遗传筛选鉴定Gba1b的显性修饰因子
筛选与Gba1b单倍剂量不足相互作用的LSD基因,以鉴定影响GBA1外显率的潜在修饰因子。
对34个LSD基因的果蝇同源物进行杂合子筛选,与Gba1b突变等位基因组合,通过攀爬实验评估运动能力。
Two lysosomal genes ATP13A2 and GBA1 interact to drive neurodegeneration
包含遗传筛选、行为学、ERG、TEM、免疫染色、脂质组学、代谢组学及药理学拯救等多层级实验,并进行了人类遗传数据验证。
黑腹果蝇遗传模型 果蝇视觉系统(感光神经元及色素胶质细胞)
双杂合基因型:Gba1bT2A/+;anneT2A/+ 饲养环境和光照条件:25°C,持续光照或黑暗 年龄时间点:第7、15、30天 运动行为检测:负地性攀爬实验(自动化平台) 视网膜功能:ERG记录
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与Gba1b单倍剂量不足相互作用的LSD基因,以鉴定影响GBA1外显率的潜在修饰因子。
对34个LSD基因的果蝇同源物进行杂合子筛选,与Gba1b突变等位基因组合,通过攀爬实验评估运动能力。
确认anne和Gba1b双杂合是否导致进行性神经退行性表型。
使用不同等位基因组合(Gba1bT2A/+;anneT2A/+等)进行攀爬实验、ERG记录、TEM分析及DA神经元计数。
评估双杂合果蝇中溶酶体的数量、形态及酸化能力。
通过TEM观察感光细胞溶酶体数量,LysoTracker染色评估酸化,免疫染色检测LBPA和CTSL水平。
检测双杂合果蝇中鞘脂和多胺代谢的异常。
对果蝇头部进行非靶向代谢组学(Metabolon HD4平台)和靶向脂质组学(LC-MS/MS)分析。
验证增强溶酶体功能、抑制GlcCer合成或调节多胺代谢能否挽救神经退行性表型。
在食物中添加ML-SA1、霉酚酸酯、DFMO、精胺或亚精胺,喂养双杂合果蝇,然后评估ERG和视网膜形态。
在人类PD患者中寻找GBA1和ATP13A2双杂合变异的证据。
分析本地Baylor队列和GP2队列(15,881例PD患者)的测序数据,以及UKBB中GBA1携带者队列。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | ML-SA1 | Cayman Chemical | 29958 |
| 霉酚酸酯 | Sigma-Aldrich | M1177 | |
| 精胺 | Sigma-Aldrich | S3256 | |
| 亚精胺 | Sigma-Aldrich | S2626 | |
| DFMO | gift from Dr. Stewart and Dr. Casero | -- | |
| 细胞染色 | LysoTracker Red DND-99 | Invitrogen | -- |
| 免疫染色 | 抗GlcCer抗体 | Glycobiotech | RAS_0010 |
| BODIPY 494/504 | Invitrogen | D3922 | |
| 抗CTSL抗体 | R&D Systems | MAB22591 | |
| 抗LBPA抗体 | Echelon Biosciences | Z-PLBPA | |
| 抗TH抗体 | Sigma-Aldrich | SAB2701683 | |
| 抗Elav抗体 | DSHB | Rat-elav-7E8A10 | |
| 抗Repo抗体 | DSHB | Mouse-Repo-8D12 | |
| Western blot | 抗Actin抗体 | ThermoFisher | ICN691001 |
| 抗Rab5抗体 | Abcam | ab31261 | |
| 抗Dynamin抗体 | BD Biosciences | 610245 | |
| 抗Rab7抗体 | DSHB | Rab7 | |
| 抗磷酸化果蝇S6K (Thr398)抗体 | CST | 9209 | |
| 抗S6K抗体 | SCBT | sc-9027 | |
| 抗果蝇Atg8抗体 | -- | -- | |
| 抗泛素抗体 | CST | 58395S | |
| RT-qPCR | TRIzol | Invitrogen | -- |
| Turbo DNA-free试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| Fast SYBR Green Master Mix | Applied Biosystems | -- | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 脂质组学 | Hypersil GOLD Vanquish C18 UHPLC色谱柱 | -- | -- |
| Orbitrap Fusion Tribrid IQ-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 代谢组学 | MicroSTAR系统 | Hamilton Company | -- |
