偶然接触在耐多药结核病传播中的作用：一项分子流行病学研究

背景：在结核病高负担国家，传播是结核病和耐多药结核病的主要驱动因素，但传播发生的地点和人群尚不清楚。目的：我们采用通用的全基因组测序来评估偶然接触在结核分枝杆菌传播中的作用。方法：我们在2018年6月至2022年12月期间，从南非德班大都市区招募了被诊断为二线耐多药结核病的患者。我们收集了患者确诊前经常接触的指定联系人以及家庭、诊所和社区场所的GPS坐标。在全基因组测序基因型聚类（≤12个单核苷酸多态性）的参与者中，我们量化了归因于密切接触与偶然接触的比例。密切接触定义为人际联系或重叠住院。偶然接触联系基于家庭和社区场所的地理邻近性或共享的门诊诊所。测量与主要结果：我们招募了383名二线耐多药结核病确诊患者中的305名。对251名参与者的结核分枝杆菌分离株进行了测序；其中141名存在基因型关联，形成了25个簇。在聚类参与者中，69名通过偶然接触存在流行病学关联，13名通过密切接触存在关联。多变量分析发现，居住距离在1公里内、访问邻近社区场所、共享门诊诊所以及人际联系是基因型聚类的显著风险因素。结论：在高负担环境中，社区场所的偶然接触占基因型簇内传播的一半。遏制结核病的努力需要在当前接触者追踪的主要策略之外，更加重视基于社区的措施，以识别来自偶然接触或未被发现的中间病例。