原发性和复发性Luminal B样乳腺癌的基因组与转录组评估

背景：Luminal B样乳腺癌（LBBC）约占乳腺癌病例的40%，其复发风险高于Luminal A样乳腺癌，预后更差。本研究旨在探究原发性与复发性LBBC肿瘤之间的分子改变，阐明LBBC复发的驱动因素并识别潜在的治疗靶点。 材料与方法：我们对15例LBBC患者（共49份样本：15份原发肿瘤，21份复发病灶和15份血液样本；其中6例患者各有两个复发病灶）进行了DNA测序（使用覆盖769个癌症相关基因的定制Panel）和RNA测序。其中，13例有双末端DNA测序数据，5例有双末端RNA测序数据（其中3例同时有DNA数据）。我们比较了复发性肿瘤中改变的分子特征与其对应的原发肿瘤，重点关注基因突变、拷贝数改变、肿瘤异质性、基因表达、通路以及免疫细胞组成，并进一步识别了与LBBC复发相关的分子特征。 结果：大多数基因突变和拷贝数改变主要在原发肿瘤中确立，并在复发过程中持续存在。TP53和PIK3CA是原发和复发肿瘤中最常改变的基因，而EGFR和GNAS的突变则出现在复发肿瘤中。复发肿瘤中上调的通路包括细胞周期检查点、DNA复制以及抗原加工-交叉呈递。与原发肿瘤相比，复发肿瘤的肿瘤微环境中T细胞丰度增加。此外，探索性未校正分析显示，原发肿瘤中较高的突变等位基因肿瘤异质性（MATH）评分与较差的复发无生存期相关（P = 0.032）。 结论：我们的研究揭示了LBBC复发的基因组和转录组演化过程，表明大多数驱动因素在原发肿瘤中即已确立。获得性突变或改变值得进一步研究作为潜在的治疗靶点，且MATH评分可能是与LBBC复发相关的候选生物标志物。