细胞活性检测
评估CuB对胰腺癌细胞增殖、集落形成、迁移和侵袭的影响。
使用CCK-8检测不同浓度CuB处理24、48、72小时后的细胞活力;集落形成实验;划痕实验;Transwell侵袭实验。
Cucurbitacin B from Cucurbitaceae Plants: Treating Pancreatic Cancer via Inducing Mitophagy, Inhibiting Glycolysis, and Enhancing Immune Function
该研究包含细胞实验(增殖、迁移、侵袭、凋亡、自噬、糖酵解代谢检测)、分子实验(WB、CETSA、ELISA、RT-qPCR)、流式细胞术、动物模型(PANC02荷瘤小鼠)、代谢组学和转录组学分析,并进行了体内免疫机制验证,证据层次丰富。
人胰腺癌细胞系PANC-1 小鼠胰腺癌细胞系PANC-02 PANC02荷瘤小鼠模型
CuB处理浓度和时间(如IC50值) LDHA过表达对CuB抑制细胞活力的影响 CETSA验证LDHA为CuB直接靶点 体内实验中CuB给药剂量、途径和频率 流式细胞术分析免疫细胞亚群的门控策略
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CuB对胰腺癌细胞增殖、集落形成、迁移和侵袭的影响。
使用CCK-8检测不同浓度CuB处理24、48、72小时后的细胞活力;集落形成实验;划痕实验;Transwell侵袭实验。
确定CuB诱导的细胞死亡类型及自噬水平。
DAPI染色、Calcein AM/PI双染、MDC染色检测自噬囊泡;流式细胞术检测凋亡;免疫荧光检测LC3B和TOM20共定位。
验证CuB是否通过PI3K/Akt/mTOR和PINK1/Parkin通路诱导线粒体自噬。
Western blot检测相关蛋白表达,包括PI3K、p-Akt、p-mTOR、PINK1、Parkin等。
评估CuB对胰腺癌细胞糖酵解通量和相关酶活性的影响。
检测细胞内和细胞外乳酸、丙酮酸含量,葡萄糖消耗,NAD+/NADH比率,OCR和ECAR;ELISA和Western blot检测LDHA、PC、G6PD表达和活性;CETSA验证LDHA靶点。
验证CuB在动物模型中的抗肿瘤活性及安全性。
建立PANC02荷瘤小鼠模型,随机分组,给予CuB或对照,测量肿瘤体积和重量,HE染色观察器官损伤,TUNEL和caspase-3染色检测凋亡,免疫荧光检测ROS和γ-H2AX。
探究CuB对肿瘤代谢和免疫细胞浸润的影响。
检测肿瘤组织中乳酸、丙酮酸水平和pH值;ELISA检测细胞因子;流式细胞术分析肿瘤和脾脏中DC、CD8+ T细胞、Tregs、巨噬细胞;免疫荧光检测CRT和HMGB1表达。
从系统水平揭示CuB对代谢和免疫通路的影响。
代谢组学使用GC-MS和LC-MS检测肿瘤代谢物;转录组学使用RNA-Seq分析DEGs,并进行富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Corning | 35-081-CV | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B | Biorigin | BN28053 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | NCM Biotech | C6005 |
| 细胞处理 | 葫芦素B | Shanghai YuanYe Bio-Technology Co., Ltd. | ≥98%, |
| 细胞染色 | DAPI | Biorigin | BN20923 |
| Calcein AM/PI双染试剂盒 | Lablead | C30002 | |
| 自噬检测 | MDC染色试剂盒 | Beyotime | C3018S |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062L |
| ATP检测 | ATP含量检测试剂盒 | SolarBio | BC0305 |
| ELISA | CRT ELISA试剂盒 | FineTest | EH1659 |
| HMGB1 ELISA试剂盒 | FineTest | EH0884 | |
| 葡萄糖检测 | 葡萄糖含量检测试剂盒 | SolarBio | BC2505 |
| 乳酸检测 | CheKine微乳酸检测试剂盒 | Abbkine | KTB1100 |
| 酶活性检测 | LDHA ELISA试剂盒 | FineTest | EH2155 |
| PC ELISA试剂盒 | Elabscience | E-BC-K608-M | |
| G6PD ELISA试剂盒 | FineTest | EH1022 | |
