验证TauOs对NADPH代谢的影响
确定TauOs是否改变线粒体NADPH和NADH的代谢状态。
使用2P-FLIM检测TauOs处理的WT或NADK2敲低人神经元的NADPH%/NADH%,并用Western blot检测NADK2、P5CS、PYCR1等蛋白水平。
Mitochondrial NADK2-dependent NADPH controls tau oligomer uptake in human neurons
包含体外细胞模型(人神经元、iNeurons)、患者样本(AD患者成纤维细胞)、体内PS19小鼠模型和多重功能验证(基因敲低/敲除、蛋白质组学、内吞实验、2P-FLIM)。
人神经元(由ReNcell VM分化) AD患者皮肤成纤维细胞直接转化的iNeurons PS19 tauopathy小鼠模型
TauOs浓度:100 nM RTauOs或BDTauOs处理24小时 NADK2基因敲除/敲低:shRNA或CRISPR-Cas9 内吞实验:300 nM bt-RTauOs孵育1-6小时 PS19小鼠:1月龄和3月龄(症状前阶段) NADK2敲低途径:ICV注射AAV9-shNADK2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TauOs是否改变线粒体NADPH和NADH的代谢状态。
使用2P-FLIM检测TauOs处理的WT或NADK2敲低人神经元的NADPH%/NADH%,并用Western blot检测NADK2、P5CS、PYCR1等蛋白水平。
验证TauOs激活的NADPH依赖性脯氨酸合成通路及其下游产物。
测量细胞内脯氨酸水平、胶原蛋白VI α1(ColVI)表达,并通过shRNA敲低NADK2、P5CS、PYCR1观察效应。
探索NADK2敲除对神经元蛋白质组的影响,特别是细胞表面受体。
对WT和NADK2-KO人神经元进行膜组分蛋白质组学分析,鉴定差异蛋白,并进行GO分析。
确定NADK2是否通过调节LRP1影响TauOs的内吞。
进行生物素标记tau寡聚体摄取实验,比较WT和NADK2-KO神经元的内吞效率,并检测LRP1表达。
检测AD患者来源的神经元中NADK2-NADPH通路是否上调。
使用AD和对照成纤维细胞转化的iNeurons,检测NADPH%、NADK2、LRP1等表达,并检测T22阳性tau寡聚体。
验证在PS19小鼠脑中,NADK2-NADPH通路是否在症状前阶段上调。
用2P-FLIM检测1月龄和3月龄PS19和WT小鼠的皮层NADPH%,并检测NADK2等蛋白表达。
评估降低NADK2表达能否改善PS19小鼠的tau病理。
对2月龄PS19小鼠注射AAV9-shNADK2或对照,5周后检测NADPH%、LRP1、T22阳性tau寡聚体、磷酸化tau及突触蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | ReNcell VM细胞 | Sigma-Aldrich | SCC08 |
| DMEM/F12培养基 | GIBCO | -- | |
| B27补充剂 | GIBCO | -- | |
| 肝素 | Science Cell | -- | |
| 庆大霉素 | GIBCO | -- | |
| MEM培养基 | Gibco | #11095-080 | |
| 胎牛血清 | VWR | 76308-984 | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | #11140050 | |
| 嘌呤霉素 | Gibco | A1113803 | |
| 基质胶 | Corning | #356231 | |
| 多西环素 | Sigma | #D9891 | |
| 层粘连蛋白 | Thermo-Fisher | #23017015 | |
| 二丁酰环磷酸腺苷 | Sigma | #D0627 | |
| 头蛋白 | PeproTech | #120-10C | |
| LDN-193189 | Cayman Chemicals | #19396 | |
| A83-1 | Santa Cruz | #sc-203791 | |
| CHIR99021 | Cayman Chemicals | #13122 | |
| 毛喉素 | BioGems | #6652995 | |
| SB-431542 | Cayman Chemicals | #13031 | |
| 星形胶质细胞条件培养基 | ScienCell | #1811 | |
| Lipofectamine 3000 | Thermo-Fisher | -- | |
| 病毒包装 | pSPAX2 | Addgene | #12260 |
| pMD2.G | Addgene | #12259 | |
| pLVX-UbC-rtTA-Ngn2:2A:Ascl1 | Addgene | #127289 | |
| Lenti-X包装单次用量 | Takara | #631275 | |
| 质粒构建 | pLKO.1 | Sigma-Aldrich | -- |
| 基因敲除 | LentiCRISPRv2 | Addgene | #98290 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Bioworld | #420200242 |
| HALT蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物2 | Sigma Aldrich | #P5726 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物3 | Sigma Aldrich | #P0044 | |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- |
