临床样本分组与circRNA筛选
鉴定与铁死亡耐药相关的circRNA
收集117例PDAC患者样本,根据MDA和4HNE免疫组化表达分为铁死亡敏感组和耐药组,进行circRNA-seq,筛选差异表达circRNA,并通过qRT-PCR验证。
Targeting cTRIP12 counteracts ferroptosis resistance and augments sensitivity to immunotherapy in pancreatic cancer
包含临床样本分析、体外细胞实验、类器官模型、人源化小鼠异种移植模型等多层次验证,并进行了功能获得/丧失实验和机制研究。
PDAC临床样本(117例) Mia PaCa-2和PANC-1细胞系 患者来源类器官(PDO) HuNSG小鼠异种移植瘤模型
PDAC患者样本分组基于MDA和4HNE免疫组化评分,n=117 cTRIP12敲低或过表达稳定细胞系的构建(shRNA和过表达质粒) 铁死亡诱导剂erastin处理浓度和时间(IC50测定,48小时) 体内实验给药方案(erastin 10 mg/kg,GSK2656157 25 mg/kg,抗CTLA-4 50 μg/只,每3天一次,共4周) 统计方法:GraphPad Prism 9.0和SPSS 23.0,t检验或Mann-Whitney U检验,ANOVA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与铁死亡耐药相关的circRNA
收集117例PDAC患者样本,根据MDA和4HNE免疫组化表达分为铁死亡敏感组和耐药组,进行circRNA-seq,筛选差异表达circRNA,并通过qRT-PCR验证。
验证cTRIP12对铁死亡敏感性和肿瘤进展的影响
在Mia PaCa-2和PANC-1细胞中敲低或过表达cTRIP12,检测铁死亡标志物(脂质过氧化、Fe2+、MDA、GSH/GSSG)、细胞增殖和体内肿瘤生长。
探究cTRIP12调节铁死亡和免疫的分子机制
检测铁死亡相关分子表达,确认FTH是关键靶点;通过RNA pulldown、质谱、RIP、Co-IP等鉴定cTRIP12结合蛋白OGT和PERK,并验证相互作用的特异性。
验证cTRIP12/OGT轴对FTH和PD-L1表达的影响
通过遗传和药理学手段改变OGT或O-GlcNAc水平,检测FTH和PD-L1蛋白表达及O-GlcNAc修饰变化。
评估GSK2656157、erastin和抗CTLA-4三联疗法的抗肿瘤效果和安全性
在HuNSG小鼠皮下和原位异种移植模型中,比较不同治疗组合的肿瘤体积、重量、铁死亡标志物及免疫浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | Erastin | MCE | HY-15763 |
| GSK2656157 | MCE | HY-13820 | |
| OSMI-1 | Sigma | SML1621 | |
| TMG | Sigma | SML0244 | |
| 抗CTLA-4抗体 | Bioxcell | BE0190 | |
| Western blot | MDA抗体 | Abcam | ab4544 |
| 4-HNE抗体 | Abcam | ab48506 | |
| GPX4抗体 | HUABIO | ET1706-45 | |
| FTL抗体 | Abcam | ab109373 | |
| ACSL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| FTH抗体 | Santa cruz | sc-376594 | |
| FSP1抗体 | Abcam | ab197896 | |
| SLC7A11抗体 | Abelonal | A2413 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| PD-L1抗体 | zenbio | R30023 | |
| OGT抗体 | HUABIO | 11576-2-AP | |
| p-OGT(Ser20)抗体 | Signalway | SAB498P | |
| PERK抗体 | Santa cruz | sc-377400 | |
| O-GlcNAc抗体 | Abcam | ab2739 | |
| HGS抗体 | Biosciences | CPA7268 | |
| 磷酸化丝氨酸/苏氨酸抗体 | PhosphoSolutions | PM3801 | |
| 细胞转染 | Roche转染试剂 | Roche | -- |
| 类器官培养 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript反转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNase R处理 | RNase R | Geenseed | -- |
| 凝胶电泳 | ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
| 铁死亡检测 | C11-BODIPY 581/591荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| FerroOrange荧光探针 | Dojindo | -- | |
| MDA检测试剂盒 | Abcam | -- | |
| 3D肿瘤球体 | 活/死细胞染色试剂盒 | BestBio | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| Pierce ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| T细胞分离 | Ficoll密度梯度分离液 | Fcmacs Biotechnology | -- |
| CD8+ T细胞分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| T细胞活化 | 抗CD3抗体 | BioLegend | -- |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | -- | |
| 重组人IL-2 | PeproTech | -- | |
| RNA结合蛋白分析 | Magna RIP试剂盒 | Merck Millipore | -- |
| 体外RNA环化 | T4 DNA连接酶 | TaKaRa | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本量(n=117),分组标准(基于MDA和4HNE免疫组化评分),测序样本数(n=5),患者来源医院 阅读提示:Materials and methods: Human PDAC specimens;Fig. 1A-B |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(Mia PaCa-2, PANC-1),培养条件(37°C, 5% CO2),培养基(DMEM,10% FBS),erastin浓度(IC50测定) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines;Fig. 2B |
| 基因操作 | shRNA序列,过表达质粒,转染试剂(Roche),稳定细胞系构建方法 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection;Fig. 2A |
| 体内实验 | 动物品系(NSG),细胞数量(2.0×10^6),给药剂量(erastin 10mg/kg, GSK2656157 25mg/kg, anti-CTLA-4 50μg/只),给药频率(每3天一次,共4周) 阅读提示:Materials and methods: Humanized mouse model;Fig. 8 |
| 免疫相关检测 | 效应细胞与靶细胞比例(10:1),共培养时间(48h),LDH释放检测方法,细胞因子检测方法(ELISA) 阅读提示:Materials and methods: CD8+ T-cell-mediated tumor cell killing assay;Fig. 4 |