建立人类心脏蛋白质组参考谱库
为后续DIA-MS分析提供全面的蛋白质鉴定基础,确保检测的深度和准确性。
从5个非衰竭供体心脏的5个解剖区域(LA、RA、LV、RV、室间隔)取样,经压力循环裂解、酶解、C18分级,采用DDA-MS生成包含13,539种蛋白质的谱库。
Mass spectrometric proteome profiling using a deep spectral library reveals homogenization of right and left atrial proteomes in persistent atrial fibrillation patients
研究包含多层级验证:利用DIA-MS蛋白质组学分析临床心房组织样本,结合免疫印迹进行独立队列验证,并通过组织学染色量化纤维化,同时检测血浆生物标志物,形成体外到临床的多证据链。
人右心房及左心房组织样本 人血浆样本 非衰竭供体心脏组织
患者队列:SR(n=15)与persAF(n=16)右心房样本 配对RA和LA样本:SR(n=8)与persAF(n=6) 免疫印迹验证独立队列:SR(n=28)与persAF(n=24) 组织学独立队列:SR(n=13)与persAF(n=6) 统计阈值:FDR<0.05且|log2FC|>0.58
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
为后续DIA-MS分析提供全面的蛋白质鉴定基础,确保检测的深度和准确性。
从5个非衰竭供体心脏的5个解剖区域(LA、RA、LV、RV、室间隔)取样,经压力循环裂解、酶解、C18分级,采用DDA-MS生成包含13,539种蛋白质的谱库。
识别persAF相关的心房重构差异表达蛋白及通路。
采用DIA-MS分析RA样本(SR n=15,persAF n=16),比较蛋白质丰度,筛选DEPs,进行通路富集分析、蛋白互作网络分析及proteomic ruler亚细胞定位分析。
在独立患者队列中验证蛋白质组学发现的代表性差异蛋白。
对关键蛋白(CES2, MFG-E8, GSTZ1, SLC25A36, TSPAN9, CCDC80, GABARAPL1)进行免疫印迹分析,并检测NPPA和NPPB的水平。
测定RA和LA的纤维化程度,比较persAF中两心房的纤维化水平。
对RA-SR、RA-persAF和LA-persAF样本进行Masson-Goldner三色染色,量化纤维化面积百分比。
评估persAF中左右心房蛋白质组的相似性和差异性。
使用配对RA和LA样本(SR n=8,persAF n=6)进行DIA-MS分析,通过PCA、差异表达分析、GO富集分析比较RA和LA的蛋白质组。
研究RA在persAF中是否获得LA特征或失去RA特征。
分析RA-SR特异性蛋白和LA-SR特异性蛋白在RA-persAF中的丰度变化,并通过GO分析富集重叠蛋白,评估RA向LA的转变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学 | 压力循环仪2320XT | Pressure Biosciences | -- |
| timsTOF Pro 2质谱仪 | Bruker | -- | |
| Dionex Ultimate nanoRSLC纳升液相色谱系统 | Thermo Fisher | -- | |
| 完全蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| PhosSTOP磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 胰蛋白酶 | Promega | -- | |
| 索引保留时间标准肽 | Biognosys | -- | |
| 组织学 | Masson-Goldner三色染色试剂盒 | -- | -- |
| EVOS FL Auto 2成像系统 | Thermo Fisher | -- | |
| 莱卡SM2000R滑动切片机 | Leica Biosystems | -- | |
| 生化检测 | Elecsys proBNP II电化学发光免疫分析 | Roche Diagnostics | -- |
| proANP (1-98)酶联免疫分析 | Biomedica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白质组学分析 | 组织样本类型、DIA-MS参数(窗口大小、梯度时长)、谱库版本、蛋白质定量方法、统计阈值 阅读提示:见Methods节'Proteome profiling: pressure cycling tissue lysis and protein digestion'、'Proteome profiling: mass spectrometry'及'Statistical and bioinformatics analysis' |
| 免疫印迹 | 抗体信息、蛋白上样量、内参选择(calsequestrin)、样本队列 阅读提示:见Methods节'Biochemical studies'和补充材料Table S6 |
| 组织学分析 | 切片厚度、染色方案、纤维化定量方法、样本队列 阅读提示:见Methods节'Histology'和补充材料Table S5 |
| 血浆生物标志物测量 | 血样采集方法、离心条件、检测试剂盒、统计模型 阅读提示:见Methods节'Plasma NT-proBNP and NT-proANP measurements'和补充材料Table S7 |