检测DGC基因在卫星细胞中的表达
验证肌营养不良蛋白及其相关复合物在卫星细胞中是否表达。
通过RNA-seq、微阵列和qPCR分析分选的卫星细胞、成肌细胞和肌管中DGC基因的表达。
Dystrophin expression in muscle stem cells regulates their polarity and asymmetric division
体外肌纤维培养、siRNA敲低、PLA、流式细胞术、Mark2敲除小鼠及体内损伤模型等多层级验证。
小鼠卫星细胞(肌纤维培养) mdx小鼠 Mark2-/-小鼠 Pax7-CreER:Dag1fl/fl小鼠
卫星细胞中Dmd和Dag1的mRNA表达水平(qPCR、RNA-seq、微阵列) 肌营养不良蛋白在卫星细胞中的表达及极化(免疫染色) 不对称分裂比例与Myog+细胞数量(mdx vs WT,siDmd vs siSCR) Mark2和Pard3的定位及表达水平(免疫染色、PLA) 有丝分裂纺锤体取向和异常分裂(p-Aurk染色)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证肌营养不良蛋白及其相关复合物在卫星细胞中是否表达。
通过RNA-seq、微阵列和qPCR分析分选的卫星细胞、成肌细胞和肌管中DGC基因的表达。
确认肌营养不良蛋白在卫星细胞激活后表达并定位。
对肌纤维培养不同时间点的卫星细胞进行免疫染色,检测肌营养不良蛋白的N端、C端和杆状结构域。
确定肌营养不良蛋白缺失对卫星细胞不对称分裂和分化能力的影响。
使用Myf5-Cre:R26R-YFP小鼠标记卫星细胞,培养42小时计数不对称分裂,培养72小时计数Myog+细胞。
确定肌营养不良蛋白是否与Mark2、Pard3等极性蛋白相互作用。
使用PLA和免疫共沉淀检测内源蛋白相互作用,并通过免疫染色分析极性蛋白定位。
验证Mark2和Pard3在不对称分裂和肌源性分化中的作用。
对肌纤维培养中的卫星细胞进行siRNA敲低,或使用Mark2基因敲除小鼠分析表型。
检查卫星细胞有丝分裂的完整性和方向性。
通过p-Aurk染色标记中心体,评估纺锤体取向和异常分裂事件。
评估卫星细胞特异性DGC缺失对肌肉再生的影响。
对Pax7-CreER:Dag1fl/fl小鼠进行他莫昔芬处理,注射心肌毒素诱导损伤,组织学分析肌纤维大小和卫星细胞密度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| I型胶原酶 | Sigma | -- | |
| 胎牛血清 | Wisent | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Cedarlane | -- | |
| 鸡胚提取物 | MP Biomedicals | -- | |
| 基因表达分析 | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| NucleoSpin RNA II试剂盒 | Macherey-Nagel | -- | |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| SSoFast EvaGreen超混合液 | Bio-Rad | -- | |
| qPCR | CFX384实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- |
| RNA-seq | Nugen Ovation系统 | Nugen | -- |
| Solexa GIIx测序仪 | Illumina | -- | |
| 小鼠基因1.0 ST芯片 | Affymetrix | -- | |
| 转染 | Lipofectamine RNAimax转染试剂 | Life technologies | -- |
| 抗体 | 小鼠抗Pax7抗体 | DSHB | -- |
| 鸡抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| 小鼠抗肌营养不良蛋白C端抗体 | DSHB | MANDRA1, clone 7A10 | |
| 兔抗肌营养不良蛋白C端抗体 | Abcam | ab15277 | |
| 小鼠抗肌营养不良蛋白杆状结构域抗体 | Vector Labs | VP-D508 | |
| 小鼠抗肌营养不良蛋白杆状结构域抗体 | Leica Microsystems | DYS1-CE-S | |
| 小鼠抗肌营养不良蛋白N端抗体 | DSHB | MANEX1011B, clone 1C7 | |
| 小鼠抗Dag1抗体 | Abcam | ab49515 | |
| 兔抗Dag1抗体 | Sigma | D1945 | |
| 兔抗Mark2抗体 | Cell Signaling Technology | 9118S | |
| 兔抗磷酸化Mark2 AF647偶联抗体 | Bioss | bs-5742R | |
| 兔抗Pard3抗体 | Millipore | 07-330 | |
| 兔抗磷酸化Aurora激酶抗体 | Cell Signaling Technology | 2914S | |
| 大鼠抗itga7 AF647偶联抗体 | AbLab | 67-0010-10 | |
| 小鼠抗itga7抗体 | Cedarlane | K0046-3 | |
| 大鼠抗层粘连蛋白抗体 | Sigma | L0663 | |
| 兔抗Myod1抗体 | Santa Cruz | sc-304 | |
| 兔抗Myog抗体 | Santa Cruz | sc-576 | |
| PLA | Duolink PLA探针 | Sigma | -- |
| 流式细胞术 | PE偶联抗Sca-1抗体 | BD Biosciences | 553108 |
| 抗CD45抗体 | BD Biosciences | 12-0451-83 | |
| 抗CD31抗体 | BD Biosciences | 12-0311-81 | |
| 抗CD11b抗体 | BD Biosciences | 12-0112-81 | |
| APC偶联抗itga7抗体 | AbLab | 67-0010-10 | |
| Hoechst 33342染料 | -- | -- | |
| FACS缓冲液 | -- | -- | |
| 实验动物 | 心肌毒素 | Latoxan | -- |
| 他莫昔芬 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 卫星细胞分离与肌纤维培养 | 小鼠品系和年龄(2-3个月)、EDL肌纤维分离方法、胶原酶浓度(0.2%)和消化时间(45分钟)、培养时间点(0,12,24,36,42,72小时)、培养基成分(DMEM+20%FBS+1%鸡胚提取物+2.5ng/ml bFGF) 阅读提示:Methods: EDL fiber culture and siRNA transfection |
| siRNA转染 | siRNA序列(Dharmacon smartpool)、转染试剂(Lipofectamine RNAimax)、转染时间(4h和16h)、敲低效率验证 阅读提示:Methods: EDL fiber culture and siRNA transfection; Supplementary Fig. 4b-e |
| 免疫染色 | 固定条件(2%PFA 5分钟)、透化(0.1%Triton+0.1M甘氨酸)、封闭(5%马血清)、一抗浓度和孵育时间、二抗类型(Alexa fluor 488/546/647)、DAPI染色 阅读提示:Methods: Immunostaining and antibodies |
| 不对称分裂分析 | 卫星细胞标记(Myf5-Cre:R26R-YFP)、培养时间(42小时)、YFP和Pax7免疫染色、增殖细胞核抗原(Ki67)或其他增殖标记 阅读提示:Methods: Characterization of satellite cell divisions; Figures 2,4 |
| 有丝分裂纺锤体取向分析 | p-Aurk抗体(Cell Signaling 2914S)、培养时间(36小时)、中心体计数、异常分裂定义(单极、多极、胞质分裂缺陷)、apicobasal vs planar分类标准(60-90度 vs 0-30度) 阅读提示:Methods: Characterization of satellite cell divisions; Figure 5 |