| NAD/NADH检测 | NAD/NADH-Glo检测试剂盒 | Promega | G9071 |
| ECAR检测 | 细胞外酸化率(ECAR)荧光检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-F069 |
| OCR检测 | 细胞外耗氧率(OCR)检测试剂盒 | Dojindo | E297 |
| RNA提取 | SteadyPure通用RNA提取试剂盒 | Accurate | AG21017 |
| 逆转录 | Evo M-MLV逆转录试剂盒 | Accurate | AG11706 |
| qPCR | SYBR Green Pro Taq HS预混qPCR试剂盒III | Accurate | AG11739 |
| 转染 | Lipofect5000转染试剂 | Lablead | T2123 |
| Western blot | 上样缓冲液 | Servicebio | G3011 |
| SDS-PAGE凝胶 | Lablead | P0085 | |
| 转膜缓冲液 | Servicebio | G2145 | |
| 超敏ECL化学发光液 | Biorigin | BN16009 | |
| 免疫荧光 | 抗荧光淬灭封片剂 | Lablead | D0120 |
| 动物实验 | 生理盐水 | -- | -- |
| 免疫荧光 | TUNEL染色试剂盒 | Servicebio | G1504 |
| 活性氧检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 代谢组学 | 甲氧胺盐酸盐 | -- | -- |
| BSTFA | -- | -- | |
| 正己烷 | -- | -- | |
| 内标(C8-C24) | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 淋巴细胞分离液 | -- | -- |
| 转录组测序 | VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | -- | -- |
| pH检测 | 精密pH计 | Hangzhou Qiwei Instrument Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系PANC-1和PANC-02的来源,培养条件(DMEM、10%FBS、37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 细胞活性检测 | CuB处理浓度和时间(24、48、72小时),CCK-8检测时间点 阅读提示:Materials and Methods 2.2, Figure 1A |
| 迁移和侵袭实验 | 划痕实验细胞密度,Transwell侵袭实验使用Matrigel,处理时间24小时 阅读提示:Materials and Methods 2.2, Figure 1C,D |
| 自噬检测 | MDC染色浓度和处理时间(40分钟),IF染色LC3B和TOM20共定位 阅读提示:Materials and Methods 2.3, Figure 1G,H |
| 蛋白表达检测 | 抗体信息(Table S2)、蛋白提取和WB条件(一抗浓度、孵育时间) 阅读提示:Materials and Methods 2.20, Table S2 |
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、体重(C57BL/6N雄性,20-22 g),细胞接种量(5×10^6),分组(CuB、DMSO、生理盐水),给药剂量和途径(CuB 0.5 mg/mL,腹腔注射?) 阅读提示:Materials and Methods 2.16, Figure 5 |
| 体内代谢检测 | 肿瘤组织乳酸、丙酮酸含量检测方法,pH值测量条件 阅读提示:Materials and Methods 2.18, Figure 6 |
| 免疫分析 | 流式细胞术抗体及稀释浓度,DC、CD8+ T、Tregs、M1/M2巨噬细胞标记,脾脏和肿瘤细胞分离方法 阅读提示:Materials and Methods 2.21, Figure 7 |
| 代谢组学 | 样本量(30 mg),提取溶剂(80%甲醇),衍生化条件(甲氧胺、BSTFA),GC-MS/LC-MS参数 阅读提示:Materials and Methods 2.19 |
| 转录组学 | RNA-seq文库构建试剂盒、测序平台、读长(150 bp PE),数据分析流程(Fastp、StringTie2、DESeq2等) 阅读提示:Materials and Methods 2.22 |