生物信息学分析
筛选与免疫治疗反应相关的m6A修饰基因,并分析METTL3表达与免疫浸润的关系。
使用IMvigor210队列、TCGA-BLCA数据库和单细胞测序数据,分析METTL3表达与免疫细胞浸润及ICIs疗效的相关性。
METTL3 promotes an immunosuppressive microenvironment in bladder cancer via m6A-dependent CXCL5/CCL5 regulation
包含体外细胞实验(细胞系、共培养、ELISA、RNA降解等)、动物模型(异位和原位)、流式细胞术、临床样本分析及多组学测序,并进行了功能验证和机制验证。
小鼠膀胱癌MB49细胞系 异位和原位膀胱癌小鼠模型 5637和T24人膀胱癌细胞系 临床膀胱癌组织样本
细胞系:小鼠MB49、人5637和T24细胞系。 动物模型:C57BL/6J小鼠,皮下或膀胱壁注射MB49细胞。 METTL3敲低/过表达:shRNA或过表达质粒。 药物处理:STM2457(METTL3抑制剂)和抗PD-1抗体。 机制验证:MeRIP-seq、RIP-qPCR、RNA降解实验、ChIP-qPCR。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与免疫治疗反应相关的m6A修饰基因,并分析METTL3表达与免疫浸润的关系。
使用IMvigor210队列、TCGA-BLCA数据库和单细胞测序数据,分析METTL3表达与免疫细胞浸润及ICIs疗效的相关性。
验证METTL3敲低或抑制对CXCL5和CCL5表达及分泌的影响。
使用shRNA敲低METTL3或STM2457处理MB49、5637、T24细胞,通过RT-qPCR和ELISA检测CXCL5和CCL5水平。
验证METTL3敲低或过表达对肿瘤生长及免疫细胞浸润的影响。
将MB49细胞(对照、METTL3敲低或过表达)皮下或原位注射至C57BL/6J小鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过流式细胞术分析肿瘤浸润免疫细胞。
阐明METTL3调控CXCL5和CCL5的分子机制。
进行MeRIP-seq、RIP-qPCR、RNA降解实验、ChIP-qPCR,验证METTL3通过m6A修饰调控CXCL5和AHR的稳定性,AHR结合CCL5启动子并抑制其转录。
验证METTL3抑制与抗PD-1联合治疗的协同抗肿瘤效果。
在小鼠模型中,给予METTL3敲低或STM2457与抗PD-1抗体联合治疗,测量肿瘤大小和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| RPMI 1640培养基 | Pricella | PM150110 | |
| 胎牛血清 | HyCyte | FBP-C520 | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| MycAway Plus-Color一步法支原体检测试剂盒 | Yeasen | 40612ES25 | |
| 质粒构建 | pLKO.1-puro慢病毒载体 | MiaoLingBio | P0258 |
| AgeI-HF 限制性内切酶 | NEB | R3552S | |
| EcoRI-HF 限制性内切酶 | NEB | R3101S | |
| FastPure凝胶DNA提取试剂盒 | Vazyme | DC301-01 | |
| Ligation High 连接酶 | TOYOBO | LGK-101 | |
| Phanta Max 预混液 | Vazyme | P515-01 | |
| pCDH-CMV-MCS-EF1-Puro慢病毒载体 | MiaoLingBio | P1268 | |
| XbaI 限制性内切酶 | NEB | R0145S | |
| ClonExpress II 一步克隆试剂盒 | Vazyme | C112-01 | |
| psPAX2包装质粒 | MiaoLingBio | PP0261 | |
| pMD2.G包膜质粒 | MiaoLingBio | P0262 | |
| Lipo 293转染试剂 | Beyotime | C0521 | |
| 流式分析 | Zombie NIR 可固定活力试剂盒 | Biolegend | 423106 |
| 抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103130 | |
| 抗小鼠CD3抗体 | BD Horizon | 562600 | |
| 抗小鼠CD8抗体 | BioLegend | 100707 | |
| 抗小鼠颗粒酶B抗体 | Invitrogen | 25-8898-82 | |
| 抗小鼠IFNG抗体 | Elabscience | E-AB-F1101E | |
| 抗小鼠CD11b抗体 | BioLegend | 101205 | |
| 抗小鼠GR1抗体 | BioLegend | 108440 | |
| 抗小鼠Ly-6G抗体 | Elabscience | E-AB-F1108D | |
| 抗小鼠Ly-6C抗体 | Elabscience | E-AB-F1121E | |
| TruStain FcX PLUS 封闭液 | BioLegend | 156603 | |
| RNA提取和RT-qPCR | RNA快速提取试剂盒 | Biology | BOLG203 |
| HiScript III RT SuperMix 用于 qPCR (+gDNA wiper) | Vazyme | R323-01 | |
| ChamQ Blue 通用 SYBR qPCR 预混液 | Vazyme | Q312-02 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Boster | AR1194 |
