人体标本和单细胞转录组分析
评估YAP信号在人类胃病变进展中的表达模式及其与化生状态的关系
对人慢性浅表性胃炎、肠化生、肠型胃癌和弥漫型胃癌组织进行免疫荧光染色,分析YAP和ZO-1表达;整合公开单细胞RNA测序数据(GSE150290)重新分析48,670个细胞,聚类并分析YAP在主细胞亚群中的表达。
Yes-Associated Protein Drives Helicobacter pylori-Induced Metaplastic Changes in Gastric Epithelium
研究涵盖人组织标本、细胞系、类器官、小鼠模型及单细胞转录组分析,并进行了遗传和药理功能验证及机制验证。
人胃上皮细胞系(AGS、MKN74、N87、KATO III) 患者来源胃类器官 主细胞特异性YAP敲除小鼠(Mist1-creERT2Cre/+;YAPfl/fl) C57BL/6J小鼠幽门螺杆菌/螺杆菌felis感染模型
H pylori菌株:60190(CagA+)、ΔCagA突变株,感染MOI=100 细胞系:AGS、MKN74、N87、KATO III、Caco-2、HEK293T 小鼠感染时长:口服灌胃8周 YAP敲除:主细胞特异性(Mist1-creERT2Cre/+;YAPfl/fl),他莫昔芬诱导 OTUB2调控:重组OTUB2(2 μg/100 μL,腹腔注射,隔日一次,共7次)和LN5P45(2.5 mg/100 μL,腹腔注射)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估YAP信号在人类胃病变进展中的表达模式及其与化生状态的关系
对人慢性浅表性胃炎、肠化生、肠型胃癌和弥漫型胃癌组织进行免疫荧光染色,分析YAP和ZO-1表达;整合公开单细胞RNA测序数据(GSE150290)重新分析48,670个细胞,聚类并分析YAP在主细胞亚群中的表达。
明确CagA阳性H pylori感染对Hippo信号通路、去泛素化和炎症基因表达的影响
对AGS细胞感染H pylori 60190(CagA+)或ΔCagA 5小时,进行RNA-seq分析差异表达基因,GSEA富集分析;检测IL-8分泌、YAP/TAZ蛋白水平及OTUB2表达;过表达CagA WT或EPIYA磷酸化突变体检测YAP/TAZ和OTUB2水平。
验证H pylori感染是否诱导YAP核转位,以及YAP是否调节细胞连接完整性和肠化生标志物
对AGS细胞感染后进行核质分离和免疫荧光检测YAP亚细胞定位;检测ZO-1和CDX2的蛋白和mRNA水平;使用TEAD荧光素酶报告基因检测YAP转录活性;通过siRNA或shRNA敲低YAP检测上述指标变化;在正常胃类器官中电穿孔改变YAP表达观察形态变化。
评价YAP对体内肿瘤生长和上皮形态发生的影响
将稳定敲低YAP的AGS细胞(shYAP#1/#2)皮下注射到BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积并用生物发光成像评估;正常胃类器官通过电穿孔过表达或敲低YAP,观察器官形态变化。
阐明OTUB2是否通过去泛素化和SUMO化调节YAP稳定性
检测H pylori感染后OTUB2表达和与CagA的共定位;用重组OTUB2或siOTUB2处理细胞检测YAP、CDX2和ZO-1水平;通过免疫沉淀检测YAP泛素化和OTUB2 SUMO化,并用TAK-981抑制SUMO化验证。
在体内验证YAP对幽门螺杆菌诱导的胃化生(SPEM)的必要性
使用Mist1-creERT2Cre/+;YAPfl/fl小鼠,他莫昔芬诱导主细胞YAP敲除,经口灌胃感染H pylori 60190(CagA+)、ΔCagA或H felis 8周,收集胃组织进行组织学、免疫组化、免疫荧光和原位杂交分析。
确定OTUB2的药理学激活或抑制是否影响YAP驱动的化生信号
对WT或YAP敲除小鼠腹腔注射rOTUB2(2 μg/100 μL)或LN5P45(2.5 mg/100 μL),随后感染H pylori,分析胃组织YAP、CD44v9、ATP4B和GSII表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | HyClone | SH30027.01 |
| 杜氏改良Eagle培养基 | HyClone | SH30243.01 | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | 356231 |
| Advanced DMEM/F12培养基 | Gibco | -- | |
| HEPES缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| GlutaMAX添加剂 | Invitrogen | 35050-061 | |
| B27补充剂 | Invitrogen | 17504-044 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A7250 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| Noggin蛋白 | PeproTech | 120-10C | |
| R-spondin1条件培养基 | -- | -- | |
| Wnt条件培养基 | -- | -- | |
| 成纤维细胞生长因子10 | PeproTech | 100-26 | |
| 胃泌素 | Tocris | 3006 | |
| A83-01(TGF-β抑制剂) | Sigma-Aldrich | SML0788 | |
| 烟酰胺 | Sigma-Aldrich | N0636 | |
| Y-27632(ROCK抑制剂) | Sigma-Aldrich | Y0503 | |
| I型胶原蛋白 | Corning | 3470 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13,778-150 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11,668-019 | |
| Lentipectin转染试剂 | Applied Biological Materials | G074 | |
