snRNA-seq数据获取与质量控制
建立包含IBM、其他肌炎和对照患者骨骼肌的细胞图谱,为后续分析提供基础。
对来自三个数据集的骨骼肌样本进行单核RNA测序,经过质量控制、UMAP聚类和细胞类型注释,共保留228757个细胞,分为8个主要细胞簇。
Myeloid dendritic cell subsets characterise muscle in patients with inclusion body myositis and correlate with the IFN-γ pathway and effector T cell markers
研究包含snRNA-seq、bulk RNA-seq、免疫组化和免疫荧光等多个独立证据层级,并通过差异表达及相关性分析进行了机制验证。
IBM患者骨骼肌活检样本 其他肌炎患者(DM、IMNM、ASyS)骨骼肌活检样本 健康对照骨骼肌活检样本 多发性肌炎(PM)患者骨骼肌样本
snRNA-seq分析中三个数据集共314088个细胞(质量控制后228757个)的聚类和mDC亚群鉴定 cDC1、cDC2、mregDC细胞的特异性标志物(如CLEC9A、CD1C、LAMP3)在不同肌炎组间的表达差异 mDC标志物与KLRG1、TBX21及IFN-γ通路基因在IBM样本中的相关性分析 免疫组化验证CD11c、XCR1、LAMP3在IBM肌肉中的表达,免疫荧光验证CD1c阳性细胞 样本组成和组间差异(如IBM样本炎症细胞水平较高)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立包含IBM、其他肌炎和对照患者骨骼肌的细胞图谱,为后续分析提供基础。
对来自三个数据集的骨骼肌样本进行单核RNA测序,经过质量控制、UMAP聚类和细胞类型注释,共保留228757个细胞,分为8个主要细胞簇。
鉴定和定量肌肉中的三个mDC亚群:cDC1、cDC2和mregDC。
对16790个髓系细胞进行聚类,得到cDC1、mregDC和“其他髓系细胞”簇;cDC2细胞通过CD1C阳性和C5AR1阴性手动标记。
比较IBM与其他肌炎及对照组中mDC亚群的比例差异。
计算每个样本中mDC亚群占总细胞的比例,并比较组间差异。
评估mDC亚群是否参与IFN-γ反应和T细胞激活。
在mDC中检测58个炎症相关基因,包括IFNGR、IFN-γ诱导基因、共刺激/共抑制基因、KLRG1配体、HLA基因和细胞因子基因。
确定mDC标志物表达与IBM疾病活动标志物之间的相关性。
使用bulk RNA-seq数据,计算mDC特异性基因与IFN-γ通路基因、T细胞标志物(如TBX21、KLRG1)和巨噬细胞标志物的相关性。
验证mDC在IBM肌肉中的蛋白水平表达和定位。
通过免疫组化检测CD11c、XCR1和LAMP3,通过免疫荧光检测CD1c。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单核RNA测序 | 10X Genomics单细胞3'系统 | 10X Genomics | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 文库制备 | TruSeq链式mRNA文库制备方案 | Illumina | -- |
| NeoPrep系统 | Illumina | -- | |
| NEBNext Poly(A) mRNA磁力分离模块 | New England BioLabs | #E7490 | |
| Ultra II 定向RNA文库制备试剂盒(用于Illumina) | New England BioLabs | #E7760 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单核RNA测序 | 使用的数据集(A、B、C)、患者组成、质量控制标准、每个样本的细胞数 阅读提示:Methods 中 Single-nucleus RNA-sequencing 部分和 Table 1 |
| 批量RNA测序 | 使用的数据集(D、E)、患者组成、RNA提取方法、文库制备协议 阅读提示:Methods 中 Bulk RNA-sequencing 部分和 Table 1 |
| mDC亚群鉴定 | cDC1、cDC2、mregDC的标记基因选择和手动注释标准 阅读提示:Results 中 Identification and quantification of myeloid dendritic cells 部分 |
| 相关性分析 | 用于相关性的mDC标志物和疾病活动标志物列表、统计方法(如调整p值) 阅读提示:Results 中 Expression of mDC markers and correlation... 部分和 Figure 5 legend |
| 免疫组化/免疫荧光 | 使用的抗体(CD11c、XCR1、LAMP3、CD1c)、染色协议 阅读提示:Methods 中 Immunohistochemistry and Immunofluorescence 部分和 Supplementary Methods |