分析肿瘤进展中的代谢重编程
表征EPv小鼠黑色素瘤进展过程中的代谢变化
对无肿瘤(TF)、肿瘤早期(TE)和肿瘤晚期(TA)EPv小鼠的耳部皮肤/肿瘤组织进行LC-MS/MS代谢组学分析和RNA-seq,检测糖酵解、TCA循环、氨基酸代谢及ATP水平。
Metabolic inhibition of glutamate-cysteine ligase increases dendritic cell-mediated antitumor immunity in melanoma
包含体外细胞实验(细胞活力、ROS、脂质过氧化、ATP释放等)和体内动物模型(EPv小鼠治疗实验),且进行了功能验证和机制验证(铁死亡抑制剂救援实验)。
Grm1黑色素瘤细胞系(来源于EPv小鼠) D4M.3A黑色素瘤细胞系(BRAFV600E突变) EPv转基因黑色素瘤小鼠模型
BSO浓度100 µM处理Grm1细胞诱导铁死亡 DC boost方案:Flt3L 10 µg每日腹腔注射第一周,polyI:C 25 µg和anti-CD40 25 µg每周瘤内注射 BSO体内剂量:每日腹腔注射0.05 mmol/小鼠 EPv小鼠治疗时间:从TF到TE阶段过渡期(2-4个月龄,耳厚度<400 µm)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征EPv小鼠黑色素瘤进展过程中的代谢变化
对无肿瘤(TF)、肿瘤早期(TE)和肿瘤晚期(TA)EPv小鼠的耳部皮肤/肿瘤组织进行LC-MS/MS代谢组学分析和RNA-seq,检测糖酵解、TCA循环、氨基酸代谢及ATP水平。
研究肿瘤进展过程中免疫细胞亚群的变化
使用26色流式细胞术和UMAP/FlowSOM聚类分析肿瘤浸润的髓系和淋巴系细胞。
测试抑制谷氨酰胺/谷氨酸代谢和谷胱甘肽合成对Grm1阳性黑色素瘤细胞的影响
使用Grm1和D4M细胞系,用BSO、IKE等抑制剂处理,通过IncuCyte实时监测细胞增殖和死亡,检测ROS、脂质过氧化和ATP释放,并使用细胞死亡抑制剂验证死亡类型。
验证联合治疗在EPv小鼠模型中能否抑制肿瘤生长并增强免疫应答
EPv小鼠在TF到TE过渡期接受PBS、BSO、DC boost或联合治疗3周,测量耳厚度变化,并通过流式细胞术和RNA-seq分析肿瘤浸润免疫细胞和基因表达。
确定联合治疗是否促进活化T细胞和DC的浸润以及延长生存期
治疗结束后,通过流式细胞术分析T细胞和DC亚群,评估激活标志物和细胞因子产生;进行RNA-seq分析免疫相关基因表达;并跟踪小鼠长期生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Lonza | -- |
| 胎牛血清 | PAN-Biotech | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Life Technologies | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Lonza | -- | |
| 代谢组学 | 甲醇 | -- | -- |
| 乙酸铵 | -- | -- | |
| 乙酸 | -- | -- | |
| 样本制备 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 逆转录 | RapidOut DNA去除试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SuperScript II逆转录酶 | Life Technologies | -- | |
| qPCR | Brilliant III Ultra-Fast预混液 | Agilent Technologies | -- |
| 细胞处理 | L-丁硫氨酸-(S,R)-亚砜亚胺 | MedChemExpress | -- |
| 咪唑酮erastin | MedChemExpress | -- | |
| LY367385 | MedChemExpress | -- | |
| 替拉格列司他 | MedChemExpress | -- | |
| R162 | MedChemExpress | -- | |
| 铁抑素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| zVAD-fmk | MedChemExpress | -- | |
| GSK'872 | MedChemExpress | -- | |
| 多柔比星 | Merck | -- | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 布雷菲德菌素A | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | 胶原酶D | Roche | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | -- | |
| Liberase | Roche Diagnostics | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| EDTA | Lonza | -- | |
| 流式细胞术 | eFluor780 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗小鼠CD16/CD32单克隆抗体 | TONBO Biosciences | -- | |
| Cytofix/Cytoperm试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| FoxP3染色缓冲液试剂盒 | eBioscience | -- | |
| 5L Aurora光谱流式细胞仪 | Cytek Bioscience | -- | |
| CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman Coulter Life Sciences | -- | |
| 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Thermo Fisher | -- | |
| BODIPY 581/591 C11染料 | Sigma | -- | |
| 细胞活力检测 | DiYO-3染料 | AAT Bioquest | -- |
| 代谢物检测 | 谷氨酸-Glo检测试剂盒 | Promega | J7021 |
| 蛋白质定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23225 |
| ATP检测 | RealTime-Glo细胞外ATP检测试剂盒 | Promega | GA5010 |
| RNA测序 | Lexogen QuantSeq 3' mRNA文库制备试剂盒 | Lexogen | -- |
| Illumina NovaSeq测序仪 | Illumina | -- | |
| 小鼠处理 | Fms相关酪氨酸激酶3配体 | Celldex Therapeutics | -- |
| 聚肌苷酸-聚胞苷酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 抗CD40抗体 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | IncuCyte S3活细胞分析系统 | Sartorius | 4647 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 代谢组学分析 | 组织样本处理:80%甲醇提取,组织匀浆,离心条件;LC-MS/MS参数(色谱柱、流动相、梯度),内标及校准曲线;氨基酸衍生化条件 阅读提示:详见Methods部分“Preparation of tissue samples for metabolite quantification”和“Mass spectrometric analysis of ...” |
| 免疫细胞分析 | 流式细胞术抗体组合(26色),组织消化条件(胶原酶D、DNase I、Liberase浓度及时间),Fc受体阻断,固定/破膜试剂 阅读提示:详见Methods部分“Preparation of single cell suspensions ...”和“Flow cytometry analysis ...”以及补充表T4 |
| 体外细胞实验 | 细胞系(Grm1和D4M.3A)培养条件,处理药物浓度(BSO 100 µM, IKE 1 µM等),细胞接种密度,处理时间,活力检测及死细胞染料使用 阅读提示:详见Methods部分“Tumor cell lines ...”和“Viability assay: IncuCyte live cell imaging”及图3 |
| 体内治疗实验 | EPv小鼠周龄和肿瘤分期标准,治疗分组,DC boost方案(Flt3L剂量、polyI:C和anti-CD40剂量),BSO剂量(0.05 mmol/小鼠),给药途径和时间 阅读提示:详见Methods部分“Mouse experimental manipulations”和图4A |
| 生存分析 | 治疗结束后观察时间点,小鼠伦理终止标准,Kaplan-Meier生存曲线比较方法 阅读提示:详见Results部分“Combination therapy in EPv mice ...”和图5L |