队列建立与基线评估
评估出现发热综合征的CKDu流行地区患者的基线肾功能和临床特征。
在斯里兰卡Girandurukotte地区,纳入151例有至少三种症状(关节痛、肌痛、发热、背痛或不适)的患者,收集血液和尿液样本,测定血清肌酐、CRP、胱抑素C和尿蛋白。
Lack of evidence for viral etiology in symptomatic chronic kidney disease of unknown etiology (CKDu) in Sri Lanka
包含前瞻性队列研究、血清病毒组学筛选、肾活检NGS和PAN-Hanta-PCR,但缺乏功能验证或机制验证,且样本量有限。
发热综合征患者队列(85例) 肾活检组织(19例)
患者队列:85例有症状患者(至少三种症状:关节痛、肌痛、发热、背痛或感觉不适) 血清样本32份,用于VirScan™病毒组学分析 肾活检19份,用于PAN-Hanta-PCR和NGS 随访时间:中位2.3年(范围0.8-3.3年) eGFR下降定义:每年下降≥4 ml/min/1.73m2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估出现发热综合征的CKDu流行地区患者的基线肾功能和临床特征。
在斯里兰卡Girandurukotte地区,纳入151例有至少三种症状(关节痛、肌痛、发热、背痛或不适)的患者,收集血液和尿液样本,测定血清肌酐、CRP、胱抑素C和尿蛋白。
评估患者随访期间肾功能变化,并识别eGFR快速下降的患者。
对85例回访患者进行随访,中位随访2.3年,根据eGFR变化分组,计算eGFR斜率。
检测患者血清中针对已知人类致病病毒的抗体,以寻找病毒病因线索。
对32份血清样本(7份来自eGFR下降组,25份对照)使用VirScan™-Pipeline进行噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-Seq),分析病毒抗体反应性。
直接检测肾活检组织中是否存在病毒基因组,以确认或排除病毒病因。
对19份肾活检组织(4份来自队列,15份来自Sym-CKDu患者)进行RNA/DNA提取,使用PAN-Hanta-PCR检测汉坦病毒RNA,并构建DNA文库进行下一代测序(NGS)分析病毒序列。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | TissueLyser II | Qiagen | -- |
| 核酸提取 | MagNA Pure 96系统 | Roche | -- |
| RNA反转录 | M-MLV反转录酶 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库构建 | KAPA RNA HyperPrep试剂盒 | Roche Diagnostics | -- |
| 文库定量 | Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库质量控制 | Agilent TapeStation与HS D1000试剂盒 | Agilent | -- |
| 测序 | NextSeq 500/550高输出试剂盒 | Illumina | -- |
| 血样分析 | Jaffe法 | -- | -- |
| 比浊法 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 纳入标准:年龄>18岁,至少三种症状(关节痛、肌痛、发热、背痛或不适);排除标准:已诊断CKDu或CKD 阅读提示:Methods: Participant recruitment and inclusion criteria |
| 随访 | 随访时间:中位2.3年(范围0.8-3.3年);eGFR下降定义:每年≥4 ml/min/1.73m2 阅读提示:Results: Change of renal function over time in the follow-up |
| 病毒组学分析 | 样本量:32份血清;分组:eGFR下降组(n=7)和对照组(n=25);方法:VirScan™-Pipeline 阅读提示:Methods: Virome data |
| 肾活检分析 | 样本量:19份肾活检;检测:PAN-Hanta-PCR和NGS 阅读提示:Methods: RNA/DNA extraction and Hanta-PCR, High-throughput sequencing (HTS) and data analysis |