组织样本收集与患者分组
获取COPD和对照肺组织,进行分组比较
收集38例COPD患者和21例非COPD对照的手术切除肺组织,按GOLD分级分组。
Mast cells and endothelial cells mediate interleukin-33 and ST2 responses in distal chronic obstructive pulmonary disease lungs
包含多层次验证:双重独立证据(组织学单细胞分析与公开scRNA-seq数据),功能验证(基因表达差异),涉及患者样本(38例COPD与21例对照)。
COPD患者手术切除肺组织 非COPD对照肺组织 人肺组织切片中的肥大细胞 人肺组织切片中的肺泡毛细血管内皮细胞
组织来源:手术切除肺组织,COPD(GOLD I-IV)与对照组 检测方法:原位杂交(ISH)与多重免疫组化(IHC)结合 关键分子:IL-33、ST2L、sST2 mRNA及蛋白 统计方法:非参数检验(Mann-Whitney U检验、Kruskal-Wallis检验及Dunn事后检验) 相关性分析:Spearman秩相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取COPD和对照肺组织,进行分组比较
收集38例COPD患者和21例非COPD对照的手术切除肺组织,按GOLD分级分组。
检测IL-33蛋白和mRNA、ST2 mRNA的空间分布
使用IHC和ISH(RNAscope)检测IL-33和ST2,结合多重IHC进行细胞类型鉴定。
量化不同细胞类型中ST2L和sST2的表达水平
通过组织学单细胞分析,对肥大细胞、内皮细胞等定量ST2L和sST2 mRNA表达。
验证人类肺中IL-33和ST2表达的细胞类型分布
分析已发表的scRNA-seq数据,评估IL1RL1和IL-33在不同细胞群中的表达。
比较组间差异和相关性
使用GraphPad Prism和JMP进行Mann-Whitney U检验、Kruskal-Wallis检验及Spearman相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 自动染色仪 | Dako/Agilent | -- |
| EnVision检测试剂盒 | Agilent | -- | |
| 原位杂交 | RNAscope原位杂交系统 | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| 多重染色 | AMLC(叠加多重标记细胞化学)平台 | Medetect AB | -- |
| 图像分析 | 细胞群落浏览器 | Medetect AB | -- |
| QuPath | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism | GraphPad Software | -- |
| JMP | SAS Institute | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | COPD患者(GOLD I-III和IV)及对照组的纳入标准,排除标准等 阅读提示:Methods: Patients and lung tissue sampling |
| 组织处理 | 固定、脱水、包埋的具体条件 阅读提示:Methods: Patients and lung tissue sampling |
| IHC/ISH | 抗原修复方法、抗体浓度、探针序列、孵育时间等 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry, ISH, and multiplex ISH-IHC |
| 单细胞分析 | 细胞鉴定标记、图像分析软件设置、定量方法 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry, ISH, and multiplex ISH-IHC |
| 统计分析 | 统计检验方法、多重比较校正、显著性水平 阅读提示:Methods: Statistical analysis |