体外细胞模型验证TM7SF3对HSC活化的影响
验证TM7SF3缺失或敲低是否促进HSC活化及纤维化基因表达。
使用siRNA敲低小鼠和原代人HSC中的TM7SF3,通过qPCR和ELISA检测纤维化标志物;在肝类器官中比较WT与TM7SF3 KO HSC的纤维化反应。
TM7SF3 controls TEAD1 splicing to prevent MASH-induced liver fibrosis
包含体外肝星状细胞、肝类器官、体内MASH及CCl4小鼠模型等多层级验证,并有siRNA、ASO、ChIP、RIP等功能与机制实验支持。
人原代肝星状细胞 小鼠原代肝星状细胞 小鼠肝类器官 HSC特异性TM7SF3敲除小鼠 MASH饮食小鼠模型
TM7SF3缺失或敲低后肝星状细胞中TEAD1外显子5跳读比例升高 siTEAD1ΔEx5特异性敲低TEAD1ΔEx5可逆转TM7SF3敲低诱导的纤维化基因表达 hnRNPU敲低可阻断TM7SF3敲低诱导的TEAD1外显子5跳读 ASO 56处理降低HSC中TEAD1ΔEx5表达并抑制纤维化 ASO 56体内给药(3mg/kg或10mg/kg,尾静脉注射)减少MASH小鼠肝纤维化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TM7SF3缺失或敲低是否促进HSC活化及纤维化基因表达。
使用siRNA敲低小鼠和原代人HSC中的TM7SF3,通过qPCR和ELISA检测纤维化标志物;在肝类器官中比较WT与TM7SF3 KO HSC的纤维化反应。
在MASH和CCl4模型中评估HSC特异性TM7SF3敲除对肝纤维化及炎症的影响。
对HSC-TM7SF3KO小鼠给予CCl4或西方饮食(WD)处理,检测肝组织纤维化标志物、炎症因子、胶原沉积及血清ALT。
确认TM7SF3敲低诱导TEAD1外显子5跳读,并验证TEAD1ΔEx5对HSC活化的功能作用。
在HSC中检测TEAD1外显子5跳读比例;设计siTEAD1ΔEx5特异性敲低TEAD1ΔEx5,检测纤维化基因表达及细胞增殖;在LX-2细胞中过表达TEAD1ΔEx5进行ChIP和荧光素酶报告实验。
证明hnRNPU是介导TM7SF3调控TEAD1外显子5跳读的剪接因子。
通过RNA免疫沉淀(RIP)检测hnRNPU与TEAD1 pre-mRNA的结合;敲低hnRNPU观察对TM7SF3敲低诱导的TEAD1剪接和纤维化基因的影响。
评估ASO 56抑制TEAD1外显子5跳读对HSC活化和MASH纤维化的治疗作用。
在HSC、肝类器官及MASH小鼠模型中检测ASO 56对TEAD1ΔEx5、纤维化标志物及肝纤维化的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 青霉素/链霉素 | 文中未明确说明 | -- | |
| 谷氨酰胺补充剂 | 文中未明确说明 | -- | |
| EMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| William's E培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 肝脏灌注与细胞分离 | 链霉蛋白酶 | Roche | 11459643001 |
| 胶原酶D | Roche | 11088882001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| Percoll分离液 | GE Healthcare Life Sciences | 17-0891-01 | |
| Nycodenz密度梯度介质 | 文中未明确说明 | -- | |
| OptiPrep密度梯度介质 | 文中未明确说明 | -- | |
| 细胞培养 | 96孔超低吸附板 | Corning | 4515 |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | ThermoFisher Scientific | 13778-075 |
| OptiMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 药物处理 | 转化生长因子-β | 文中未明确说明 | -- |
| 棕榈酸 | 文中未明确说明 | -- | |
| 油酸 | 文中未明确说明 | -- | |
| 果糖 | 文中未明确说明 | -- | |
| 脂多糖 | Sigma | L2630-10MG | |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | ThermoFisher Scientific | 15596026 |
| SYBR Green预混液 | ThermoFisher Scientific | A25743 | |
| 高效率cDNA反转录试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 4368813 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液系统 | Santa Cruz | sc-24948A |
| 蛋白酶抑制剂 | Life Technologies Corporation | A32963 | |
| 蛋白酶K | NEB | P8107S | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | ThermoFisher Scientific | 34077 | |
| ELISA | 小鼠I型胶原ELISA试剂盒 | AVIVA systems biology | OKEH00544 |
| 小鼠III型胶原ELISA试剂盒 | Abbexa | abx255283 | |
| 小鼠Timp1 ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-TIMP1-CL | |
| 小鼠MCP-1 ELISA试剂盒 | BioLegend | 446207 | |
| 细胞增殖检测 | WST-1检测试剂盒 | Sigma | 5015944001 |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 血清ALT检测 | ALT活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K235-S |
| 衰老检测 | 衰老检测试剂盒 | Abcam | Ab65351 |
| 细胞培养 | DAPI染色液 | 文中未明确说明 | -- |
| 免疫荧光 | Alexa488标记山羊抗兔二抗 | Abcam | -- |
| 免疫荧光封片剂 | Thermo Scientific | -- | |
| 抗体 | HSP90抗体 | Cell Signaling Technology | 4874 |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| TEAD1抗体 | Cell Signaling Technology | 12292 | |
| Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| CTGF抗体 | Abcam | ab6992 | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Invitrogen | 14-9760-82 | |
| F4/80抗体 | Invitrogen | 14-4801-82 | |
| IgG抗体(对照) | Santa Cruz Biotechnology | sc-2027 | |
| IgG2B抗体(对照) | Santa Cruz Biotechnology | sc-3879 | |
| p21抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6246 | |
| IL-1β抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7884 | |
| hnRNPU抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32315 | |
| I型胶原蛋白α1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-293182 | |
| Myc抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-40 | |
| PDGFRβ抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-432 | |
| TM7SF3抗体 | 由Dr. Yehiel Zick实验室生成 | -- | |
| siRNA转染 | 小鼠TM7SF3 siRNA | Horizon Discovery | M-057504-02-0005 |
| 人TM7SF3 siRNA | Horizon Discovery | M-005745-00-0010 | |
| 人/鼠TEAD1ΔEx5 siRNA | Horizon Discovery | N/A (custom siRNA) | |
| 人TEAD1 siRNA | Horizon Discovery | M-012603-01-0005 | |
| 小鼠对照siRNA | Horizon Discovery | D-OO1210-05-05 | |
| 人对照siRNA | Horizon Discovery | D-OO1206-13-20 | |
| 人hnRNPU siRNA | Horizon Discovery | M-013501-01-0005 | |
| ASO处理 | ASO 56反义寡核苷酸 | Integrated DNA Technologies | -- |
| ASO对照 | NC5 MOE SSO对照反义寡核苷酸 | Integrated DNA Technologies | -- |
| 质粒构建与转染 | Myc标记人TEAD1质粒 | Addgene | 33109 |
| Myc标记人TEAD1ΔEx5质粒 | 本文构建 | -- | |
| pcDNA3.1载体 | Addgene | V790-20 | |
| 荧光素酶报告实验 | 海肾荧光素酶报告质粒 | Promega | E6931 |
| 8Xgtiic荧光素酶报告质粒 | Addgene | 34615 | |
| 小鼠模型 | C57Bl6/J小鼠 | Jackson Laboratories | 000664 |
| Rosa-26-FLPe小鼠 | Jackson Laboratories | 003946 | |
| Rosa-26-creert2小鼠 | Jackson Laboratories | 008463 | |
| Lrat-cre小鼠 | 由Dr. Robert Schwabe提供 | -- | |
| TM7SF3fl/fl小鼠 | 本文构建 | -- | |
| 诱导型全身TM7SF3敲除小鼠 | 本文构建 | -- | |
| HSC特异性TM7SF3敲除小鼠 | 本文构建 | -- | |
| 肝细胞特异性TM7SF3敲除小鼠 | 本文构建 | -- | |
| 饮食处理 | 实验室啮齿动物饲料(标准饮食) | LabDiet | 5001 |
| AIN-76A西方饮食 | TestDiet | 5342 | |
| 他莫昔芬饮食 | ENVIGO | TD.130859 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与siRNA转染 | 细胞类型、siRNA序列、转染试剂(RNAiMAX)、siRNA浓度(20 pmol)、转染时间(48h两次)、TGFβ浓度(5 ng/mL)和处理时间(24h) 阅读提示:STAR Methods 'Cell Lines' 和 'siRNA transfection' 部分 |
| 肝类器官模型 | 细胞组成(肝细胞、星状细胞、Kupffer细胞比例)、培养基(WE)、添加剂(Supplement A/B)、密度(96孔ULA板)、培养时间(14天)、MASH诱导液成分及浓度(棕榈酸、油酸、果糖、LPS) 阅读提示:STAR Methods 'Liver organoid culture' 部分,图1B |
| 小鼠模型 | 小鼠品系(C57Bl6/J)、基因型(WT、HSC-TM7SF3KO、诱导型全身KO)、年龄(8周龄)、性别(雄性)、饮食(WD,AIN-76A,含0.2%胆固醇)、处理时长(16周或6个月)、CCl4剂量和给药方式(灌胃,200 μL/25g,25% CCl4,玉米油稀释,每周3次,持续2周) 阅读提示:STAR Methods 'Mice' 部分,图2、S3 |
| ASO处理 | ASO序列、浓度(体外500 nM;体内3或10 mg/kg)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)或给药途径(尾静脉注射)、处理时间(体外48h;体内按协议) 阅读提示:STAR Methods 'ASO transfection or in vivo treatment' 部分,图5、6 |
| 分子检测 | 引物序列(Table S2)、SYBR Green mix、StepOnePlus Real Time PCR系统、RNA提取方法(TRIzol)、RIP实验的抗体和缓冲液、ChIP实验的抗体、Western blot的抗体和稀释比例 阅读提示:STAR Methods 'Quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and PCR analysis'、 'RNA-IP'、'Western blot analysis'、'ChIP qPCR' 部分,表S2 |