优化人FRC免疫标志物
确定用于量化人淋巴结FRC网络的稳健免疫组化标志物。
对五种FRC标志物(PDGFRβ、SMA、PDPN、整合素β1、FAP)进行免疫组化染色,并与网状纤维染色比较,评估其标记FRC的特异性。
Topological analysis of the human lymph node reticular network predicts outcome in breast cancer
包含患者队列样本(331个淋巴结)的回顾性分析、免疫组化标志物优化、图像分析定量、多变量回归、PCA及生存分析等多层级验证。
人腋窝淋巴结(ALN) 乳腺癌患者队列
PDGFRβ作为人FRC免疫标志物的验证 TWOMBLI图像分析参数的标准化 ROI选择标准(8个ROI,250,000 μm²) 患者队列的临床病理特征(n=331个淋巴结,179例患者) 生存分析的分组(pN0/ypN0,pN1/ypN1)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定用于量化人淋巴结FRC网络的稳健免疫组化标志物。
对五种FRC标志物(PDGFRβ、SMA、PDPN、整合素β1、FAP)进行免疫组化染色,并与网状纤维染色比较,评估其标记FRC的特异性。
为FRC网络定量分析选择代表性的感兴趣区域。
使用Glissando Desktop Scanner扫描全切片图像,在PDGFRβ染色的LN切片中手动选择8个ROI(250,000 μm²),避开生发中心。
量化FRC网络的空间特征。
使用TWOMBLI ImageJ插件分析ROI,提取网络指标如空隙度、分支点、纤维长度、宽度、HDMI、HGU等。
评估FRC网络拓扑与临床变量和患者生存之间的关联。
使用多变量线性回归、Kruskal-Wallis检验、主成分分析(PCA)和Kaplan-Meier生存分析(Gehan-Breslow-Wilcoxon方法)分析数据。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗PDGFRβ抗体(RM303) | Invitrogen, Fisher Scientific UK | MA5-33050 |
| 抗PDPN抗体(D240) | Cell Marque, Roche Diagnostics | 322M-10 | |
| 抗SMA抗体(1A4) | Cell Marque | 202M-90 | |
| 抗整合素β1抗体(EP1041Y) | Abcam | ab52971 | |
| 图像采集 | Glissando台式扫描仪 | Objective Imaging | -- |
| 图像分析 | QuPath软件 | -- | v0.5.1 |
| TWOMBLI插件 | -- | -- | |
| CurveAlign软件 | -- | v5.0 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 纳入标准:2014-2024年间在King's College Hospital接受SLNB和/或ALNC的浸润性乳腺癌患者;排除接受检查点抑制剂治疗的患者;良性诊断患者作为对照 阅读提示:Materials and methods - Patient cohort |
| 免疫组化 | 抗体克隆、供应商、抗原修复条件、浓度、孵育时间 阅读提示:Materials and methods - Tinctorial and immunohistochemical staining, Table 2 |
| 图像分析 | TWOMBLI参数设置(对比度饱和度、线宽、分支长度等);ROI数量、大小和选择位置 阅读提示:Materials and methods - Region of interest (ROI) selection, Image analysis |
| 统计学分析 | 多变量回归模型的自变量和因变量;PCA中纳入的参数;Kaplan-Meier比较方法 阅读提示:Materials and methods - Statistical analyses |
| FRC网络定量 | 空隙度、分支点等指标的定义和计算;HDMI阈值 阅读提示:Materials and methods - Image analysis, Figure S1 |