参与者队列和样本采集
建立早期治疗和慢性治疗队列,收集纵向PBMC样本。
9名急性感染期开始ART的个体(Fiebig II-III: n=5; Fiebig IV-V: n=4)和10名慢性感染期开始ART的个体,采集血液或白细胞分离术样本。
Evolution of the HIV-1 integration site landscape and inducible reservoir in early-treated people
包含患者样本的纵向队列、整合位点分析、体外潜伏逆转实验、单细胞测序等多层级验证。
急性感染期治疗者PBMC来源的CD4 T细胞 慢性感染期治疗者PBMC来源的CD4 T细胞 p24+细胞单细胞
治疗起始时机(急性 vs 慢性) ART持续时间(UD vs UD+5年) PMA/Tat-LNP刺激浓度(162 nM PMA, 250 ng/mL Tat-LNP) 检测方法(Rainbow assay, ISLA, HIV-Flow, STIP-Seq)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立早期治疗和慢性治疗队列,收集纵向PBMC样本。
9名急性感染期开始ART的个体(Fiebig II-III: n=5; Fiebig IV-V: n=4)和10名慢性感染期开始ART的个体,采集血液或白细胞分离术样本。
测量总HIV DNA和完整HIV DNA频率。
使用Rainbow assay(数字PCR)对CD4 T细胞进行总HIV DNA(RU5)和完整HIV DNA(Ψ, env, gag, pol)定量。
分析前病毒整合位点的分布和克隆扩增情况。
使用ISLA对基因组DNA进行整合位点分析,对获得的整合位点进行分类和统计分析。
评估整合位点所处的染色质环境(活跃或抑制)。
通过Hi-C数据、RepeatMasker和ChIP-seq数据,分析整合位点在染色质区室、重复元件和组蛋白修饰的分布。
检测可诱导的翻译能力储库(p24+细胞)。
使用PMA和Tat-LNP刺激CD4 T细胞24小时,通过HIV-Flow检测p24+细胞频率。
从p24+细胞中同时获取整合位点和近全长前病毒序列。
使用STIP-Seq对单个p24+细胞进行全基因组扩增、整合位点分析和前病毒基因组测序。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | #69504 |
| 数字PCR | QIAcuity Four平台 | Qiagen | #911042 |
| 4x Qiacuity探针预混液 | Qiagen | #250102 | |
| CD4 T细胞分离 | EasySep人CD4 T细胞富集试剂盒 | StemCell Technology | #19052 |
| 全基因组扩增 | REPLI-g单细胞试剂盒 | Qiagen | #150345 |
| 整合位点分析 | Advantage2 10x缓冲液 | Takara Bio | #639202 |
| NotI限制性内切酶 | NEB | #R0189L | |
| 前病毒基因组扩增 | PrimeSTAR GXL聚合酶 | Takara Bio | #R050B |
| HIV-Flow | 佛波醇肉豆蔻酸酯乙酸酯 | Sigma | #P8139 |
| Tat-LNP | 文中未明确说明 | -- | |
| STIP-Seq | Platinum Taq高保真聚合酶 | Invitrogen | #11304011 |
| REPLI-g单细胞试剂盒 | Qiagen | #150345 | |
| 测序 | NextSeq Illumina平台 | Illumina | #MS-102-2002 |
| Element AVITI系统 | Element Biosciences | #860-00011 | |
| 单细胞分选 | BD FACSAria Fusion细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 流式抗体 | CD3 AF700克隆UCHT1 | BD Biosciences | #557943 |
| CD4 BV786克隆SK3 | BD Biosciences | #563881 | |
| CD8 BV510克隆RPA-T8 | BioLegend | #301047 | |
| CD45RO BV421克隆UCHL1 | BD Biosciences | #562649 | |
| CD27 BV605克隆L128 | BD Biosciences | #562656 | |
| p24 KC57-FITC | 文中未明确说明 | -- | |
| p24 28B7-APC | 文中未明确说明 | -- | |
| STIP-Seq | 可固定活力染料510 | ThermoFisher | #L34957 |
| PBS/1% BSA | ThermoFisher | #AM2616 | |
| RNA酶抑制剂 | Promega | #N2615 | |
| 单细胞分选 | PBS sc 1X | Qiagen | #150345 |
| 测序 | Ampure XP磁珠 | Beckman Coulter | #A63881 |
| Quant-iT PicoGreen双链DNA检测试剂盒 | Invitrogen | #P7589 | |
| Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | #FC-131-1096 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列选择 | 治疗起始时机(急性 vs 慢性),Fiebig分期,ART持续时间 阅读提示:Methods: Participants and sample collection |
| HIV DNA定量 | 细胞类型(CD4 T细胞),DNA提取方法,Rainbow assay条件 阅读提示:Methods: Rainbow assay |
| 整合位点分析 | ISLA方法,起始DNA量,PCR条件 阅读提示:Methods: Integration site analysis |
| 潜伏逆转 | PMA浓度,Tat-LNP浓度,刺激时间(24h) 阅读提示:Methods: HIV-flow procedure |
| p24+细胞单细胞分析 | 细胞分选策略,全基因组扩增条件,测序平台 阅读提示:Methods: Simultaneous TCR, integration site and proviral sequencing (STIP-Seq) |