偶然接触在耐药结核病传播中的作用：一项分子流行病学研究

理论依据 传播是高负担国家结核病（TB）和耐药结核病（DR-TB）的主要驱动因素；然而，传播发生的地点和人群之间的传播了解甚少。 目标 我们进行了普遍全基因组测序（WGS），以评估偶然接触在结核分枝杆菌传播中的作用。 方法 我们招募了2018年6月至2022年12月在南非德班大都市诊断为二线耐药结核病（例如，广泛耐药[XDR]、前XDR-TB）的患者。我们收集了指定接触者以及诊断前经常访问的家庭、诊所和社区地点的GPS坐标。在全基因组测序（≤12个单核苷酸多态性）基因分型聚类的参与者中，我们量化了归因于密切接触与偶然接触的比例。密切接触被定义为人与人之间的接触或重叠住院。偶然接触的联系基于家庭和社区地点的地理邻近性，或共享的门诊诊所。 测量和主要结果 我们招募了383名诊断为二线耐药结核病患者中的305名（80%）。对251名（83%）参与者的结核分枝杆菌分离株进行了测序；141名（56%）在基因型上相关，形成25个簇（范围，2-49人/簇）。在聚类的参与者中，69名（49%）通过偶然接触流行病学相关，13名（9%）通过密切接触相关。多变量分析确定住在1公里以内（OR，17.9）、访问邻近社区地点（OR，1.88）、共享门诊诊所（OR，1.72）和人-人接触（OR，5.38）是与基因型聚类相关的显著风险因素。 结论 在高负担环境中，社区地点的偶然接触占基因型簇中传播的一半。遏制结核病的努力将需要更加重视基于社区的措施，以识别偶然接触或未检测到的中间病例，除了目前主要的接触者追踪。 关键词：结核病，传播，全基因组测序，耐药性