分析HMGB2表达与预后
评估HMGB2在DLBCL中的表达水平及其与患者预后的相关性。
利用GEO数据集GSE32918和GSE117556分析HMGB2表达与总生存期的关系,并通过RT-qPCR和Western blot验证临床样本中的蛋白表达。
Tumor-derived HMGB2 induces M2-like macrophage polarization via TRIM65-mediated NLRP3 degradation to promote DLBCL progression
包含体外细胞实验、体内小鼠模型、转录组测序、免疫共沉淀、外泌体分析及临床样本验证,并进行了功能验证(如吞噬实验)和机制验证(如TRIM65敲低)。
BALB/c小鼠皮下A20淋巴瘤模型 OCI-LY1、Toledo、U2932、A20 DLBCL细胞系 人外周血来源巨噬细胞
HMGB2敲低使用shRNA序列(人:GAATTCAAGTGCAGCTCAA;鼠:GAACACCCAGGCCTGTCTATT) 巨噬细胞与DLBCL细胞共培养比例为1:5(2×10^5巨噬细胞与1×10^6DLBCL细胞) 重组HMGB2(rHMGB2)处理浓度为100 ng/mL,处理时间为48小时 NLRP3激动剂BMS-986299浓度为50 ng/mL 体内实验分组:TA(10 mg/kg,隔天腹腔注射)与CD20抗体(10 mg/kg,每周两次静脉注射)联合使用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HMGB2在DLBCL中的表达水平及其与患者预后的相关性。
利用GEO数据集GSE32918和GSE117556分析HMGB2表达与总生存期的关系,并通过RT-qPCR和Western blot验证临床样本中的蛋白表达。
确定HMGB2敲低对DLBCL细胞体外行为和体内肿瘤生长的影响。
使用shRNA慢病毒敲低人(OCI-LY1、Toledo)和小鼠(A20)DLBCL细胞中的HMGB2,进行体外增殖、凋亡、周期、迁移和侵袭实验,并建立A20皮下荷瘤模型。
探讨HMGB2敲低是否影响肿瘤微环境中巨噬细胞的极化状态。
通过流式细胞术分析肿瘤组织中M1(F4/80+CD86+)和M2(F4/80+CD206+)巨噬细胞比例,并利用EcoTyper分析公开数据集。
确定DLBCL细胞分泌HMGB2是否通过外泌体途径。
用不同的分泌途径抑制剂处理DLBCL细胞,检测上清中HMGB2水平;分离外泌体并进行蛋白酶保护试验。
明确HMGB2是否直接诱导巨噬细胞M2极化并损害吞噬功能。
用重组HMGB2处理巨噬细胞,分析M1/M2标记物表达和吞噬能力;加入中和抗体或rHMGB2进行拯救实验。
阐明HMGB2如何影响NLRP3表达。
检测rHMGB2处理后巨噬细胞中NLRP3的mRNA和蛋白水平;进行转录组测序和Western blot检测泛素化水平,并通过免疫共沉淀验证TRIM65与NLRP3的相互作用。
确定TRIM65是否为HMGB2介导NLRP3降解的关键E3连接酶。
使用siRNA敲低巨噬细胞中的TRIM65,检测NLRP3蛋白水平、巨噬细胞极化和吞噬功能。
测试HMGB2抑制剂或NLRP3激动剂是否能增强CD20免疫治疗的效果。
体外评估RTX联合rHMGB2、NLRP3激动剂或TRIM65敲低对巨噬细胞吞噬的影响;体内建立A20模型,比较TA和抗CD20单药及联合治疗。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 人血清 | -- | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| EdU增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0075S | |
| 细胞凋亡 | Annexin V-藻红蛋白 | BD Pharmingen | 559763 |
| 细胞周期 | 细胞周期与凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 迁移和侵袭 | 基质胶 | Corning | -- |
| 迁移实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-PCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| 流式细胞术 | F4/80抗体 | BioLegend | 123109 |
| CD86抗体 | BioLegend | 105011 | |
| CD206抗体 | BioLegend | 141719/321104 | |
| CD8a抗体 | BioLegend | 105011 | |
| CD4抗体 | BioLegend | 100548 | |
| CD25抗体 | BioLegend | 102029 | |
| CD49b抗体 | BioLegend | 108907 | |
| HLA-DR抗体 | BioLegend | 307626 | |
| CD3抗体 | BioLegend | 100219 | |
| PD-L1抗体 | BioLegend | 124333 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1620184 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HMGB2抗体 | Abclonal | RP01718 | |
| HMGB1抗体 | Proteintech | 10829-1-AP | |
| HMGB3抗体 | Proteintech | 27465-1-AP | |
| HMGB4抗体 | Proteintech | 12787-1-AP | |
| TRIM65抗体 | Bioss | bs-17120R | |
