循环蛋白质组与肺功能的关联研究

Circulating proteomic landscape of lung function

作者信息Mikyeong Lee, Thomas R Austin, Yura Lee, Ahmed Edris, Gisli Thor Axelsson, Gaurav Thareja, Jing Chen, Traci M Bartz, Valborg Gudmundsdottir, John S House, Kelly V Ruggles, Liming Li, Aziz Belkadi, Qatar Genome Program Research Consortium, Zhengming Chen, Lori L Jennings, Karsten Suhre, Alison A Motsinger-Reif, Martin D Tobin, Vilmundur Gudnason, Robin G Walters, Bruce M Psaty, Sina A Gharib, Bing Yu, Stephanie J London
PMID41713944
发布时间2026-02-19
DOI10.1183/13993003.01528-2025

实验完整度

多祖先队列(20823人)发现,独立队列(UKB、QBB)验证,功能通路富集和孟德尔随机化提供机制证据。

主要模型

多祖先人群队列(欧洲、非洲、亚洲裔,共20823名成年人) UK Biobank(Olink 3K平台,34019名欧洲裔) Qatar Biobank(SomaScan 1.3K平台,1955名中东阿拉伯裔)

重点核对

SomaScan平台检测4693种循环蛋白,采用log2转换 稳健线性回归校正年龄、年龄平方、性别、身高、身高平方、体重(仅FVC)、吸烟状态和包年 Bonferroni显著性阈值p<1×10⁻⁵(0.05/4979个适体) 固定效应逆方差加权荟萃分析

摘要

背景:大规模遗传和表观遗传研究已鉴定出许多与肺功能相关的基因。然而,蛋白质组学作为能更直接揭示病理生理过程的手段,尚未得到充分探索。我们旨在鉴定与肺功能相关的循环蛋白质。方法:在五个队列共20823名成年人(71%欧洲裔,15%非洲裔,15%亚洲裔)中,我们研究了肺功能指标(一秒用力呼气容积(FEV1)、用力肺活量(FVC)和FEV1/FVC)与循环中4693种蛋白质丰度的关系,这些蛋白质通过SomaScan平台检测。研究层面关联采用稳健线性回归,校正年龄、性别、身高、体重和吸烟等混杂因素。结果随后采用逆方差加权进行荟萃分析。结果:在这项多祖先人群中,经Bonferroni校正(p<1×10⁻⁵)后,1055种蛋白质与肺功能指标显著相关。富集到的473条通路包括涉及炎症和机体损伤的通路。蛋白质-蛋白质相互作用网络提示肺功能的潜在关键调控因子,包括STAT3和EGFR。与411种蛋白质的关联在UK Biobank中采用Olink 3K平台(560种重叠蛋白质)得到验证。在我们的数据中,有179种蛋白质与COPD相关。虽然大多数相关蛋白质可能是肺功能受损的生物标志物,但孟德尔随机化提供了初步证据,提示其中34种蛋白质可能具有因果作用。我们的发现包括已知的肺部疾病生物标志物,如COPD相关标志物。值得注意的是,89%的相关蛋白质此前未被发现与肺功能相关。结论:这项全面的研究发现了新的蛋白质-肺功能关联,可能有助于理解肺部疾病的发病机制,帮助发现循环生物标志物,并加速呼吸系统疾病新的管理策略的开发。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些循环蛋白与肺功能指标(FEV1、FVC、FEV1/FVC)相关,并具有潜在的因果作用?
核心机制
富集通路包括炎症和机体损伤通路;蛋白质互作网络提示STAT3和EGFR等关键调控因子可能参与肺功能调控;部分蛋白(34种)通过孟德尔随机化提示潜在因果作用。
主要证据
多祖先人群(20,823人)中1055种蛋白与肺功能显著相关;在UKB Olink平台验证71%可用关联;34种蛋白经孟德尔随机化支持潜在因果性。
研究意义
发现了新的蛋白-肺功能关联,为肺部疾病发病机制提供见解,有助于发现循环生物标志物,并可能加速呼吸系统疾病管理策略的开发。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

研究队列和蛋白质组检测

评估多祖先人群中循环蛋白丰度与肺功能指标的关系。

纳入五个人群队列共20,823名成人,使用SomaScan平台检测血浆中4693种蛋白。

2

关联分析

确定与肺功能指标(FEV1、FVC、FEV1/FVC)显著相关的循环蛋白。

每个队列使用稳健线性回归评估蛋白水平与肺功能的关系,校正混杂因素;随后进行固定效应逆方差加权荟萃分析。

3

通路富集和蛋白互作网络分析

探讨显著蛋白涉及的生物学通路和潜在关键调控蛋白。

使用IPA对显著蛋白进行通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析,并利用Human Protein Atlas评估这些蛋白在肺组织的表达。

4

孟德尔随机化分析

评估显著蛋白与肺功能之间是否存在潜在因果关联。

使用顺式pQTL作为工具变量,通过Wald ratio估计蛋白对肺功能的因果效应。

5

COPD关联分析

检查与肺功能显著相关的蛋白是否也与COPD相关。

在2723例COPD病例和13052例非病例中,使用logistic回归评估蛋白水平与COPD风险的关系。

6

独立数据验证

检验发现结果在不同平台和人群中的可重复性。

在UK Biobank(Olink 3K平台)和Qatar Biobank(SomaScan 1.3K平台)中验证显著蛋白的关联。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
SomaScan平台SomaLogic--
Olink Explore 3072平台Olink--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
蛋白质组检测
SomaScan平台版本,样本类型(血清或血浆),标准化和归一化流程
阅读提示:Methods:Lung function and proteomic measurement;Discussion中提到的SomaScan版本
统计关联分析
协变量调整(年龄、年龄平方、性别、身高、身高平方、体重、吸烟、包年),年龄范围(≥30岁),校正因子
阅读提示:Methods:Association analyses;图注中描述协变量
孟德尔随机化
pQTL来源数据集(编号),显著性阈值(p<5×10⁻⁹),工具变量选择,方法(Wald ratio)
阅读提示:Methods:Protein quantitative trait loci and MR
COPD定义
COPD诊断标准(FEV1<80%预测值,FEV1/FVC<0.7),非病例标准
阅读提示:Methods:Associations with COPD
验证队列
UKB样本量(34,019),Olink平台版本,QBB样本量(1,955),SomaScan版本(1.3K)
阅读提示:Methods:Look-up validation;表1