| Waters ACQUITY UPLC系统 | Waters | -- | |
| Q-Exactive高分辨/精确质量质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 透射电镜 | Leica EM TP自动组织处理仪 | Leica | -- |
| Leica UC7超薄切片机 | Leica | -- | |
| JEOL JEM-1010透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| AMT XR-16中置1600万像素CCD相机 | AMT | -- | |
| 成像 | Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Zeiss LSM880共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 免疫染色 | VECTASHIELD封片剂 | Vector Laboratories | H-1000 |
| RapiClear | SunJin Lab Co. | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 分子克隆 | pDONR221载体 | -- | -- |
| pGW-attB-HA目的载体 | -- | -- | |
| LR Clonase II | Invitrogen | -- | |
| Q5定点突变试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| 电生理 | LabChart 8 Reader | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 果蝇品系与饲养 | 基因型:Gba1bT2A/+;anneT2A/+;饲养温度25°C;食物为糖蜜基础食物;光照条件(持续光照或黑暗);果蝇性别(混合性别约50%雄性) 阅读提示:Methods: Drosophila stocks and husbandry |
| 行为学检测 | 检测装置(自定义机器人系统);年龄时间点(1-30天);生物学重复6-8个,每个重复10-15只雌蝇;技术重复5次;统计模型(混合效应模型) 阅读提示:Methods: Robot-assisted locomotor assay 和 Climbing assay |
| ERG记录 | 电极填充液0.1M NaCl;光刺激1秒;记录设备LabChart;统计比较(LCRP和on/off瞬态振幅) 阅读提示:Methods: Electroretinogram (ERG) recording |
| TEM分析 | 固定液配方(2% PFA, 2.5% glutaraldehyde, 0.1M sodium cacodylate, pH7.2);固定时间48小时;后固定1%锇酸40分钟;切片厚度50nm;染色(UranyLess和3%柠檬酸铅);观察时间点(15和30天) 阅读提示:Methods: Transmission electron microscopy (TEM) |
| 免疫染色 | 抗体稀释比(如抗GlcCer 1:250);固定条件(3.7%甲醛,4°C);封闭条件(5% NGS);成像显微镜(Leica SP8或Zeiss LSM880) 阅读提示:Methods: Immunostaining |
| 溶酶体功能检测 | LysoTracker Red DND-99浓度100 nM;染色时间10分钟;成像设备;定量方法(Fiji自动阈值) 阅读提示:Methods: Live imaging of LysoTracker |
| 代谢组学 | 样本收集(每个样本200-250只果蝇头部);时间点(7,15,30天);平台(Metabolon HD4);数据归一化方法 阅读提示:Methods: Metabolon global metabolomics |
| 脂质组学 | LC-MS/MS参数(色谱柱、流动相、质谱仪);脂质提取方法;数据分析软件(LipidSearch 5) 阅读提示:Methods: Untargeted lipid analysis via LC-MS/MS |
| 药物处理 | 药物浓度:ML-SA1 10或100 μM,霉酚酸酯100 μM,DFMO 10 mM;给药方式:混入食物,每3天更换;处理时间(30天) 阅读提示:Methods: Drug administration in fly food |
| 人类遗传分析 | 队列来源(BCM 149例,GP2 15,881例,UKBB 25,869名GBA1携带者);变异筛选标准(CADD评分等);GBA1变异的调用方法(Gauchian) 阅读提示:Methods: Identification of PD cases with variants in ATP13A2 and GBA1 |