| 细胞转染 | pEGFP-C3-hYAP1质粒 | Addgene | RRID:Addgene_17843 |
| 慢病毒包装混合液 | Abcam | LV053 | |
| 细胞培养 | TEAD荧光素酶报告慢病毒 | BPS Bioscience | 79,833 |
| ELISA | 人CXCL8/IL-8 DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY208-05 |
| DuoSet辅助试剂 | R&D Systems | DY008 | |
| WB | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | GenDEPOT | P3300 | |
| Immobilon-FL PVDF膜 | Merck Millipore | IPFL00010 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34,580 | |
| 免疫沉淀 | Protein A/G PLUS琼脂糖珠 | -- | -- |
| 细胞分离 | NE-PER核浆分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 78,833 |
| 电穿孔 | NEPA21电穿孔仪 | Nepagene | -- |
| 免疫组织化学 | 抗原修复液 | Dako | S169984-2 |
| 无血清蛋白封闭液 | Dako | X0909 | |
| 免疫荧光 | Texas Red染料 | Invitrogen | -- |
| 异硫氰酸荧光素 | Invitrogen | -- | |
| Cy3荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| Cy5荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| DAPI核酸染料 | Sigma | -- | |
| LSM 770共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| EVOS-M5000显微镜 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 原位杂交 | RNAscope探针 - 幽门螺杆菌16S | Advanced Cell Diagnostics | 542931 |
| RNAscope探针 - 螺杆菌felis omp2 | Advanced Cell Diagnostics | 1281251-C1 | |
| RNAscope 2.5 HD检测试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | -- | |
| 扫描电镜 | LEICA EM CPD300临界点干燥仪 | LEICA | -- |
| LEICA EM ACE600离子溅射仪 | LEICA | -- | |
| 场发射扫描电子显微镜(MERLIN) | ZEISS | -- | |
| 透射电镜 | Poly/Bed 812包埋试剂盒 | Polysciences | -- |
| 电镜烘箱(TD-700) | DOSAKA | -- | |
| JEM-1011透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| RNA-seq | QuantSeq 3' mRNA-Seq文库制备试剂盒 | Lexogen | -- |
| Illumina测序平台 | Illumina | -- | |
| OTUB2药理调控 | 重组OTUB2蛋白 | Sino Biological | 13177-H07E |
| LN5P45(OTUB2抑制剂) | MedChemExpress | HY-149482 | |
| SUMO化抑制 | TAK-981(SUMO活化酶抑制剂) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与感染 | H pylori菌株(60190、ΔCagA、11637、8822)、感染MOI=100、感染时间(5小时等) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Helicobacter Infection; Figure 2 legend |
| 类器官培养与感染 | 类器官培养基成分及生长因子、2D培养条件、感染MOI(100-200)、感染时间(48小时) 阅读提示:Methods: Gastric Organoid Culture; Figure 3 legend |
| 小鼠感染模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8-10周)、感染菌株、灌胃次数(8周)、分组(PBS、60190、ΔCagA、H felis) 阅读提示:Methods: Mouse Models; Figure 5 legend |
| 主细胞特异性YAP敲除 | Mist1-creERT2Cre/+;YAPfl/fl基因型、他莫昔芬剂量(5 mg)、给药次数(3次)、给药方式(皮下注射) 阅读提示:Methods: Mouse Models; Figure 5A legend |
| OTUB2药理调节 | rOTUB2剂量(2 μg/100 μL)、给药频率(隔日一次共7次)、给药方式(腹腔注射);LN5P45剂量(2.5 mg/100 μL)、给药时机(感染前) 阅读提示:Methods: Modulation of OTUB2 Activity In Vivo; Figure 8 legend |
| 组织学分析 | 胃组织取材位置(胃体)、固定方法、切片厚度、抗原修复条件、抗体稀释度 阅读提示:Methods: Immunostaining and In Situ Hybridization; Figure legends for IHC/IF |
| 统计分析 | 样本量(n)、统计检验方法(t检验、ANOVA)、显著性阈值α=0.05 阅读提示:Methods: Statistical Analysis |