高通量筛选与初筛
从脂滴清除筛选库中鉴定能够改善GCase活性的化合物
利用高通量细胞脂滴清除筛选获得24个候选,通过荧光底物4-MUG裂解细胞法检测GCase活性,鉴定出A16和A18。
A PIKfyve modulator combined with an integrated stress response inhibitor to treat lysosomal storage diseases
包含多种独立证据:高通量筛选鉴定化合物、细胞模型(患者成纤维细胞、HeLa、U251)、分子机制验证(PIKfyve结合、TFEB/TFE3核转位、EndoH/ABPP实验)、转录组分析及药物联用研究。
患者来源的戈谢病成纤维细胞(L444P/L444P、N370S/84GG) HeLa细胞 U251细胞 其他LSD患者成纤维细胞(Fabry、Pompe、MPS IV、α-甘露糖苷贮积症)
化合物处理浓度:A16(500 nM)、A18(1 µM)、Apilimod(50 nM)、ISRIB(剂量未知) 处理时间:通常为72小时 细胞类型:患者成纤维细胞(L444P/L444P、N370S/84GG等)、HeLa、U251 DMSO终浓度:0.1%或0.2% 对照:DMSO处理组、非靶向shRNA对照
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从脂滴清除筛选库中鉴定能够改善GCase活性的化合物
利用高通量细胞脂滴清除筛选获得24个候选,通过荧光底物4-MUG裂解细胞法检测GCase活性,鉴定出A16和A18。
确认A16/A18能否改善戈谢病患者突变GCase活性
处理L444P/L444P和N370S/84GG成纤维细胞,检测GCase活性、mRNA水平、折叠与运输(EndoH处理、ABPP探针)。
确定A16/A18的作用靶点是否为PIKfyve
使用DiscoveRX KINOMEScan检测化合物与PIKfyve的结合,用已知抑制剂Apilimod和YM201636处理细胞验证效果,并用shRNA敲低PIKfyve观察对GCase活性的影响。
提高A18的效力和效果
合成A18类似物(LM-2-34、LM-2-27A等),检测GCase活性和PIKfyve结合。
评估ISR抑制剂(ISRIB)与PIKfyve调节剂联合使用的效果
用ISRIB单独或与A16/A18/Apilimod等联合处理,检测GCase活性、ABPP标记、qPCR,并利用ATF4-luciferase报告基因验证ISR激活。
验证该策略对其他LSD突变酶的效果
在Fabry、Pompe、MPS IV、α-甘露糖苷贮积症成纤维细胞中检测相关水解酶活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分(如DMEM、FBS、GlutaMAX等)、培养条件(如CO2、温度) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture |
| 化合物处理 | 处理浓度(A16 500 nM、A18 1 µM、Apilimod 50 nM、ISRIB浓度)、处理时间(72小时)、溶剂对照DMSO终浓度 阅读提示:Results及Figure legends(图2、图5) |
| GCase活性检测 | 底物(4-MUG)、缓冲液组成、反应时间、裂解方法(cOmplete Lysis-M)、荧光读取波长 阅读提示:Materials and Methods: Cell Assays |
| 蛋白质折叠与活性分析 | EndoH和PNGaseF处理条件、ABP探针(EW644)浓度(10 nM)和处理时间(2小时)、SDS-PAGE和Western blot条件 阅读提示:Materials and Methods: GCase Activity-Based Probe and Glycosidase Studies |
| 基因表达分析 | RNA提取方法、逆转录和qPCR条件、RNA-seq平台(BGI)、比对和差异表达分析软件(DNAstar、DESeq2) 阅读提示:Materials and Methods: RNA Extraction, RT-PCR, qPCR, and RNAseq |