临床样本形态学分析
确定胶质瘤细胞形态与患者生存的关系
对65例胶质瘤患者的H&E染色组织切片进行深度学习分析,区分球样和非球样细胞,并统计球样细胞比例与生存时间的关系。
PTBP1 knockdown reprograms glioma stem cells into neuronal-like cells and suppresses tumorigenesis via the DUSP5-ERK1/2 signaling pathway
包含患者样本分析、体外细胞实验、原位异种移植模型、单细胞测序、机制验证(DUSP5-ERK1/2)和药物筛选与纳米药物体内验证。
患者来源的胶质瘤干细胞GSC63和GSC21 U373胶质瘤细胞系 BALB/C裸鼠原位异种移植模型 65例胶质瘤患者临床样本
PTBP1在胶质瘤细胞中的敲低效率(shPTBP1慢病毒) DUSP5 mRNA稳定性(放线菌素D实验) PTBP1与DUSP5/DUSP7 mRNA结合(RIP-qPCR) A2-PLGA/venetoclax纳米颗粒的粒径和形态(DLS和TEM) 静脉注射venetoclax的剂量(4 mg/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定胶质瘤细胞形态与患者生存的关系
对65例胶质瘤患者的H&E染色组织切片进行深度学习分析,区分球样和非球样细胞,并统计球样细胞比例与生存时间的关系。
识别与胶质瘤进展相关的候选转录因子和RNA结合蛋白
利用TCGA和CGGA数据库进行Cox回归和生存分析,并通过单细胞RNA-seq分析PTBP1在胶质瘤细胞中的表达。
验证PTBP1对胶质瘤干细胞增殖和分化的影响
用shPTBP1慢病毒感染GSC63和GSC21,通过RT-qPCR、免疫荧光和MEA记录评估神经元标志物表达、增殖和电生理活性。
验证PTBP1敲低对原位异种移植瘤生长和生存的影响
将shPTBP1感染的GSC63或GSC21原位植入裸鼠脑内,通过MRI监测肿瘤大小,组织透明化观察形态,免疫荧光检测增殖和分化标志物,并进行生存分析。
阐明PTBP1调控胶质瘤干细胞增殖和分化的分子机制
RNA-seq分析PTBP1敲低后的差异基因,RIP-qPCR验证PTBP1与DUSP5 mRNA结合,放线菌素D实验检测mRNA稳定性,Western blot检测DUSP5和ERK磷酸化水平,并通过DUSP5敲低验证功能。
发现靶向PTBP1的小分子药物并开发递送系统
结构基虚拟筛选从7800多种批准药物和临床化合物中筛选候选物,SPR验证结合亲和力,CCK8测定IC50,并通过纳米沉淀法构建A2-PLGA/venetoclax纳米颗粒,表征粒径和形态。
评估A2-PLGA/venetoclax对原位异种移植瘤的治疗效果
将GSC63或GSC21原位植入裸鼠,14天后通过尾静脉注射A2-PLGA/venetoclax(4 mg/kg),通过MRI监测肿瘤大小,免疫荧光检测Ki67,并记录生存时间。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Meilun Biotech | MA0212 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F8318 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| EdU实验 | EdU | Sigma | 900584 |
| EdU成像试剂盒 | ApexBio | k1076 | |
| 组织透明化 | PEGASOS试剂盒 | -- | -- |
| RNA免疫沉淀 | RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| 表面等离子体共振 | Biacore T200 | -- | -- |
| 药物处理 | 维奈克拉 | -- | -- |
| 纳米药物合成 | DSPE-PEG2000 | -- | -- |
| 卵磷脂 | -- | -- | |
| PLGA | -- | -- | |
| Angiopep-2 | -- | -- | |
| DSPE-PEG2000-PDP | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HEK293、U373和GSC培养条件(培养基、血清、抗生素浓度和培养温度) 阅读提示:Methods:Cell Culture |
| PTBP1敲低 | shPTBP1慢病毒感染复数(MOI)和感染时间;验证敲低效率的时间点 阅读提示:Methods:Lentivirus Infection and Cell Differentiation;补充方法 |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/C裸鼠),原位移植细胞数量,注射体积和坐标,MRI监测时间点 阅读提示:Methods:Mice、Orthotopic Xenografting、MRI |
| EdU实验 | EdU用量(160 mg/kg)和注射后孵育时间(4小时) 阅读提示:Methods:EdU Assay |
| 纳米药物处理 | 静脉注射剂量(4 mg/kg)、注射频率和疗程 阅读提示:Methods:Anti-Tumor Effect of A2-PLGA/Venetoclax on Glioma Mice Model |
| 药物筛选 | 分子对接的软件和参数,SPR实验的固定化方式和浓度范围 阅读提示:Methods:Molecular Docking and Molecular Dynamics Drug Screening、Surface Plasmon Resonance Assay |