模型建立与基因筛选
建立SNI小鼠模型并通过转录组测序筛选关键调控基因。
对SNI小鼠L4-6脊髓进行RNA-seq,使用STRING和CytoHubba识别枢纽基因,并通过qPCR验证Spi1表达变化。
Spi1 aggravates neuropathic pain by modulating Clec7a-mediated neuroinflammation and microglial phagocytosis
包含SNI小鼠模型、BV2细胞模型,并通过行为学、分子生物学、膜片钳、荧光素酶和ChIP实验进行功能与机制验证。
SNI小鼠模型 LPS诱导的BV2小胶质细胞 HEK-293T细胞
SNI小鼠模型,C57BL/6J雄性小鼠(6-8周龄) BV2细胞,LPS处理浓度为1 μg/ml,处理24小时 si-Spi1或oe-Spi1转染BV2细胞48小时,随后LPS处理 AAV-Spi1、AAV-Clec7a等病毒注射于脊髓背角,注射体积0.3 μl,速度200 nl/min 行为学测试时间点:术前1天及术后第1、3、7、14、21天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立SNI小鼠模型并通过转录组测序筛选关键调控基因。
对SNI小鼠L4-6脊髓进行RNA-seq,使用STRING和CytoHubba识别枢纽基因,并通过qPCR验证Spi1表达变化。
验证Spi1在体内和体外的表达变化及其细胞类型定位。
通过Western blot、免疫荧光和qPCR检测SNI小鼠脊髓和LPS处理的BV2细胞中Spi1的表达,并通过双免疫荧光染色观察Spi1与Iba1的共定位。
评估Spi1敲低或过表达对疼痛行为、神经炎症和小胶质细胞吞噬功能的影响。
在小鼠脊髓注射Sh-Spi1 AAV敲低Spi1,或在BV2细胞中转染si-Spi1或oe-Spi1,分别进行行为学测试、炎症因子检测、小胶质细胞形态分析、吞噬实验和电生理记录。
验证Spi1是否通过直接结合Clec7a启动子调控其转录。
使用JASPAR预测Spi1在Clec7a启动子区(2kb)的结合位点,构建突变体,通过荧光素酶报告基因和ChIP-qPCR验证结合。
评估Clec7a敲低对疼痛行为、神经炎症和小胶质细胞吞噬的影响。
在小鼠脊髓注射Sh-Clec7a AAV,敲低Clec7a,进行行为学测试、炎症因子检测和小胶质细胞吞噬分析。
验证Spi1的作用是否依赖Clec7a。
在BV2细胞中共转染oe-Spi1和si-Clec7a,检测炎症表型和吞噬变化;在SNI小鼠中注射Sh-Spi1和AAV-Clec7a,观察疼痛行为变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | A5669401 | |
| 药物处理 | 脂多糖 | -- | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂 | AG | AG21102 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 一抗:兔抗CD86 | Proteintech | 13395-1-AP | |
| 一抗:兔抗CD206 | CST | 24595 | |
| 一抗:小鼠抗Spi1 | SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY | sc-390405 | |
| 一抗:小鼠抗β-微管蛋白 | Abmart | M20005S | |
| 一抗:兔抗Clec7a | SAB Signalway Antibody | 35673 | |
| Immobilon Western HRP底物 | Millipore | -- | |
| UVITEC图像分析仪 | UVITEC | -- | |
| qRT-PCR | Evo M-MLV反转录试剂预混液 | AG | AG11706 |
| SYBR Green Pro Taq HS预混PCR试剂盒 | AG | AG11718 | |
| NanoDrop2000分光光度计 | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫荧光 | 含DAPI封片剂 | -- | -- |
| 一抗:兔抗Clec7a | Abcam | ab300497 | |
| 一抗:小鼠抗Spi1 | SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY | sc-390405 | |
| 一抗:小鼠抗Iba1 | Abcam | ab283319 | |
| 一抗:大鼠抗CD68 | Abcam | ab53444 | |
| 一抗:Iba1兔抗体 | Abcam | ab178847 | |
| 一抗:NeuN (E4M5P) 小鼠抗体 | CST | 94403S | |
| 一抗:GFAP小鼠抗体 | CST | 3670s | |
| 一抗:VGAT兔抗体 | GeneTex | GTX637107, 44788 | |
| 一抗:CD86大鼠抗体 | Abcam | ab119857 | |
| 一抗:CD206兔抗体 | CST | 24595 | |
| 山羊抗大鼠荧光二抗488 | Abcam | ab150165 | |
| 山羊抗兔荧光二抗488 | Abcam | ab150077 | |
| 山羊抗小鼠荧光二抗 | Bioss | bs-0296G-AF594 | |
| 共聚焦显微镜(Nikon Eclipse Ti) | Nikon | -- | |
| 标准显微镜(Nikon Ti2-E) | Nikon | -- | |
| 吞噬实验 | 酵母聚糖 | Invitrogen | Z23373 |
| 山羊抗兔荧光二抗 | Bioss | bs-0295G-Cy5 | |
| 荧光素酶报告基因 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 多功能酶标仪(SYNERGY H1) | BIOTEK | -- | |
| ChIP | CHIP试剂盒 | CST | 9003S |
| Spi1抗体 | Abcam | ab227835 | |
| 电生理 | 振动切片机(VT1200S) | Leica | -- |
| MultiClamp 700B放大器 | HEKA | -- | |
| Axon数模转换器 | Axon Instruments | -- | |
| 细胞培养 | 腺相关病毒(AAV) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、体重、SNI手术步骤(具体结扎神经)、术后时间点 阅读提示:Methods中的Animals和SNI surgery部分 |
| 细胞模型建立 | BV2细胞培养条件、LPS浓度和处理时间、siRNA转染浓度和时间 阅读提示:Methods中的Cell culture and intervention部分 |
| 行为学检测 | von Frey filament测试的起始力度、递增方法、测试间隔、热板温度、截止时间 阅读提示:Methods中的Mechanical allodynia analyses和Thermal hyperalgesia analysis部分 |
| 基因干预 | AAV血清型、注射剂量、注射部位、注射体积、速度、病毒滴度、注射时间点 阅读提示:Methods中的Intraspinal injection部分 |
| 炎症指标检测 | 一抗稀释比、二抗选择、Western blot或qPCR的具体步骤 阅读提示:Methods中的Western blot和Quantitative real-time polymerase chain reaction部分 |
| 吞噬功能检测 | Zymosan浓度、共孵育时间、细胞密度、固定和染色步骤 阅读提示:Methods中的Phagocytosis assay部分 |
| 机制验证 | 荧光素酶报告基因的质粒构建(突变位点)、ChIP抗体的用量和孵育时间 阅读提示:Methods中的Double luciferase reporter gene assay和Chromatin immunoprecipitation (CHIP) assay部分 |