PHGDH在DKD中的表达分析
检测PHGDH在DKD患者和动物模型中的表达变化及与临床指标的相关性。
利用RNA-seq分析高糖处理足细胞中差异表达基因,结合人类DKD数据库(GSE96804)和肾组织IHC染色验证PHGDH表达,并进行临床相关性分析。
PHGDH alleviates DKD by regulating YB1/SLC7A11-mediated ferroptosis in podocytes
研究包含体外细胞实验、动物模型、临床样本分析及机制验证,涵盖表型、功能、机制及体内验证。
人足细胞系 HK-2细胞 人肾小球系膜细胞 db/db糖尿病小鼠模型 DKD患者肾活检组织
PHGDH表达水平(HG处理或DKD组织中的下调) 铁死亡相关指标(Fe2+、MDA、GSH、ROS) YB1的K48泛素化水平 SLC7A11的表达及mRNA稳定性 AAV-PHGDH介导的肾内过表达效率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测PHGDH在DKD患者和动物模型中的表达变化及与临床指标的相关性。
利用RNA-seq分析高糖处理足细胞中差异表达基因,结合人类DKD数据库(GSE96804)和肾组织IHC染色验证PHGDH表达,并进行临床相关性分析。
验证PHGDH表达改变是否影响高糖诱导的足细胞损伤和铁死亡。
通过shRNA或过表达质粒改变PHGDH水平,检测细胞活力、凋亡、F-actin结构、desmin表达、迁移能力及铁死亡指标(Fe2+、MDA、GSH、ROS、MMP)。
评估体内PHGDH过表达是否改善DKD小鼠肾功能并抑制铁死亡。
向DKD小鼠肾内注射AAV-PHGDH或对照,检测肾功能指标(血糖、UACR)、组织病理(PAS、Masson)、足细胞足突形态(TEM)、铁死亡指标及足细胞标志物表达。
探究PHGDH是否通过影响SLC7A11表达调控铁死亡,并寻找其直接结合蛋白。
通过RNA-seq筛选PHGDH过表达后的差异表达基因,验证SLC7A11表达变化;通过Co-IP和质谱鉴定PHGDH结合蛋白,验证YB1与其相互作用及泛素化修饰。
验证YB1是否直接结合SLC7A11 mRNA并调节其稳定性。
敲低YB1后检测SLC7A11 mRNA水平,通过RIP和RNA pull-down验证结合,通过Actinomycin D实验检测mRNA稳定性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | BasalMedia | K211216 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141c | |
| DMEM/F12培养基 | BasalMedia | H211217 | |
| D-葡萄糖 | -- | -- | |
| D-甘露醇 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 108305 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 |
| 抗PHGDH抗体 | Abcam | ab240744 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab7817 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Abcam | ab307601 | |
| 抗YB1抗体 | Abcam | ab76149 | |
| 抗泛素抗体 | ABclonal | a19686 | |
| RT-qPCR | RNA快速纯化试剂盒 | ES Science | RN001 |
| SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 转染 | Lipofectamine3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽 | Sharebio | SB-YP0052 |
| 抗desmin抗体 | Abcam | ab32362 | |
| 抗WT-1抗体 | Abcam | ab89901 | |
| 抗nephrin抗体 | Sigma | ABT311 | |
| FITC标记二抗 | Zsbio | ZF-0311 | |
| 罗丹明标记二抗 | Zsbio | ZF-0316 | |
| DAPI染色液 | Solarbio | C0065 | |
| 细胞活力 | CCK-8细胞计数试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| 线粒体膜电位 | TMRE线粒体膜电位检测试剂盒 | Beyotime | C2001S |
| 铁染色 | FerroOrange铁离子探针 | Dojindo | F374 |
| 脂质过氧化 | C11 BODIPY 581/591探针 | Invitrogen | C10445 |
| 生化检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Invitrogen | EEA020 |
| 丙二醛检测试剂盒 | Invitrogen | EEA015 | |
| 组织化学 | Masson染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
| PAS染色试剂盒 | Solarbio | G1281 | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| RNA结合 | RNA免疫沉淀试剂盒 | Biotime | P1801S |
| RNA pull-down | RNA pull-down试剂盒 | ThermoFisher | 20164 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 足细胞分化条件(33°C培养14天,37°C分化);高糖浓度(30 mM)和处理时间(48小时);甘露醇渗透压对照(24.5 mM)。 阅读提示:见Methods 'Cell culture'部分。 |
| PHGDH表达调控 | shRNA序列(见表2),过表达质粒来源;转染试剂Lipofectamine3000;慢病毒包装系统(pCLenti, psPAX2, pMD2.G);嘌呤霉素筛选浓度。 阅读提示:见Methods 'Plasmid construction and transfection'部分。 |
| 铁死亡检测 | 检测指标包括Fe2+(FerroOrange)、MDA、GSH、ROS(C11 BODIPY)、MMP(TMRE)的处理浓度和时间;试剂盒货号。 阅读提示:见Methods 'Iron staining', 'Lipid peroxidation analysis', 'Mitochondrial membrane potential (MMP) detection', 'Biochemical assays'部分。 |
| 动物模型建立与处理 | db/db小鼠周龄(10周)和DKD诊断标准(血糖>16.7 mmol/L且尿蛋白阳性);AAV-PHGDH和AAV-Scram的滴度(1×10^13 VG/ml)及注射方式;处理时间(20周后处死)。 阅读提示:见Methods 'Animal studies'部分。 |
| 蛋白与RNA相互作用 | Co-IP实验条件(抗体、交联方法);RIP和RNA pull-down试剂盒及步骤;MG132处理浓度和时间;K48泛素化检测方法。 阅读提示:见Methods 'RNA immunoprecipitation (RIP) and RNA pull-down', 'Immunoblotting', 'Plasmid construction and transfection'部分。 |