筛选和鉴定可切割的膜蛋白
鉴定在AD中可能经历蛋白水解切割的膜蛋白。
利用人脑脊液蛋白质组数据,根据UniProt注释筛选膜蛋白,并通过基因-疾病关联分析富集AD相关基因,最终确定LILRB2/PirB为候选蛋白。
Persistent PirB cleavage drives Golgi-directed trafficking deficits underlying neurodegeneration
包含体外细胞实验(HEK293T、原代神经元)、动物模型(APP/PS1、PirB KO)、患者脑组织,并进行功能验证(高尔基体功能、轴突运输)和机制验证(GGA3结合)及体内治疗干预。
APP/PS1小鼠 PirB敲除小鼠原代海马神经元 HEK293T细胞 AD患者额叶皮层组织
PirB切割位点(M630/S631)突变验证 MMP抑制剂GM-6001和TAPI-1对PirB切割的抑制 Aβ寡聚体刺激诱导PirB切割 PirB-CTF与GGA3的GAT结构域的直接结合 GAT结构域过表达对APP/PS1小鼠认知功能的改善
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定在AD中可能经历蛋白水解切割的膜蛋白。
利用人脑脊液蛋白质组数据,根据UniProt注释筛选膜蛋白,并通过基因-疾病关联分析富集AD相关基因,最终确定LILRB2/PirB为候选蛋白。
验证PirB是否发生蛋白水解切割,并确定切割位点和蛋白酶。
通过免疫沉淀和Western blot检测AD患者脑组织和APP/PS1小鼠海马中的PirB-CTF;使用LC-MS/MS分析切割位点;通过定点突变和蛋白酶抑制剂实验验证MMPs的作用。
明确PirB-CTF在细胞内的定位和运输方式。
通过免疫荧光共定位和荧光互补实验验证PirB-CTF在高尔基体的积累;使用shRNA敲低ESCRT和retromer组分研究其运输途径。
评估PirB-CTF积累对高尔基体蛋白运输和轴突运输的影响。
检测CTSD成熟度、RUSH系统分泌运输、NPY-mCherry轴突运输,以评估高尔基体功能障碍。
寻找介导PirB-CTF功能的高尔基体相关蛋白。
通过Co-IP和LC-MS/MS鉴定GGA3等作为PirB-CTF的结合伙伴,并通过GST pull-down和突变体实验确认GAT结构域和ITIM基序的作用。
检验抑制PirB切割或过表达GGA3-GAT是否改善AD小鼠的病理和行为缺陷。
通过脑内注射AAV病毒在APP/PS1小鼠中过表达GAT域,检测高尔基体功能、Aβ斑块、tau磷酸化和行为表现。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | BasalMedia | -- |
| 胎牛血清 | Corning | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 神经元培养 | Neurobasal培养基 | -- | -- |
| B27添加剂 | Life Technologies | 17504044 | |
| 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | P0899 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 免疫沉淀 | Protein G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 10004D |
| 抗HA亲和珠 | Chuzhi Biotechnology | SA068005 | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA琼脂糖 | Thermo Fisher Scientific | R90101 |
| 蛋白酶抑制 | TAPI-1 | Selleck | S7434 |
| DAPT | Sigma-Aldrich | D5942 | |
| LY2811376 | Clinisciences | HY-10472 | |
| 药物处理 | β淀粉样蛋白1-42 | Sigma-Aldrich | AG968 |
| C4d | Abcam | ab198640 | |
| 蛋白酶抑制 | GM6001 | Sigma-Aldrich | 364205 |
| RUSH实验 | 生物素 | Sigma-Aldrich | 14400 |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | 472301 |
| 基质金属蛋白酶2 | MedChemExpress | HY-P73810 | |
| 基质金属蛋白酶9 | MedChemExpress | HY-P70351A | |
| 高尔基体分离 | Minute高尔基体富集试剂盒 | Invent Biotechnologies | GO-037 |
| 银染 | 银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| 分子克隆 | Dpn I限制酶 | New England Biolabs | R0176V |
| 大肠杆菌DH5α感受态细胞 | CWBIO | CW0808S | |
| 轴突运输成像 | 奥林巴斯FV3000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 免疫荧光 | 徕卡SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 行为学测试 | Ugo Basile条件性恐惧系统 | Ugo Basile | -- |
| 蛋白浓缩 | 离心过滤器 | Millipore | UFC9003 |
