外周血单个核细胞的内源性血浆重悬可防止制备相关应激改变其对后续急性应激源的polyA富集RNA反应

人类外周血单个核细胞（PBMCs）常用于研究生物过程和疾病，但其细胞活化和剪接的基线变异性常被描述且原因不明。本研究使用能维持血沉棕黄层细胞（PBMCs、血小板）在其自身血浆中的分离系统，通过polyA富集RNA测序（RNASeq）检测到42,720个Ensembl基因ID，其中包括超过95%的基因型组织表达项目（GTEx）在肺、结肠、心脏、骨骼肌和肝脏中表达最高的100个基因，以及药物基因组学知识库列出的10/17个临床可操作基因。在1小时处理后定义了转录组变化：32°C低温（hsp70家族成员变化）、10 μmol/L柠檬酸铁（无明显影响）以及100 μg/mL环己酰亚胺（导致包括IL1B和TNF在内的初级反应基因诱导）。使用常规洗涤后重悬于血清补充培养基制备的同一供体PBMCs，显示出应激信号通路基因的基线上调，这掩盖并重叠了100 µg/L环己酰亚胺处理后的差异基因表达谱。血浆重悬的PBMCs在40 μmol/L柠檬酸铁处理后表现出轻微的转录组变化，而洗涤/培养基重悬的PBMCs则观察到一致且幅度更大的变化。我们得出结论，内源性血浆维持的PBMCs为探究触发先天免疫的急性细胞扰动提供了一个更稳健的平台，并且PBMCs对制备应激的不同敏感性是实验变异性的一个重要组成部分。