靶点表达分析
评估ClpP和DRD2在MB患者样本中的表达水平,以确定ONC206的潜在靶点。
通过公共数据库分析mRNA表达,通过免疫组化分析蛋白表达。
ONC206 demonstrates potent antitumorigenic activity and is a potential novel therapeutic strategy for high-risk medulloblastoma
包含体外细胞活力、凋亡、线粒体功能检测,体内遗传工程小鼠模型和PDX模型生存期验证,以及免疫组化和Western blot等机制分析。
人髓母细胞瘤细胞系(D556、Daoy、UW-228等) 鼠髓母细胞瘤细胞系(MP等) SHH型转基因小鼠模型(ND2:SmoA1-GFP) 人髓母细胞瘤患者来源异种移植(PDX)模型(组3和组4)
ClpP在MB肿瘤组织和正常脑组织中的表达差异 ONC206处理对MB细胞活力的IC-50值 ONC206诱导的线粒体损伤标志(线粒体膜电位、细胞色素c释放、OCR降低) 体内模型中ONC206的给药剂量和频率(如120 mg/kg每周,100 mg/kg每周两次等) 体内模型中的生存期延长(如SmoA1小鼠70天至140天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ClpP和DRD2在MB患者样本中的表达水平,以确定ONC206的潜在靶点。
通过公共数据库分析mRNA表达,通过免疫组化分析蛋白表达。
评估ONC201和ONC206对多种MB细胞系的抗增殖作用。
用不同浓度药物处理细胞72小时,测定细胞活力并计算IC-50。
验证ONC206是否诱导线粒体损伤和功能障碍。
通过MitoTracker染色、细胞色素c免疫荧光、Western blot检测线粒体复合物、Seahorse实验检测耗氧率。
确认ONC206诱导MB细胞凋亡的能力。
用7-AAD和Annexin V染色后通过流式细胞仪分析凋亡。
评估ONC206在动物模型中的抗肿瘤疗效和生存期延长。
使用SHH型转基因小鼠(SmoA1-GFP)和组3同种移植模型,以及组3和组4 PDX模型,口服给予ONC206进行生存期观察。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | Cleaved Caspase3抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-77887 |
| ClpP抗体 | ABCAM | ab8416 | |
| C-Myc抗体 | Cell Signaling | #13987 | |
| DRD2抗体 | Thermo Fisher Scientific | #22022-1-AP | |
| DR5抗体 | ABCAM | ab8416 | |
| EZH2抗体 | Cell Signaling | #5246 | |
| NDUFS7抗体 | Novus Biologicals | NBP1-49846 | |
| TGM2抗体 | Cell Signaling | #3557 | |
| DAB显色液 | Vector Laboratories | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ThermoFisher | -- |
| 胎牛血清 | ThermoFisher | -- | |
| Neurobasal-A培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| N2补充剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| B27补充剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| GlutaMAX | Thermo Fisher Scientific | 100 U/mL | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 100 U/mL | |
| 肝素 | Thermo Fisher Scientific | 2 μg/mL | |
| Western blot | ATF4抗体 | ABCAM | -- |
| ClpP抗体 | ABCAM | -- | |
| DR5抗体 | ABCAM | -- | |
| GAPDH抗体 | ABCAM | -- | |
| LC3-b抗体 | ABCAM | -- | |
| MitoProfile总OXPHOS抗体 | ABCAM | -- | |
| SDHA抗体 | ABCAM | -- | |
| Survivin抗体 | ABCAM | -- | |
| Tomm20抗体 | ABCAM | -- | |
| eIF2a抗体 | Cell Signaling | -- | |
| pS473-Akt抗体 | Cell Signaling | -- | |
| STAT3抗体 | Cell Signaling | -- | |
| pY705-STAT3抗体 | Cell Signaling | -- | |
| HRP标记抗鼠二抗 | Jackson Immuno Research | -- | |
| HRP标记抗兔二抗 | Pierce, Life Technologies | -- | |
| RT-qPCR | Superscript III试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Cat# 18080-051 |
| 线粒体检测 | MitoTracker Red探针 | Invitrogen | -- |
| 抗细胞色素c抗体 | Cell Signaling | -- | |
| FITC标记抗鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI染料 | Cell Signaling | 300 nM | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Life Technologies | -- | |
| Seahorse分析 | Cell-Tak细胞和组织粘合剂 | Corning | -- |
| 寡霉素 | Agilent Technologies | 1.5 μM | |
| BAM-15 | Agilent Technologies | 1.5 μM | |
| 鱼藤酮 | Agilent Technologies | 0.5 μM | |
| 细胞活力 | CellTiter-Glo试剂 | Promega | -- |
| 流式凋亡 | 7-AAD | Becton Dickinson | -- |
| Annexin V | Biolegend | -- | |
| 动物实验 | 9.4 T Bio-spec扫描仪 | Bruker | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 肿瘤组织解离 | 脱氧核糖核酸酶 | Worthington | 2500 U/mL |
| Liberase | Sigma-Aldrich | 100 μg/mL | |
| 70微米过滤器 | Corning | -- | |
| 红细胞裂解缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| 离体脑片培养 | TUNEL检测试剂盒 | Cell Signaling | -- |
| 药物浓度分析 | 拉贝洛尔 | -- | 100 ng/mL |
| 甲苯磺丁脲 | -- | 100 ng/mL | |
| SCIEX Triple Quad 6500+液质联用仪 | SCIEX | -- | |
| Waters ACQUITY UPLC系统 | Waters | -- | |
| ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | 2.1×55 mm, 1.8 µm |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 靶点表达分析 | 公共数据库分析中ClpP和DRD2的表达比较,以及免疫组化所用抗体和染色条件。 阅读提示:Methods中的Molecular Data Mining和Immunohistochemistry部分 |
| 细胞活力检测 | 细胞系、种子密度(50,000细胞/孔)、药物处理时间(72小时)及IC-50计算方法。 阅读提示:Methods中的Cell Viability Assay部分 |
| 线粒体检测 | ONC206处理浓度(300 nM)、处理时间(48小时)、MitoTracker染色浓度(100 nM)、Seahorse实验中的细胞密度(40,000-50,000细胞/孔)、药物处理时间(24小时)及OCR测量参数。 阅读提示:Methods中的Mitochondrial Assays和Seahorse XF Mitochondrial Stress Test Assay部分 |
| 凋亡检测 | 细胞密度(150,000细胞/孔)、处理时间(72小时)、7-AAD和Annexin V染色时间(20分钟)。 阅读提示:Methods中的Flow Cytometric Analysis of Apoptosis部分 |
| 体内疗效 | 小鼠品系、性别、年龄、移植细胞数量、ONC206剂量和给药方案、治疗开始时间、生存期观察终点。 阅读提示:Methods中的In Vivo Experiments部分 |