生物信息学筛选关键基因
鉴定LN中可能的关键致病基因
从GEO数据库获取GSE32591、GSE112943、GSE127593三个转录组数据集,分析LN患者与正常肾组织的差异表达基因,取交集获得12个共同的ISG,包括HERC6。
Interferon α-induced HERC6 provokes podocyte dysfunction via mitotic catastrophe in lupus nephritis
包含生物信息学分析、临床样本验证、两种鼠模型体内实验及体外细胞功能与机制验证(凋亡、细胞周期、纺锤体形态)。
MPC5小鼠足细胞系 MRL/lpr小鼠自发狼疮模型 pristane诱导的狼疮小鼠模型 LN患者肾组织及尿液样本
IFN-α处理浓度:30 ng/mL,处理时间48 h AAV9-shHERC6注射剂量:5×10^11 vg,200 µL,尾静脉注射 MRL/lpr小鼠:14周龄时处理,20周龄时分析 HERC6敲低效率:shHERC6-#2序列用于体外实验 抗体使用:anti-HERC6 (Huabio, ER1910-50)用于WB和IF
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定LN中可能的关键致病基因
从GEO数据库获取GSE32591、GSE112943、GSE127593三个转录组数据集,分析LN患者与正常肾组织的差异表达基因,取交集获得12个共同的ISG,包括HERC6。
验证HERC6在LN患者中的表达及其与疾病活动的相关性
通过免疫组化检测LN患者肾小球HERC6蛋白表达,ELISA检测尿液HERC6水平,并分析与SLEDAI、蛋白尿、补体C3等临床参数的相关性。
在狼疮小鼠模型中验证HERC6表达升高,并评估肾脏靶向敲低HERC6的疗效
检测MRL/lpr和pristane诱导狼疮小鼠肾组织中HERC6 mRNA和蛋白水平;通过AAV9-shHERC6在MRL/lpr小鼠中敲低HERC6,评估肾脏病理、功能及免疫指标。
验证IFN-α是否直接诱导HERC6表达,以及HERC6敲低是否减轻IFN-α诱导的足细胞损伤
MPC5细胞用IFN-α(30 ng/mL)处理48小时,检测HERC6表达及足细胞损伤标志物;用慢病毒敲低HERC6后,观察对IFN-α损伤的影响。
探究HERC6导致足细胞损伤的机制是否涉及有丝分裂缺陷
通过流式细胞术检测凋亡和细胞周期,免疫荧光检测α-tubulin、磷酸化组蛋白H3共染以评估纺锤体形态和异常比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 干扰素α | novoprotein | CK83 |
| RNA提取 | VeZol试剂 | Vazyme | R411-01 |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Vazyme | R223-01 |
| qPCR扩增 | Light Cycler FastStart DNA Master SYBR Green I | Vazyme | Q431-02 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC038 | |
| 抗HERC6抗体 | Huabio | ER1910-50 | |
| 抗podocin抗体 | abcam | AB181143 | |
| 抗nephrin抗体 | abcam | AB216341 | |
| 抗WT1抗体 | ABclonal | A2446 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Afantibody | AFSA004 | |
| ECL Plus化学发光试剂 | Vazyme | E422 | |
| 免疫荧光 | 抗IgG抗体 | AiFang Biological | -- |
| 抗C3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗Podocin抗体 | Abcam | ab181143 | |
| 抗Nephrin抗体 | Abcam | ab216341 | |
| 抗磷酸化组蛋白H3抗体 | Proteintech | 66863-1-Ig | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 80762-1-RR | |
| Alexa Fluor 488标记的抗小鼠IgG | Afantibody | AFSA002 | |
| Cy3标记的抗兔IgG | Afantibody | AFSA006 | |
| DAPI | -- | -- | |
| ELISA | 抗HERC6抗体 | Biobryt | orb157504 |
| HRP标记的HERC6抗体 | Cusabio | CSB-PA812876LB01HU | |
| 抗dsDNA抗体检测试剂盒 | Chondrex | 3031 | |
| 尿素氮检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C013-2-1 | |
| 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C011-2-1 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Liankebio | EK206 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | ABclonal | RK04875 | |
| 流式细胞术 | PE Annexin V凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A213 |
| 7-AAD | -- | -- | |
| RNA酶A | -- | -- | |
| 可固定活力染料eFluor 506 | eBioscience | 65086618 | |
| AF700-CD3抗体 | BD Pharmingen | 557984 | |
| FITC-CD4抗体 | BD Pharmingen | 557307 | |
| PerCP-Cy5.5-CD8抗体 | BD Pharmingen | 561109 | |
| APC-Cy7-CD45R(B220)抗体 | BD Pharmingen | 552094 | |
| APC-CD138抗体 | BD Pharmingen | 561705 | |
| BV711-IFNγ抗体 | eBioscience | 407-7311-82 | |
| eFluor 450-IL17A抗体 | eBioscience | 48-7177-82 | |
| APC-CD25抗体 | eBioscience | 17-0251-82 | |
| PE-Foxp3抗体 | eBioscience | 12-4774-42 | |
| 动物实验 | AAV9-shHERC6 | Eynos Lifescience | -- |
| AAV9-shScramble | Eynos Lifescience | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | MPC5细胞培养条件(培养基、血清、双抗);IFN-α处理浓度30 ng/mL,时间48小时;慢病毒感染及嘌呤霉素筛选浓度10 µg/ml。 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 动物模型与处理 | MRL/lpr小鼠周龄(14周时处理,20周时分析);AAV9-shHERC6注射剂量5×10^11 vg(200 µL)经尾静脉;对照组AAV9-shScramble;pristane诱导模型注射0.5 ml pristane,6个月后分析。 阅读提示:Methods - Mice and treatment |
| 敲低效率验证 | HERC6 shRNA序列(#2用于主要实验);敲低效率验证(mRNA和蛋白水平)。 阅读提示:Results - Knockdown of HERC6 mitigated...;Figure 5 legend |
| 细胞周期与纺锤体分析 | 细胞周期分析:7-AAD染色、RNase A处理浓度10 µg/mL,室温30分钟;纺锤体异常分析:共染α-tubulin和磷酸化组蛋白H3 (Ser10),统计异常纺锤体(单极、三极、多极)比例,n=50。 阅读提示:Results - HERC6 exacerbated...;Figure 6 legend;Methods - Flow cytometry analysis |
| 临床样本检测 | 尿HERC6 ELISA:包被抗体5 µg/mL,HRP标记二抗;临床参数:SLEDAI、蛋白尿、补体C3/C4等。 阅读提示:Methods - Human samples collection, Enzyme-linked immunosorbent assay |