检测BA及实验性BA模型中Hippo-YAP1活性
验证YAP1在BA肝内胆管细胞中是否异常激活。
通过qRT-PCR检测BA患者(n=32)和对照组(n=16)肝脏YAP1 mRNA;双重免疫荧光检测YAP1核定位。在RRV小鼠模型中同样检测。
Dysregulated Activation of Hippo-YAP1 Signaling Induces Oxidative Stress and Aberrant Development of Intrahepatic Biliary Cells in Biliary Atresia
包含人BA样本、RRV小鼠模型、类器官及细胞实验,并通过RNA-seq、免疫荧光、Western blot等功能和机制验证。
人BA肝脏组织样本 RRV诱导的BA小鼠模型 小鼠EpCAM+细胞来源的肝内胆管细胞类器官 人肝内胆管上皮细胞(HiBECs)
BA患者肝脏中YAP1 mRNA及核定位升高(n=32 vs 16) RRV小鼠模型Yap1 mRNA及核定位升高(n=6 vs 6) Xmu-mp-1(5 μM)和TRULI(10 μM)激活Hippo-YAP1,Peptide17(50 nM)抑制 YAPS127A转染HiBECs后PRDX1下调、ROS升高 BA和RRV小鼠胆管中PRDX1表达降低
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证YAP1在BA肝内胆管细胞中是否异常激活。
通过qRT-PCR检测BA患者(n=32)和对照组(n=16)肝脏YAP1 mRNA;双重免疫荧光检测YAP1核定位。在RRV小鼠模型中同样检测。
观察激活或抑制Hippo-YAP1对肝内胆管细胞类器官发育的影响。
从小鼠肝脏分选EpCAM+细胞培养CLC类器官,分别用Xmu-mp-1(5 μM)、TRULI(10 μM)和Peptide17(50 nM)处理,观察形态变化,并进行免疫荧光检测KRT19、YAP1和E-cadherin。
探究激活Hippo-YAP1后类器官的分子变化。
对NC、Xmu-mp-1和Peptide17处理的类器官进行RNA-seq,分析差异表达基因,并进行GSEA富集分析。
验证YAP1激活是否直接诱导人肝内胆管细胞氧化应激。
构建YAPS127A稳定转染的HiBECs,检测YAP1核表达、下游靶基因及PRDX1表达,并通过DCFH-DA和CellROX检测总ROS和线粒体ROS。
确认PRDX1在BA胆管中的表达与YAP1激活的关系。
通过双重免疫荧光检测BA患者(n=4)和对照组(n=3)以及RRV小鼠(n=3)和对照(n=3)肝脏中EpCAM和PRDX1共表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| qRT-PCR | ABI Prism 7900HT | Applied Biosystems | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | P0038 |
| 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0028 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂 | TaKaRa | -- |
| Western blot | 抗YAP1抗体 | Abcam | -- |
| 抗PRDX1抗体 | Abcam | -- | |
| 二抗 | Proteintech | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Millipore | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| 抗H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| 免疫荧光 | TSA荧光双染试剂盒 | Servicebio | G1235 |
| 抗EpCAM抗体 | Abcam | -- | |
| 荧光二抗 | Service Bio | -- | |
| 显微镜观察 | 显微镜(ZEISS Axiovert 5) | ZEISS | -- |
| 类器官培养 | 细胞回收液 | Corning | 354253 |
| TryplE Express | Gibco | 12604013 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 30044333 | |
| 细胞计数器(Invitrogen Countess II自动化细胞计数器) | Invitrogen | -- | |
| Xmu-mp-1 | MCE | HY-100526 | |
| Peptide17 | Selleck | S8164 | |
| TRULI | Selleck | E1061 | |
| RNA-seq | Nextera XT试剂盒 | Illumina | 15032355 |
| Illumina HiSeq 2500 | Illumina | -- | |
| 细胞培养 | 上皮细胞培养基 | Procell | CM-H042 |
| 聚凝胺 | Beyotime | C0351 | |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| ROS检测 | CellROX深红试剂 | Invitrogen | C10422 |
| ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S | |
| 动物实验 | 恒河猴轮状病毒 | -- | -- |
| 肝脏解离试剂盒 | Miltenyi | 130-110-201 | |
| 细胞分选 | MS分选柱 | Miltenyi | 130-105-958 |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning Biocoat | 356231 |
| 类器官染色 | 钙黄绿素AM | Invitrogen | L3224 |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software Inc | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人肝组织样本 | BA确诊方式、对照组类型、样本量(n=32 vs 16) 阅读提示:Materials and Methods: Human Liver Samples |
| RRV小鼠模型 | RRV注射剂量、时间(24小时内)、对照组处理 阅读提示:Materials and Methods: Rhesus Rotavirus Mouse Model |
| 类器官培养 | 细胞来源(EpCAM+)、基质胶批号、培养基成分、药物浓度(Xmu-mp-1 5μM, TRULI 10μM, Peptide17 50nM)、培养时间 阅读提示:Materials and Methods: Single Cell-Derived Intrahepatic Cholangiocyte-Like Cell Organoid Culture |
| 细胞转染与ROS检测 | YAPS127A质粒、MOI=25、选择标记(puromycin)、细胞密度、ROS检测方法 阅读提示:Materials and Methods: Generation of Human Intrahepatic Biliary Cells With Constitutive Activation of the Hippo-YAP1 Pathway and Cell Transfection and Reactive Oxidative Stress Detection |
| RNA-seq分析 | 每组类器官数量(8个)、测序平台(HiSeq 2500)、参考基因组(mm10)、分析软件版本 阅读提示:Materials and Methods: Bulk RNA Sequencing and Transcriptomic Analysis |
| 统计学 | 统计检验方法、显著性阈值P<0.05、软件版本 阅读提示:Materials and Methods: Statistics |