| 抗体 | 抗PirB胞外域抗体 | R&D Systems | AF2754 |
| 小鼠抗HA抗体 | Abmart | M20003 | |
| 兔抗Flag抗体 | Abmart | TT0053 | |
| 兔抗TGN46抗体 | Abcam | ab16059 | |
| 兔抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 兔抗GM130抗体 | Abcam | ab52649 | |
| 兔抗钙联蛋白抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 兔抗网格蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4796 | |
| 兔抗β-COP抗体 | Abcam | ab2899 | |
| 兔抗Rab9抗体 | Cell Signaling Technology | 5118 | |
| 兔抗Rab7抗体 | Cell Signaling Technology | 9367 | |
| 兔抗S6核糖体蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2217 | |
| 兔抗EEA1抗体 | Cell Signaling Technology | 2411 | |
| 兔抗G3BP抗体 | Abcam | ab56574 | |
| 兔抗LAMP1抗体 | Abcam | ab24170 | |
| 山羊抗Iba1抗体 | Abcam | ab5076 | |
| 兔抗GFAP抗体 | Cell Signaling Technology | 12389 | |
| 抗β-淀粉样蛋白1-16抗体 | Biolegend | SIG-39300 | |
| Western blot | 大鼠抗ILT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-53594 |
| 山羊抗LILRB3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9608 | |
| 小鼠抗tau5抗体 | Thermo Fisher Scientific | AHB0042 | |
| 兔抗组织蛋白酶D抗体 | Abcam | ab75852 | |
| 兔抗磷酸化tau S199抗体 | Abcam | ab4749 | |
| 兔抗磷酸化tau S404抗体 | Abcam | ab92676 | |
| 小鼠抗磷酸化tau AT8抗体 | Thermo Fisher Scientific | MN1020 | |
| 小鼠抗磷酸化tau S396抗体 | Thermo Fisher Scientific | 44-752G | |
| 兔抗Golgin-97抗体 | Cell Signaling Technology | D8P2K | |
| 兔抗Hrs抗体 | Cell Signaling Technology | D7T5N | |
| 兔抗Vps35抗体 | Cell Signaling Technology | E6S4I | |
| 兔抗GGA3抗体 | Cell Signaling Technology | 4367 | |
| 小鼠抗GAPDH抗体 | Invitrogen | MA515738 | |
| 免疫沉淀 | 小鼠抗ILT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-390287 |
| PLA | 兔抗PirB抗体 | Abcam | ab271086 |
| 小鼠抗GGA3抗体 | Sigma-Aldrich | MABN1556 | |
| 小鼠抗TGN38抗体 | R&D Systems | MAB7944 | |
| PLA探针抗兔PLUS | Sigma-Aldrich | DU092002 | |
| PLA探针抗小鼠MINUS | Sigma-Aldrich | DU092004 | |
| PLA检测试剂(红色) | Sigma-Aldrich | DU092008 | |
| GST pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖 | Millipore | G4501 |
| 细胞处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2880 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PirB切割检测 | 人脑组织样本量(3 AD,6 non-AD),小鼠品系(129S背景),年龄(月龄),处理方法(LPS注射剂量、时间点,Aβ寡聚体浓度100 nM,MMP处理浓度1 μg/mL) 阅读提示:图1和材料方法部分 |
| 原代神经元培养和处理 | 神经元来源(P0或E18小鼠),培养基成分,转染方法(钙转染或慢病毒),处理物(Aβ寡聚体,C4d,sPirB) 阅读提示:材料方法中的神经元培养和转染部分 |
| 高尔基体功能检测 | CTSD成熟度检测,RUSH实验条件(生物素浓度40 μM,成像时间),轴突运输检测(NPY-mCherry) 阅读提示:图3和图5,材料方法中的RUSH和活细胞成像部分 |
| PirB-CTF与GGA3结合 | 免疫沉淀、GST pull-down条件,GGA3突变体(ΔGAT),PLA实验条件 阅读提示:图4和图S5,材料方法中的PLA和GST pull-down部分 |
| 体内干预 | 小鼠年龄(6月龄),病毒注射坐标,剂量(1.5 μL),行为学测试(BMT和FC),统计方法 阅读提示:图7,材料方法中的立体定位注射和行为学测试部分 |