TCGA数据泛癌分析
评估PGK1 mRNA水平和启动子甲基化与癌症分期及预后的关联
从TCGA下载34种癌症类型11908例肿瘤和1582例配对正常组织的RNA-seq和甲基化数据,比较肿瘤与正常组织的PGK1 mRNA表达和启动子甲基化水平。
Associations of PGK1 promoter hypomethylation and PGK1-mediated PDHK1 phosphorylation with cancer stage and prognosis: a TCGA pan-cancer analysis
包含TCGA多癌种转录组、甲基化数据分析和独立队列免疫组化验证两个证据层级,并涵盖体外机制验证。
TCGA多癌种数据集 乳腺癌等五种癌症的独立患者队列
TCGA RNA-seq和甲基化数据来自11,908例肿瘤和1,582例配对正常组织 免疫组化队列包含818例癌症患者(乳腺癌145例,肝癌185例,肺癌179例,胃癌95例,食管癌214例) TMA切片厚度3μm,PGK1 pS203抗体稀释度1:200,PDHK1 pT338抗体稀释度1:500 统计显著性阈值为P<0.05,采用双侧检验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PGK1 mRNA水平和启动子甲基化与癌症分期及预后的关联
从TCGA下载34种癌症类型11908例肿瘤和1582例配对正常组织的RNA-seq和甲基化数据,比较肿瘤与正常组织的PGK1 mRNA表达和启动子甲基化水平。
验证PGK1 S203和PDHK1 T338磷酸化水平与癌症进展及预后的关联
在818例五种癌症患者样本中,利用特异性抗体通过免疫组化检测PGK1 pS203和PDHK1 pT338水平,并进行临床病理特征关联和生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗磷酸化PGK1 S203抗体 | Signalway Antibody | SAB487P |
| 抗磷酸化PDHK1 T338抗体 | Signalway Antibody | #11596 | |
| 免疫组化对照 | 识别IgG的兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | not specified |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TCGA数据处理 | RNA-seq数据平台(Illumina HiSeq 2000)和甲基化平台(Illumina Infinium Human Methylation 450) 阅读提示:Methods:Data resource |
| 免疫组化 | 抗体稀释度(抗PGK1 pS203 1:200,抗PDHK1 pT338 1:500),抗原修复条件,评分标准 阅读提示:Methods:Immunohistochemistry |
| 组织微阵列构建 | 组织芯直径2mm,切片厚度3μm 阅读提示:Methods:Tissue microarray construction |
| 生存分析 | OS定义标准,K-means聚类分组方法,Cox回归包含的变量 阅读提示:Methods:Statistical analysis |