胸膜感染的微生物学诊断：一种新型综合征实时PCR组合的比较评估

当前胸膜感染的微生物诊断方法存在不足。使用16S靶向二代测序的研究表明，仅10%-16%存在的细菌能被培养出来，且50%-78%含有相关微生物DNA的胸膜液培养呈阴性。作为一种适用于临床实验室的快速诊断替代方案，我们探索了基于PCR的方法。基于关键病原体的鉴定，我们开发了一个针对社区获得性胸膜感染（CAPI）的综合征PCR组合。这是一个实用的PCR组合，意味着其设计目的并非检测所有可能涉及的细菌种类，而是为了确认CAPI的诊断，并检测可能影响抗菌治疗选择的细菌。我们在109例先前通过培养和16S靶向二代测序表征的确认CAPI样本上评估了该PCR组合。该PCR在107/109例（98.2%）中确保了CAPI的诊断，并在69/109例（63.3%）中检测到了所有存在的病原体。培养在54/109例（49.5%）中确保了诊断，并在31/109例（28.4%）中检测到了所有病原体。16S靶向二代测序的相应结果为109/109例（100%）和98/109例（89.9%）。对于PCR组合中包含的细菌种类，PCR的灵敏度为99.5%（184/185），培养为21.6%（40/185），16S靶向二代测序为92.4%（171/185）。存在的、未被PCR组合覆盖的细菌种类均被判定为不影响抗菌治疗。一个综合征PCR组合代表了一种快速且灵敏的替代方案，可用于当前CAPI微生物学诊断的方法。重要性：脓胸是一种死亡率高且发病率不断上升的严重感染。长期的住院治疗和长期的抗菌治疗疗程推高了医疗和生态成本。目前胸膜感染的微生物诊断方法不足。最近使用16S靶向二代测序作为参考标准的研究发现，培养仅能检出10%-16%存在的细菌，且50%-78%含有相关细菌DNA的样本培养仍为阴性。为了确认胸膜感染的诊断并确定最佳抗菌治疗方案，同时限制广谱抗生素的不必要使用，需要快速且灵敏的诊断方法。PCR是一种非常适合临床实验室的快速方法。在本文中，我们展示了一种新型综合征PCR组合可以确保胸膜感染的诊断，并以高灵敏度检测所有与抗菌治疗选择相关的细菌。