深度突变扫描揭示SARS-CoV-2奥密克戎JN.1和XEC受体结合域的抗体逃逸与感染性图谱

SARS-CoV-2持续在刺突蛋白受体结合域(RBD)积累突变，影响病毒感染性和抗体逃逸能力。因此，系统表征RBD突变对于理解病毒在免疫压力下的适应性和预测其进化轨迹至关重要。本研究采用两步法、非复制型假病毒深度突变扫描(DMS)平台，在全长刺突蛋白背景下，测量了奥密克戎变体JN.1及其后代谱系XEC的RBD中所有单氨基酸替换的影响。为了确定用于逃逸谱分析的典型抗体，我们首先评估了六种靶向RBD的单克隆抗体对JN.1和XEC假病毒的中和能力。只有BD55-1205和719-14 sIgA保留了显著的中和活性，并被选用于后续的逃逸图谱绘制。结果表明，大多数单RBD氨基酸突变并未显著增强假病毒的细胞入侵能力。在那些功能保留且能显著逃逸任一抗体的突变中，大多数高逃逸替换聚集在受体结合基序(RBM)和受体结合脊区域。此外，BD55-1205和719-14 sIgA各自表现出独特的、抗体特异性的逃逸位点，表明不同的表位偏好性在同一病毒谱系内施加了独特的选择压力。总体而言，这项基于假病毒的DMS分析阐明了JN.1和XEC谱系免疫逃逸和适应性的分子机制。我们的发现为预测群体免疫下SARS-CoV-2的进化提供了关键见解，并为评估新出现的变体、选择疫苗株和优化治疗性抗体提供了指导。