FOXA1/1514抗体 | NeoBiotechnologies | -- |
| Leica Bond Max自动染色系统 | Leica Biosystems | -- | |
| 组织微阵列 | 前列腺癌组织微阵列PR633a | TissueArray LLC | -- |
| 尿路上皮癌组织微阵列BC12011d | TissueArray LLC | -- | |
| 结肠腺癌组织微阵列CO1251 | TissueArray LLC | -- | |
| 肺癌组织微阵列LC1503 | TissueArray LLC | -- | |
| 肺小细胞癌组织微阵列LC10010d | TissueArray LLC | -- | |
| 甲状腺肿瘤组织微阵列TH802b | TissueArray LLC | -- | |
| 肾肿瘤组织微阵列KD1501a | TissueArray LLC | -- | |
| 肝细胞癌组织微阵列LV1021a | TissueArray LLC | -- | |
| 神经内分泌肿瘤组织微阵列NE842 | TissueArray LLC | -- | |
| 睾丸生殖细胞肿瘤组织微阵列TE810 | TissueArray LLC | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TCGA数据分析 | 数据来源(Broad Institute GDAC网站)、筛选标准(中位表达>4且≥2倍、非零中位≥1.5倍、80%分位数比较) 阅读提示:Materials and methods: TCGA database analysis |
| 免疫组化 | 抗体(FOXA1/1514)、稀释度(1:1000)、染色系统(Leica Bond Max) 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemical analysis |
| 样本收集 | 样本来源(MD Anderson、Johns Hopkins)、TMAs供应商和编号(TissueArray LLC) 阅读提示:Materials and methods: Human tumour samples |
| 评分标准 | 阳性判定(仅核染色)、评分方法(百分比×强度) 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemical analysis |