队列构建与分类
建立经甲基化谱分类的CNS肿瘤大型队列,用于分析不同年龄组的肿瘤类型分布。
收集NIH咨询病例、合作者病例和公共数据库病例,共21,712例,使用NCI/Bethesda分类器进行甲基化分类。
CNS tumor type prevalence according to age group: an analysis of 21,000 cases confirmed by methylation profiling, with a focus on adolescents and young adults
基于大规模队列的回顾性分析,使用甲基化谱分类、拷贝数分析和诊断影响评估,未进行前瞻性实验。
21,712例中枢神经系统肿瘤样本队列 儿童(<15岁)队列 青少年和年轻成人(15-39岁)队列 成人(>39岁)队列
队列规模:21,712例,其中AYA 5,351例,儿童7,231例,成人9,130例 年龄分组:儿童(<15岁)、AYA(15-39岁)、成人(>39岁) 甲基化谱分析:Infinium MethylationEPIC或MethylationEPICv2芯片 分类标准:NCI/Bethesda分类器高置信度匹配 诊断影响:7951例有初始诊断,与甲基化分类比较
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立经甲基化谱分类的CNS肿瘤大型队列,用于分析不同年龄组的肿瘤类型分布。
收集NIH咨询病例、合作者病例和公共数据库病例,共21,712例,使用NCI/Bethesda分类器进行甲基化分类。
比较不同年龄组中CNS肿瘤类型和类别的相对比例。
计算各年龄组在17个肿瘤类别和100个肿瘤类型中的分布,并识别在AYA中富集的类型。
探究特定肿瘤类型中甲基化亚类在不同年龄组的分布差异。
对IDH突变星形细胞瘤、髓母细胞瘤SHH型、弥漫性儿童型高级别胶质瘤、毛细胞星形细胞瘤等,分析其亚类在年龄组中的比例。
比较不同年龄组中特定肿瘤类型的拷贝数改变频率。
使用conumee包计算拷贝数谱,比较胶质母细胞瘤、SHH髓母细胞瘤、脑膜瘤等的拷贝数改变。
评估甲基化谱分类对AYA患者诊断的影响。
对来自NIH咨询服务的7951例(其中3434例为AYA)进行初始诊断与甲基化分类比较,分类为细化、改变或无变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA甲基化谱分析 | Infinium MethylationEPIC | Illumina | -- |
| MethylationEPICv2 | Illumina | -- | |
| DNA提取 | AllPrep DNA FFPE试剂盒 | Qiagen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列构建与分类 | 样本来源构成(NIH咨询病例、合作者、公共数据库)及过滤标准(高置信度匹配) 阅读提示:Methods: Study Population and Diagnostics |
| DNA甲基化阵列与数据分析 | DNA提取试剂盒(AllPrep DNA FFPE Kit)、芯片平台(Infinium MethylationEPIC或MethylationEPICv2)、数据处理软件(minfi R包)、CNV分析(conumee包) 阅读提示:Methods: DNA Methylation Array and Data Analysis |
| 年龄分组分析 | 年龄分组定义:儿童<15岁,AYA 15-39岁,成人>39岁;各年龄组样本量:儿童7231,AYA 5351,成人9130 阅读提示:Methods: Study Population and Diagnostics; Results: Overview of Cohort... |
| 诊断影响评估 | 初始诊断记录处理方式,诊断影响分类标准(Refinement, Diagnostic change, No meaningful change) 阅读提示:Methods: Assessment of Meaningful Diagnostic Change |