临床样本和数据库分析
评估LRG1在胃癌中的表达及其与预后的关系
通过TCGA数据库分析LRG1在泛癌中的表达,使用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测胃癌组织和细胞系中LRG1的表达,并进行Kaplan-Meier生存分析。
LRG1 mediated by ATF3 promotes growth and angiogenesis of gastric cancer by regulating the SRC/STAT3/VEGFA pathway
包含TCGA和临床样本表达分析、体外细胞增殖/迁移/管形成实验、CAM和异种移植瘤体内验证、ChIP和双荧光素酶报告基因的机制验证。
胃癌细胞系SGC7901、AGS、MGC803、MKN45、MFC 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)模型
LRG1在胃癌组织中的表达水平及与预后的关系 LRG1敲低或过表达对胃癌细胞增殖的影响(CCK-8、克隆形成) LRG1对HUVEC迁移和管形成的影响 ATF3对LRG1启动子的直接结合和转录调控 STAT3抑制剂STATTIC对LRG1促血管生成效应的阻断
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LRG1在胃癌中的表达及其与预后的关系
通过TCGA数据库分析LRG1在泛癌中的表达,使用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测胃癌组织和细胞系中LRG1的表达,并进行Kaplan-Meier生存分析。
验证LRG1对胃癌细胞增殖的影响
通过慢病毒介导的shRNA敲低或过表达LRG1,使用CCK-8和克隆形成实验检测细胞增殖。
验证LRG1对HUVEC增殖、迁移和管形成的影响
收集LRG1敲低或过表达的胃癌细胞的条件培养基,处理HUVEC,进行CCK-8增殖、Transwell迁移和管形成实验。
验证LRG1对体内血管生成的影响
使用鸡胚CAM实验和裸鼠异种移植瘤模型检测LRG1对血管生成的影响,通过CD31免疫组化和荧光成像评估血管密度。
验证ATF3是否直接结合并激活LRG1启动子
通过ChIP和双荧光素酶报告基因实验验证ATF3与LRG1启动子区域的结合。
验证LRG1是否通过SRC/STAT3/VEGFA通路促进血管生成
通过Western blot检测SRC、p-SRC、STAT3、p-STAT3和VEGFA的表达,使用STAT3抑制剂STATTIC处理细胞,检测对血管生成的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Servicebio | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienceCell | 1001 | |
| 内皮细胞生长补充剂 | ScienceCell | 1052 | |
| 细胞鉴定 | 抗血管性血友病因子抗体 | Bioss | Bs-0586R |
| 抗CD31抗体 | Abcam | ab9498 | |
| 基因操作 | HitransG A转染试剂 | Genechem | -- |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | TAKARA | -- |
| 反转录 | 反转录系统 | TAKARA | -- |
| qPCR | TB Green PCR预混液 | TAKARA | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 细胞迁移检测 | 24孔板插入式细胞培养小室(膜孔径3mm) | Corning | -- |
| 管形成实验 | 无生长因子基质胶 | Corning | -- |
| μ-Slide血管生成培养板 | ibidi | -- | |
| 钙黄绿素AM | -- | -- | |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Millipore | -- |
| ATF3抗体 | Abcam | ab207434 | |
| 荧光素酶报告实验 | Q5高保真热启动聚合酶 | NEB | -- |
| pGL4.10基础载体 | Promega | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | -- | |
| 免疫组化 | LRG1抗体 | Abcam | ab178698 |
| PECAM1抗体 | Abcam | ab9498 | |
| 小鼠CD31抗体 | R&D Systems | AF3628-SP | |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab1667 | |
| ATF3抗体 | Abcam | ab254268 | |
| Western blot | 一步法SDS-PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Biotides | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| Millipore Immobilon Western化学发光HRP底物 | Millipore | -- | |
| 体内成像 | AngioSense 750EX血管生成荧光探针 | -- | -- |
| 抑制实验 | STATTIC(STAT3抑制剂) | -- | -- |
| 细胞因子处理 | 重组人LRG1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件:RPMI-1640或DMEM培养基、10%FBS、100U/mL青霉素和链霉素、37℃、5%CO2 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture |
| HUVEC提取 | 使用I型胶原酶消化人脐静脉,并鉴定CD31和VWF阳性 阅读提示:Materials and methods: HUVEC extraction and identification |
| 基因敲低和过表达 | LRG1 shRNA序列(shLRG1#1和#2)和过表达质粒,使用HitransG A和嘌呤霉素筛选稳定克隆 阅读提示:Materials and methods: Virus construction and infection |
| 体外增殖实验 | CCK-8检测细胞接种密度1000细胞/孔,克隆形成实验细胞数1×10^4,培养10天 阅读提示:Materials and methods: In vitro proliferation assay |
| 体外迁移和管形成 | HUVEC迁移实验Transwell小室膜孔径3μm,培养18小时;管形成使用无生长因子Matrigel预涂板,细胞数1×10^4 阅读提示:Materials and methods: In vitro migration assay, Endothelial cell tube formation assay |
| 体内血管生成 | CAM实验使用8日龄鸡胚,细胞悬液30μl;裸鼠皮下注射2×10^6细胞,21天后取材 阅读提示:Materials and methods: Chick embryo chorioallantoic membrane (CAM) assay, In vivo tumorigenesis |
| 机制验证 | ATF3抗体(ab207434)用于ChIP;荧光素酶报告载体pGL4-LRG1及删除突变体;STAT3抑制剂STATTIC处理浓度 阅读提示:Materials and methods: Chromatin immunoprecipitation, Luciferase reporter assay, Results: SRC/STAT3/VEGFA pathway |