研究队列和蛋白质组检测
评估多祖先人群中循环蛋白丰度与肺功能指标的关系。
纳入五个人群队列共20,823名成人,使用SomaScan平台检测血浆中4693种蛋白。
Circulating proteomic landscape of lung function
多祖先队列(20823人)发现,独立队列(UKB、QBB)验证,功能通路富集和孟德尔随机化提供机制证据。
多祖先人群队列(欧洲、非洲、亚洲裔,共20823名成年人) UK Biobank(Olink 3K平台,34019名欧洲裔) Qatar Biobank(SomaScan 1.3K平台,1955名中东阿拉伯裔)
SomaScan平台检测4693种循环蛋白,采用log2转换 稳健线性回归校正年龄、年龄平方、性别、身高、身高平方、体重(仅FVC)、吸烟状态和包年 Bonferroni显著性阈值p<1×10⁻⁵(0.05/4979个适体) 固定效应逆方差加权荟萃分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估多祖先人群中循环蛋白丰度与肺功能指标的关系。
纳入五个人群队列共20,823名成人,使用SomaScan平台检测血浆中4693种蛋白。
确定与肺功能指标(FEV1、FVC、FEV1/FVC)显著相关的循环蛋白。
每个队列使用稳健线性回归评估蛋白水平与肺功能的关系,校正混杂因素;随后进行固定效应逆方差加权荟萃分析。
探讨显著蛋白涉及的生物学通路和潜在关键调控蛋白。
使用IPA对显著蛋白进行通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析,并利用Human Protein Atlas评估这些蛋白在肺组织的表达。
评估显著蛋白与肺功能之间是否存在潜在因果关联。
使用顺式pQTL作为工具变量,通过Wald ratio估计蛋白对肺功能的因果效应。
检查与肺功能显著相关的蛋白是否也与COPD相关。
在2723例COPD病例和13052例非病例中,使用logistic回归评估蛋白水平与COPD风险的关系。
检验发现结果在不同平台和人群中的可重复性。
在UK Biobank(Olink 3K平台)和Qatar Biobank(SomaScan 1.3K平台)中验证显著蛋白的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组检测 | SomaScan平台 | SomaLogic | -- |
| Olink Explore 3072平台 | Olink | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白质组检测 | SomaScan平台版本,样本类型(血清或血浆),标准化和归一化流程 阅读提示:Methods:Lung function and proteomic measurement;Discussion中提到的SomaScan版本 |
| 统计关联分析 | 协变量调整(年龄、年龄平方、性别、身高、身高平方、体重、吸烟、包年),年龄范围(≥30岁),校正因子 阅读提示:Methods:Association analyses;图注中描述协变量 |
| 孟德尔随机化 | pQTL来源数据集(编号),显著性阈值(p<5×10⁻⁹),工具变量选择,方法(Wald ratio) 阅读提示:Methods:Protein quantitative trait loci and MR |
| COPD定义 | COPD诊断标准(FEV1<80%预测值,FEV1/FVC<0.7),非病例标准 阅读提示:Methods:Associations with COPD |
| 验证队列 | UKB样本量(34,019),Olink平台版本,QBB样本量(1,955),SomaScan版本(1.3K) 阅读提示:Methods:Look-up validation;表1 |