| Odyssey封闭液 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | TBS-LI-COR缓冲液 | LI-COR Biosciences | #927-60001 |
| 山羊血清 | Southern Biotech | #00060-01 | |
| DAPI | Thermo-Scientific | #62248 | |
| Fluoromount-G封片剂 | Thermo-Fisher | #00-4958-02 | |
| 免疫组化 | 自发荧光抑制剂 | Millipore | #2160 |
| 显微镜 | 蔡司LSM 880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 2P-FLIM | 蔡司LSM 980 NLO双光子显微镜 | Zeiss | -- |
| 重组蛋白纯化 | 异丙基β-D-1-硫代半乳糖苷 | Sigma-Aldrich | I6758 |
| TALON金属亲和树脂 | Takara | 635502 | |
| Amicon Ultra-4离心过滤器 | Millipore | UFC801024 | |
| TauO制备 | 花生四烯酸 | Cayman Chemicals | 90010 |
| 二硫苏糖醇 | -- | -- | |
| 内吞实验 | EZ-Link磺基-NHS-生物素 | Thermo-Scientific | #A39258 |
| Amicon Ultra-0.5离心过滤器 | Millipore | UFC501096 | |
| NuPage LDS上样缓冲液 | Invitrogen | #NP0007 | |
| 链霉亲和素-IRDye800CW | LI-COR | #926-32230 | |
| ATP检测 | ATPlite 1步发光检测系统 | Perkin-Elmer | -- |
| 蛋白组学 | Qproteome细胞区室分离试剂盒 | QIAGEN | #37502 |
| Thermo Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo | -- | |
| C18 Easy Spray色谱柱 | Thermo | -- | |
| Scaffold 5软件 | -- | -- | |
| 抗体 | NADK2抗体 | Proteintech | 26352-1-AP |
| NADK1抗体 | Cell Signaling | #55948 | |
| P5CS抗体 | Proteintech | 17719-1-AP | |
| PYCR1抗体 | Proteintech | 13108-1-AP | |
| PRODH抗体 | LSBio | LS-C795520 | |
| P5CDH抗体 | Proteintech | 11604-1-AP | |
| LRP1抗体 | Cell Signaling | #64099 | |
| ColVI抗体 | Proteintech | 17023-1-AP | |
| T22抗体 | Millipore Sigma | ABN454-1 | |
| NeuN抗体 | Cell Signaling | #24307 | |
| GAPDH (兔)抗体 | Cell Signaling | #D16H11 | |
| GAPDH (小鼠)抗体 | Proteintech | #60004-1-Ig | |
| GFAP抗体 | Cell Signaling | #GA5 | |
| 突触素-1抗体 | Cell Signaling | #D12GA | |
| 突触素抗体 | Cell Signaling | #D35E4 | |
| PSD95抗体 | Cell Signaling | #2507S | |
| MAP2抗体 | Cell Signaling | #4542S | |
| pTau-Thr231 (AT180)抗体 | Invitrogen | MN1040 | |
| pTau-Thr202/205 (AT8)抗体 | Invitrogen | MN1020 | |
| 人tau-HT7抗体 | Invitrogen | MN1000 | |
| NMDAR抗体 | Novus | NB300-105 | |
| βIII-微管蛋白抗体 | Cell Signaling | #5568 | |
| 动物实验 | AAV9-scramble | VectorBuilder | AAV9S(VB010000-9430hya)-K1 |
| AAV9-shNADK2 | VectorBuilder | AAV9S(VB230209-1263bpw)-K1 | |
| 布洛芬 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人神经元分化 | ReNcell VM细胞分化方案、分化培养基成分、分化时间(21天) 阅读提示:Methods 2.1 |
| TauO制备 | 重组tau浓度(8 µM)、寡聚化条件(300 µM花生四烯酸,18小时,室温,避光)、BDTauO来源 阅读提示:Methods 2.12 |
| TauO处理 | TauO浓度(100 nM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Results 4.1、图例1D-E |
| NADK2敲低/敲除 | shRNA序列或sgRNA序列、敲低/敲除效率、使用浓度 阅读提示:Methods 2.7、2.15 |
| 2P-FLIM成像 | 激光波长740 nm、功率7 mW、发射滤光片450-500 nm、ROI数量和平均方法 阅读提示:Methods 3.1 |
| 内吞实验 | biotin标记步骤、bt-RTauO浓度(300 nM)、孵育时间点(1,3,6小时)、DTT处理条件 阅读提示:Methods 2.17 |
| PS19小鼠实验 | 小鼠月龄(1、2、3个月)、ICV注射坐标、AAV注射量、5周后分析 阅读提示:Methods 2.3 |