患者入组与队列建立
纳入高肿瘤负荷转移性前列腺癌患者,并收集临床基线数据。
前瞻性纳入114例患者,根据治疗方式分为PARADIGM-D(多西他赛组)和PARADIGM-A(ARPI组),收集血液样本。
Combined ctDNA and serum PSA for dynamic monitoring of metastatic prostate cancer starting first-line treatment: a prospective national cohort study
该研究为多中心前瞻性队列研究,包含患者血液样本的ctDNA检测、PSA检测、生存分析以及多个时间点的动态监测,并进行了多变量Cox回归和ROC分析,验证了ctDNA和PSA的预后价值。
转移性前列腺癌患者队列(n=114) 高肿瘤负荷转移性前列腺癌患者(n=104) 接受ADT联合多西他赛或ARPI治疗的患者
ctDNA检测时间点:治疗周期3或4(主要时间点) ctDNA阳性阈值:等位基因失衡≥0.01 血清PSA阈值:≤0.2、>0.2-4、>4 ng/ml 患者队列:114例高肿瘤负荷转移性前列腺癌患者 中位随访时间:41个月
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
纳入高肿瘤负荷转移性前列腺癌患者,并收集临床基线数据。
前瞻性纳入114例患者,根据治疗方式分为PARADIGM-D(多西他赛组)和PARADIGM-A(ARPI组),收集血液样本。
检测治疗过程中ctDNA变化,评估其与预后的关联。
在每个治疗周期(1-6)收集血液,提取ctDNA,使用PCF-SELECT panel进行靶向测序,分析等位基因失衡和拷贝数变化,计算ctDNA分数。
评估血清PSA水平及其与预后的关系。
在每个治疗周期同步检测血清PSA,记录PSA水平,并进一步分析PSA与ctDNA的组合对生存预测的贡献。
评估ctDNA和PSA对PFS和OS的预测价值,并构建联合预测模型。
使用多变量Cox回归分析ctDNA、PSA及临床变量对生存的影响;通过ROC曲线评估ctDNA和PSA对12个月和24个月生存预测的准确性。
探索临床病理特征对ctDNA和PSA预测价值的影响。
根据治疗队列、内脏转移状态等亚组进行生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ctDNA提取 | QIAamp循环核酸提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA提取 | QIAamp DNA血液迷你提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| ctDNA提取 | PAXgene循环游离DNA采血管 | -- | -- |
| EDTA采血管 | -- | -- | |
| DNA定量 | Qubit双链DNA高灵敏度定量试剂盒 | -- | -- |
| Qubit双链DNA宽范围定量试剂盒 | -- | -- | |
| DNA片段化 | Covaris超声波破碎仪 | Covaris | -- |
| 文库构建 | KAPA Hyperprep文库构建试剂盒 | Roche | -- |
| 靶向捕获 | KAPA HyperCap靶向捕获工作流程 | Roche | -- |
| 靶向测序 | PCF-SELECT探针panel v.3 | -- | -- |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 数据分析 | BWA-MEM比对软件 | -- | -- |
| Picard MarkDuplicates去重复软件 | -- | -- | |
| GATK基因组分析工具包 | -- | -- | |
| bamUtil工具 | -- | -- | |
| CLONETv2计算流程 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组 | 高肿瘤负荷定义、治疗分组、入组时间窗 阅读提示:Methods: Study design and patient population |
| ctDNA检测 | 血液采集时间点、采血管类型、提取试剂盒、测序panel、ctDNA阳性判定阈值 阅读提示:Methods: Experimental procedures; Fig. 1a-c |
| PSA检测 | PSA采样时间点、检测方法、分类阈值 阅读提示:Methods: Laboratory and clinical outcomes data; Fig. 4a,b |
| 生存分析 | 主要终点OS、次要终点PFS、统计模型(Cox回归)、调整变量 阅读提示:Methods: Statistics and reproducibility; Fig. 2 |
| 预测模型 | ROC分析时间点、模型比较(加/不加ctDNA)、AUC计算 阅读提示:Methods: Statistics and reproducibility; Fig. 4c,d |