临床样本转录组测序及WGCNA分析
筛选与HGSOC发生相关的关键模块和驱动基因
对8例HGSOC和7例正常卵巢样本进行RNA-seq,通过WGCNA构建共表达网络,筛选与临床特征相关的模块和驱动基因,并进行GO和KEGG富集分析。
N6-Methyladenosine-Modified KREMEN2 Promotes Tumorigenesis and Malignant Progression of High-Grade Serous Ovarian Cancer
包含临床样本验证、体外细胞功能实验、体内动物模型、MeRIP-qPCR和RIP等机制验证,多层级证据链。
OVCAR-3细胞系 CAOV-3细胞系 高分级浆液性卵巢癌临床样本 裸鼠皮下移植瘤模型
FTO与KREMEN2表达呈显著负相关 FTO过表达降低KREMEN2 mRNA m6A水平并下调其表达 IGF2BP1而非IGF2BP2/3参与FTO介导的KREMEN2 mRNA稳定 KREMEN2过表达促进体内肿瘤生长,敲低抑制肿瘤生长 KREMEN2高表达与FIGO分期及转移显著相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与HGSOC发生相关的关键模块和驱动基因
对8例HGSOC和7例正常卵巢样本进行RNA-seq,通过WGCNA构建共表达网络,筛选与临床特征相关的模块和驱动基因,并进行GO和KEGG富集分析。
识别FTO调控的m6A修饰靶基因
利用GSE130350和GSE130349数据集,分析FTO过表达后的差异表达基因和差异m6A修饰转录本,并与WGCNA模块取交集,确定KREMEN2为潜在靶基因。
验证KREMEN2在HGSOC中的表达及其与临床病理特征的相关性
通过RT-qPCR、Western blot和免疫组化检测临床样本中KREMEN2表达,使用χ²检验分析其与临床特征的相关性。
验证KREMEN2对HGSOC细胞增殖和凋亡的影响
构建KREMEN2过表达和敲低的诱导型慢病毒系统,通过WST-1、BrdU、流式细胞术、TUNEL和Western blot检测细胞增殖、细胞周期和凋亡相关标志物。
验证KREMEN2对HGSOC体内肿瘤生长的影响
将转染的OVCAR-3细胞皮下注射到裸鼠,用Dox诱导KREMEN2表达或敲低,测量肿瘤体积,并检测肿瘤组织中KREMEN2及增殖凋亡标志物。
验证FTO通过m6A修饰调控KREMEN2表达及稳定性
在OVCAR-3细胞中过表达或敲低FTO,检测KREMEN2 mRNA和蛋白水平,通过MeRIP-qPCR检测m6A水平,通过RIP验证FTO与KREMEN2 mRNA结合,通过放线菌素D实验检测mRNA稳定性。
确定参与KREMEN2 mRNA稳定性调控的m6A阅读蛋白
在FTO敲低细胞中分别敲低IGF2BP1/2/3,检测KREMEN2表达,以确定其参与。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Servicebio | -- |
| RPMI 1640培养基 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 多柔比星 | Macklin | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Solarbio | -- |
| 细胞染色 | DAPI染色液 | Aladdin | -- |
| RT-qPCR | 2× Taq PCR预混液 | Solarbio | -- |
| SYBR Green荧光染料 | Solarbio | -- | |
| 反转录 | BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 细胞增殖检测 | WST-1细胞增殖与细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | Keygene biotech | -- |
| RNA甲基化检测 | MeRIP m6A转录组分析试剂盒 | Ribobio | -- |
| Western blot | KREMEN2抗体 | Bioss | -- |
| Ki67抗体 | Affinity Biosciences | -- | |
| p21抗体 | Affinity Biosciences | -- | |
| p21抗体 | ABclonal | -- | |
| FTO抗体 | ABclonal | -- | |
| 免疫荧光 | BrdU抗体 | Proteintech | -- |
| Western blot | GAPDH抗体 | Proteintech | -- |
| HRP标记的山羊抗兔IgG抗体 | Solarbio | -- | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG抗体 | Solarbio | -- | |
| 免疫荧光 | 山羊抗小鼠IgG H&L抗体(FITC) | Abcam | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Beyotime Biotechnology | -- |
| RNA测序 | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| AMPure XP磁珠 | -- | -- | |
| Illumina Novaseq 600测序仪 | Illumina | -- | |
| 载体构建 | pLVX-TetOne-Puro载体 | Hunan Fenghui Biotechnology | -- |
| Tet-pLKO-Puro载体 | Hunan Fenghui Biotechnology | -- | |
| RT-qPCR | 96孔MicroAmp板 | Solarbio | -- |
| Western blot | ECL Western blot底物 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 免疫组化 | 奥林巴斯显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞增殖检测 | BioTek酶标仪 | BioTek | -- |
| 细胞周期分析 | 安捷伦流式细胞仪 | Agilent | -- |
| FlowJo软件 | BD Biosciences | -- | |
| RNA提取 | TRIpure裂解液 | BioTeke | -- |
| DNA酶I | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本类型(HGSOC与正常卵巢组织)、样本量、临床信息(年龄、FIGO分期、转移情况) 阅读提示:Materials and Methods: Clinical Samples, Cell Lines, and Mice; Supplementary Table S1, S2 |
| 细胞培养 | 细胞系(OVCAR-3和CAOV-3)、培养基种类(DMEM或RPMI-1640)、血清浓度、CO2浓度、温度 阅读提示:Materials and Methods: Clinical Samples, Cell Lines, and Mice |
| KREMEN2/FTO敲低或过表达 | 载体(pLVX-TetOne-Puro或Tet-pLKO-Puro)、细胞密度、感染时间、嘌呤霉素浓度和处理时间、Dox浓度和处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Vector Construction and Screening of Stable Infected Cell Lines |
| 体外增殖和凋亡检测 | 细胞接种密度(2×10^3细胞/孔)、Dox处理时间、WST-1孵育时间、BrdU标记时间、TUNEL反应时间 阅读提示:Materials and Methods: Cell Proliferation Assay, TUNEL Staining, Immunofluorescence Staining |
| 体内移植瘤模型 | 小鼠品系(裸鼠)、年龄(4-6周)、注射细胞数(1×10^5)、Dox浓度(1 mg/mL)和给药时间(3周) 阅读提示:Materials and Methods: Clinical Samples, Cell Lines, and Mice |
| MeRIP-qPCR | RNA片段化大小(100-150 bp)、抗m6A抗体用量、磁珠类型、孵育时间、洗脱条件、引物序列(针对5'UTR和3'UTR) 阅读提示:Materials and Methods: Methylated RNA Immunoprecipitation qPCR Assays |
| RIP实验 | 细胞裂解液成分、抗体(抗FTO或抗IgG)、磁珠结合时间、洗脱条件、蛋白酶K处理时间 阅读提示:Materials and Methods: RNA Immunoprecipitation Assays |
| mRNA稳定性检测 | 放线菌素D浓度(5 μg/mL)和处理时间点(0、1、2、3、4小时) 阅读提示:Materials and Methods: Measurement of Messenger RNA Stability |