| NLRP3抗体 | Proteintech | 27458-1-AP | |
| 泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Thermo Scientific | 34095 | |
| 免疫荧光 | CD206抗体 | Abcam | ab64693 |
| iNOS抗体 | Abcam | ab15323 | |
| NLRP3抗体 | Proteintech | 27458-1-AP | |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Abcam | ab150153/ab150073 | |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1005 | |
| 抑制剂处理 | GW4869 | AbMole | M4974 |
| 布雷菲德菌素A | BioLegend | 420601 | |
| 氯喹 | AbMole | M9559 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | AbMole | M2296 | |
| 格列本脲 | AbMole | M3547 | |
| 乳酸脱氢酶释放检测试剂盒 | Beyotime | C0016 | |
| 外泌体分离 | 总外泌体分离试剂盒(细胞培养基) | Thermo Fisher Scientific | 4478359 |
| 外泌体表征 | TSG101抗体 | Selleck | F1543 |
| 蛋白酶保护试验 | 蛋白酶K | Thermo Fisher Scientific | EO0491 |
| 免疫沉淀 | Pierce经典磁珠免疫沉淀/共免疫沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 88804 |
| IgG抗体 | Abclonal | AC005 | |
| HMGB2抗体(用于IP) | Abclonal | A9168 | |
| SDS-PAGE | SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | PG112 |
| RNA测序 | TRIzol试剂 | Thermo Scientific | 15596026 |
| 巨噬细胞处理 | 脂多糖 | eBioscience | 00-4976 |
| 重组HMGB2 | Abclonal | RP01718 | |
| NLRP3激动剂BMS-986299 | MCE | -- | |
| 流式细胞术 | DiI荧光染料 | Beyotime | C1036 |
| 体内实验 | 单宁酸 | MCE | HY-B2136 |
| 抗小鼠CD20抗体 | MCE | HY-P990806 | |
| 细胞培养 | 异氟烷 | -- | -- |
| BALB/c小鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HMGB2敲低模型 | shRNA序列:人GAATTCAAGTGCAGCTCAA;鼠GAACACCCAGGCCTGTCTATT;转染试剂Polybrene或Lipofectamine 3000;敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods: Short hairpin RNA and small interfering RNA transfection |
| 体内肿瘤模型 | BALB/c小鼠(18-22g,6-8周龄)皮下注射1×10^7 A20细胞;肿瘤体积计算为长×宽^2×0.5;每周测量;安乐死标准(1500 mm³或出现痛苦) 阅读提示:Materials and methods: Animal models; HMGB2 knockdown model |
| 巨噬细胞共培养 | 人外周血巨噬细胞分化条件(7天);共培养比例:1×10^6 DLBCL细胞与2×10^5巨噬细胞;Transwell孔径0.4 μm;培养时间48小时 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| HMGB2处理 | 重组HMGB2浓度100 ng/mL处理48小时;对照组PBS 阅读提示:Materials and methods: Immunoprecipitation and immunoblotting; Results section 'HMGB2 drives pro-tumorigenic macrophage phenotypes' |
| TRIM65敲低 | siRNA序列CCAACCGTCACTTCTATCTT;转染试剂;敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods: Short hairpin RNA and small interfering RNA transfection |
| 联合治疗 | TA剂量10 mg/kg,隔天腹腔注射;抗CD20抗体10 mg/kg,每周两次静脉注射;体内分组(vehicle, TA, anti-CD20, TA+anti-CD20);n=6/组;治疗周期21天 阅读提示:Materials and methods: Combination therapy model; Results section 'Targeting the HMGB2-TRIM65-NLRP3 axis potentiates CD20 immunotherapy' |
| 巨噬细胞吞噬实验 | DiI标记的DLBCL细胞(2×10^6)与巨噬细胞(1×10^5)共培养1小时;检测方法:荧光显微镜或流式细胞术 阅读提示:Materials and methods: Macrophage phagocytosis assay |