POC样本获取与TS细胞系建立
从RPL患者的POC组织中建立患者特异性TS细胞系,并验证其滋养层身份。
从5份POC样本中酶消化分离单细胞,进行TS细胞培养,成功建立4个TS细胞系(R002–R005)。
Functional heterogeneity in trophoblast stem cells derived from recurrent pregnancy loss products of conception
包含体外细胞模型(TS细胞系)建立与功能验证、分化实验、流式、ELISA、RNA-seq等,并进行了机制性通路分析。
POC来源的人滋养层干细胞系(R002–R005) 细胞滋养层来源的TS细胞系(CT27、CT29) STB分化模型 EVT分化模型
TS细胞系的核型状态(正常或异常) 细胞培养中VPA(丙戊酸)的存在与否 分化条件(ST3D培养基和EVT分化培养基组成) 检测时间点(STB第6天,EVT第8天) 实验重复数(n≥3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从RPL患者的POC组织中建立患者特异性TS细胞系,并验证其滋养层身份。
从5份POC样本中酶消化分离单细胞,进行TS细胞培养,成功建立4个TS细胞系(R002–R005)。
确认POC来源的TS细胞系具有标准干细胞状态滋养层特征。
通过免疫细胞化学检测KRT7、TFAP2C、GATA3和VIM,流式检测HLA-ABC,RT-qPCR检测C19MC miRNA,焦磷酸测序检测ELF5启动子甲基化,并测试VPA对HLA-ABC表达的影响。
评估TS细胞向STB谱系分化的能力及其合体滋养层功能。
采用ST3D分化方案诱导TS细胞形成STB球体,通过免疫荧光、RT-qPCR和ELISA评估STB标志物(SDC1、hCGβ)表达及hCGβ分泌。
评估TS细胞向EVT谱系分化的能力及其迁移功能。
采用EVT分化方案,通过形态学、RT-qPCR、免疫荧光、蛋白质印迹和活细胞成像评估EVT标志物(HLA-G、MMP2、CCR1)表达及细胞迁移距离。
揭示POC来源TS细胞系中的转录异质性和通路富集。
对干细胞状态的TS细胞系进行RNA-seq,进行PCA、差异表达分析和基因集富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 分散酶II | Sigma-Aldrich | -- |
| 胶原酶IV | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- | |
| 汉克平衡盐溶液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| L-抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 表皮生长因子 | Sigma-Aldrich | -- | |
| CHIR99021 | Reprocell | -- | |
| A83-01 | Reprocell | -- | |
| SB431542 | Reprocell | -- | |
| 丙戊酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Y27632 | Reprocell | -- | |
| TrypLE Express酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 人IV型胶原蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | -- | -- | |
| 敲除血清替代物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| STB分化 | 毛喉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| EVT分化 | 神经调节蛋白1 | Cell Signaling Technology | -- |
| 基质胶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫细胞化学 | Triton X-100 | Alfa Aesar | -- |
| DAPI封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 抗HLA-G抗体 | Abcam | -- | |
| 抗细胞角蛋白7抗体 | Abcam | -- | |
| 抗GATA3抗体 | R&D Systems | -- | |
| 抗TFAP2C抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 流式细胞术 | 抗HLA-ABC抗体(FITC) | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 同型对照 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| STB分析 | PE偶联抗SDC1抗体 | Biotec | -- |
| 兔抗绒毛膜促性腺激素 | Dako Omnis, Agilent | -- | |
| Alexa Fluor 488偶联的山羊抗兔IgG | -- | -- | |
| RNA提取 | AllPrep DNA/RNA小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| miRNA分析 | TaqMan Advanced miRNA cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| TaqMan快速高级预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TaqMan高级miRNA检测 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DNA甲基化分析 | EpiTect Plus亚硫酸氢盐试剂盒 | Qiagen | -- |
| PyroMark Q48高级CpG试剂 | Qiagen | -- | |
| PyroMark Q48磁珠 | Qiagen | -- | |
| Q48 Auroprep | Qiagen | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Plus微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PowerSYBR Green PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA-seq | TruSeq链特异性总RNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| RNA Screen Tape检测 | Agilent Technologies | -- | |
| D1000 Screen Tape检测 | Agilent | -- | |
| ELISA | hCGβ ELISA试剂盒 | R&D systems/Bio-techne | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Jess Simple Western系统 | ProteinSimple | -- | |
| 活细胞成像 | SPY505-DNA | Cytoskeleton, Inc. | -- |
| 细胞培养 | 小鼠IV型胶原 | -- | -- |
| 流式染色缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Nikon W1转盘共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 流式细胞术 | Attune NxT声波聚焦流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | QuantStudio 12K Flex实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA-seq | Illumina NovaSeq X Plus测序系统 | Illumina | -- |
| Agilent TapeStation 4200 | Agilent Technologies | -- | |
| Qubit 4荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 核型分析 | CytoScan HD微阵列平台 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 甲基化分析 | PyroMark Assay Design 2.0软件 | Qiagen | -- |
| 数据分析 | FlowJo软件 | BD Biosciences | -- |
| Imaris软件 | Bitplane | -- | |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TS细胞系建立与培养 | POC组织来源、妊娠周数、细胞培养基组分(如VPA、CHIR99021等)、培养条件(胶原包被、培养基更换频率) 阅读提示:Materials and methods: Derivation and culture of human TS cells |
| STB分化 | 分化起始细胞数、ST3D培养基成分、培养时间(6天)、检测方法(ELISA、球体形态) 阅读提示:Materials and methods: STB differentiation; Figure 5 legend |
| EVT分化 | 分化起始细胞密度、EVT分化培养基成分(NRG1、Matrigel浓度、A83-01等)、分化时间(8天)、检测方法(免疫荧光、RT-qPCR、迁移实验) 阅读提示:Materials and methods: EVT cell differentiation; Figure 7 legend |
| RNA-seq | RNA提取方法、文库制备试剂盒、测序平台、差异表达阈值、通路富集方法 阅读提示:Materials and methods: RNA sequencing; Data processing and analyses |