| 蛋白酶抑制剂 | MCE | HY-K0010 | |
| 上样缓冲液 | Boster | AR1112 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Seven | SW143-02 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| METTL3抗体 | Proteintech | 15073-1-AP | |
| AHR抗体 | Proteintech | 28727-1-AP | |
| HRP标记山羊抗小鼠IgG | ABclonal | AS003 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG抗体 | ABclonal | AS014 | |
| 兔对照IgG抗体 | ABclonal | AC005 | |
| ECL检测试剂 | Absin | abs9434 | |
| RIP-qPCR | BeyoRIP RIP检测试剂盒 | Beyotime | P1801S |
| CHIP-qPCR | 超声ChIP试剂盒 | Abclonal | RK20258 |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| MeRIP-qPCR | EpiQuik CUT&RUN m6A RNA富集(MeRIP)试剂盒 | Epigentek | P-9018-24 |
| 细胞趋化实验 | MojoSort小鼠CD8 T细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480007 |
| CD3/28磁珠 | ThermoFisher | 11456D | |
| 白细胞介素-2 | MCE | HY-P7077 | |
| EasySep小鼠MDSC(CD11b+Gr1+)分离试剂盒 | Stemcell | 19867 | |
| 24孔板,8 µm插入式小室 | Corning | 353097 | |
| ELISA | 小鼠CXCL5 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0471 |
| 小鼠RANTES ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0009 | |
| 药物处理 | STM2457 | MCE | HY-12591A |
| 抗小鼠PD-1抗体 | Bioxcell | BE0146 | |
| 抗小鼠CD8α抗体 | Bioxcell | BE0061 | |
| 抗小鼠Gr-1抗体 | Bioxcell | BE0075 | |
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD | R510-22-10 |
| D-荧光素 | MCE | HY-12591A | |
| PerkinElmer IVIS 成像系统 | Xenogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:MB49 (#JY357), HEK293T (#TCH-C101), 5637 (#CL-0002), T24 (#CL-0227);培养基:DMEM或RPMI 1640,添加10% FBS和1%青霉素-链霉素;细胞传代不超过15次,每2周进行支原体检测。 阅读提示:见Materials and methods的Cell culture部分 |
| 质粒构建和转染 | shRNA序列设计、载体(pLKO.1-puro、pCDH-CMV-MCS-EF1-Puro)、包装质粒(psPAX2、pMD2.G)、转染试剂Lipo 293。 阅读提示:见Materials and methods的Plasmid construction, lentiviral packaging, and transfection部分 |
| 动物模型 | 小鼠品系:C57BL/6J,4-6周龄;细胞注射剂量:1×10^6 MB49细胞;注射途径:皮下或膀胱壁;药物剂量:STM2457(250 µg/肿瘤,每日,瘤内),抗PD-1抗体(200 µg/小鼠,每3天,腹腔注射)。 阅读提示:见Materials and methods的Animal models部分及图6图例 |
| 流式细胞术 | 抗体组合:CD45, CD3, CD8, Granzyme B, IFNG(免疫细胞);CD45, CD11b, GR1, Ly-6G, Ly-6C(MDSC);封闭:TruStain FcX PLUS。 阅读提示:见Materials and methods的Single-cell dissociation and flow cytometry analysis部分 |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒、逆转录试剂盒、SYBR qPCR预混液;引物序列见补充表S3。 阅读提示:见Materials and methods的RNA extraction and RT-qPCR部分 |
| MeRIP-seq和RNA-seq | METTL3敲低MB49细胞系,由DIATRE Biotechnology进行建库和测序。 阅读提示:见Materials and methods的N6-Methyladenosine Methylated RNA Immunoprecipitation (m6A-MeRIP) and transcriptome sequencing部分 |
| ELISA | 检测CXCL5和CCL5分泌水平,使用相应ELISA试剂盒。 阅读提示:见Materials and methods的ELISA部分 |