样本收集与DNA提取
获取胃内球囊表面的微生物样本,用于后续测序分析。
胃内球囊取出时,使用内镜细胞刷从球囊表面收集样本,并进行DNA提取。
Changes in microbiota associated with the use of intragastric balloons
研究对象为9例患者,通过浅层宏基因组测序分析球囊相关菌群,包含分类组成、多样性和功能预测,但仅为探索性观察,缺乏对照组。
胃内球囊表面生物膜(来自9名肥胖患者)
样本量:9例患者(6女3男) 分组:6个月(5例)与12个月(4例);体重减少≥10 kg与<10 kg 测序策略:Illumina MiSeq 2×150 cycles 配对末端,仅使用正向读段 生物信息流程:NGless v1.3.0、mOTUs v2.6、KEGG KO功能注释 统计方法:Wilcoxon秩和检验、PERMANOVA、Pearson相关(FDR校正)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取胃内球囊表面的微生物样本,用于后续测序分析。
胃内球囊取出时,使用内镜细胞刷从球囊表面收集样本,并进行DNA提取。
对球囊表面微生物DNA进行测序,以获取群落组成和功能信息。
使用KAPA HyperPlus kit制备文库,在Illumina MiSeq平台进行2×150 bp配对末端测序,仅使用正向读段。
鉴定微生物组成、多样性和功能特征,比较不同组别差异。
使用NGless处理读段,mOTUs进行物种分类,KEGG和eggNOG进行功能注释,计算多样性指数并可视化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本采集 | 库克医疗内镜细胞刷 | Cook Medical | -- |
| DNA提取 | QIAamp PowerFecal Pro DNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | Quantifluor ONE双链DNA定量系统 | Promega | -- |
| 测序文库构建 | KAPA HyperPlus文库构建试剂盒 | Roche | -- |
| 测序 | Illumina MiSeq测序仪 | Illumina | -- |
| PhiX对照v3 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 患者数量(9例)、性别、年龄、BMI、球囊植入时间(6/12个月)、使用球囊型号(Orbera™) 阅读提示:Methods: Gastric balloon procedure; Table 1 |
| DNA提取 | DNA提取试剂盒(QIAamp PowerFecal Pro)、裂解条件(Omni Bead Ruptor 12, 3×30s) 阅读提示:Methods: DNA extraction from balloon samples |
| 测序 | 文库构建试剂盒(KAPA HyperPlus)、测序平台(MiSeq)、读长(2×150, 仅正向) 阅读提示:Methods: Shallow shotgun metagenomics sequencing |
| 生物信息分析 | 过滤参数(Phred<25, 长度<45bp)、物种注释工具(mOTUs v2.6)、功能注释数据库(KEGG KO) 阅读提示:Methods: Metagenomics data processing |
| 统计分析 | 多样性指数(Observed, Chao1, Shannon, Simpson)、统计检验(Wilcoxon, PERMANOVA)、相关分析(Pearson) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |