生物信息学分析与临床样本验证
筛选NEDD4家族中与胃癌相关的关键基因,并验证其在胃癌组织中的表达和预后意义。
利用TCGA-STAD数据分析NEDD4家族基因表达,通过Cox回归筛选出HECW1;在20对新鲜胃癌及癌旁组织中验证mRNA表达,并在136例胃癌组织芯片中验证蛋白表达及其与临床病理特征和预后的关系。
HECW1-Mediated Ubiquitination of HIPK2 Drives Metastasis in Gastric Cancer Through the AKT Signaling Pathway
研究包含体外细胞实验、体内动物模型、临床组织样本分析及生物信息学分析等多个证据层级,并进行功能验证和机制验证。
GC细胞系MKN-45、AGS、HGC-27、N87 正常胃黏膜上皮细胞GES-1 BALB/c裸鼠腹膜转移模型 胃癌组织样本
HECW1表达水平与胃癌患者预后及临床病理特征的关系 HECW1对胃癌细胞迁移和侵袭能力的影响 HECW1对HIPK2蛋白稳定性及泛素化水平的影响 HECW1对AKT磷酸化及EMT相关蛋白表达的影响 体内实验中HECW1对腹膜转移灶形成及PCI评分的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选NEDD4家族中与胃癌相关的关键基因,并验证其在胃癌组织中的表达和预后意义。
利用TCGA-STAD数据分析NEDD4家族基因表达,通过Cox回归筛选出HECW1;在20对新鲜胃癌及癌旁组织中验证mRNA表达,并在136例胃癌组织芯片中验证蛋白表达及其与临床病理特征和预后的关系。
验证HECW1对胃癌细胞迁移和侵袭能力的影响。
在MKN-45细胞中敲低HECW1,在AGS细胞中过表达HECW1,通过划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力,同时检测EMT标志物(E-cadherin、N-cadherin)表达。
探究HECW1调控AKT通路的分子机制,验证HIPK2是否参与其中。
通过Co-IP和免疫荧光验证HECW1与HIPK2结合;使用CHX和MG132处理检测HIPK2蛋白稳定性;泛素化实验检测HIPK2泛素化水平;Western blot检测AKT磷酸化水平;RT-qPCR检测EMT相关转录因子(SNAI1、TWIST1)表达;使用AKT激活剂SC79和抑制剂MK-2206验证通路依赖性。
验证HECW1在体内对胃癌细胞腹膜转移的促进作用。
构建腹膜转移模型,将HECW1敲低或过表达的胃癌细胞注入裸鼠腹腔,4周后处死小鼠,评估腹膜癌指数(PCI),并通过Western blot和IHC检测转移灶中HECW1、HIPK2、E-cadherin和N-cadherin的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Clark | -- | |
| 青链霉素 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | MG132 | Beyotime | -- |
| SC79 | MedChemExpress | -- | |
| MK-2206 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blot | 抗HECW1抗体 | Abmart | -- |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗HIPK2抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | -- | |
| 免疫共沉淀 | Protein A+G 琼脂糖 | Bioworld Technology | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | -- |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | -- | |
| Alexa Fluor 555偶联的山羊抗兔IgG | ABclonal | -- | |
| Alexa Fluor 647偶联的山羊抗兔IgG | ABclonal | -- | |
| DAPI | Cell Signaling Technology | -- | |
| Zeiss LSM 900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 组织芯片和免疫组化 | 抗HIPK2抗体 | Proteintech | -- |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(GES-1、MKN-45、HGC-27、AGS、N87)的来源;培养基(1640)、血清浓度(10%)、青链霉素浓度(1%)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods - Cell Culture and Reagents |
| 细胞转染 | 转染试剂(jetPRIME)的使用方法;siRNA序列;病毒转染的MOI和polybrene浓度 阅读提示:Materials and Methods - Cell Transfection |
| RT-qPCR | 引物序列;RNA提取试剂(TRIzol);RT-qPCR具体程序(未明确给出) 阅读提示:Materials and Methods - Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction Assay;Table 2 |
| Western blot | 抗体来源及稀释比例(未明确);蛋白上样量(未明确) 阅读提示:Materials and Methods - Western Blot Assay |
| 免疫共沉淀 | 抗体用量(1 μg);Protein A+G Agarose用量(20 μL);孵育时间和温度 阅读提示:Materials and Methods - Co-Immunoprecipitation Assay |
| 免疫荧光 | 固定、通透、封闭条件;抗体浓度(未明确);孵育时间(过夜、1小时);DAPI染色时间(15分钟) 阅读提示:Materials and Methods - Immunofluorescence Assay |
| Transwell和划痕实验 | 具体实验条件(未明确,引用了参考文献) 阅读提示:Materials and Methods - Transwell and Wound Healing Assays |
| 组织芯片和免疫组化 | TMA构建方法(未明确);IHC评分标准(强度×比例);阳性判断阈值 阅读提示:Materials and Methods - Tissue Microarray and Immunohistochemistry |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、年龄(6周)、性别(雄性);细胞注入数量(6×10^6);每组小鼠数量(4只);实验周期(4周);PCI评分标准 阅读提示:Materials and Methods - Animal Experiments |
| 药物处理 | CHX浓度(25 μM)和时间(0-6小时);MG132浓度(10 μM)和时间(6小时);SC79浓度(10 μM)和时间(2小时);MK-2206浓度(10 μM)和时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods - Cell Culture and Reagents |